歸國難僑主要的僑居地為東南亞地區，除泰國外，東南亞各國在戰時均受到了日本的暴力入侵和貪婪掠奪，使得各國在戰後元氣大傷。同時，在反抗日軍侵略的戰爭中武裝起來的東南亞人民也增強了民族主義意識和獨立意識，在戰後數年間紛紛要求獨立自決，與戰後搶奪勝利果實的西方殖民者發生了戰爭。而極端民族主義的弊端則造成了排外思想的盛行，導致東南亞各國政府通過提高入境條件、嚴審難僑資格等多種手段拒絕或拖延遣僑工作的進行，特別是由於部分難僑在戰亂中丟失了海外證件，更是給了當地政府以拒絕的口實。
一、戰後東南亞的社會情況
日本政府對物產豐盈的東南亞國家窺視已久，長期以來就密謀侵略，以實現其所謂的“大東亞共榮圈”幻想。日軍侵佔中國東部沿海後，就開始實施“南進政策”，發動了太平洋戰爭並在短期內擊敗了殖民東南亞的西方軍隊，攫取了這塊富饒的土地。
日本佔領東南亞期間可謂竭澤而漁，為支撐其侵略戰爭的需要而瘋狂的掠奪各種戰略資源，奴役當地民眾成為日軍苦力。日本投降後，留給東南亞的是一片蕭條，糧食短缺是各國不得不應對的首要困難。
例如戰後初期的菲律賓，正如其總統羅哈斯在就職典禮上的演講中指出的那樣，“我們的城市毀滅了，我們的田園荒蕪了。國會大廈的支柱傾倒了……在我們的國家裡，餓殍遍野，因通貨的惡性膨脹，貨物工資均且直線上升。黑市帶來了各種惡魔，是使商業圈子裡，根本無視法律和公德。”
當時的菲律賓住房、學校、藥品、食品，急需物資等均嚴重短缺，相比於戰前，物價漲幅髙達800%。這樣的情況在東南亞各國普遍存在，給各地政府和人民的戰後重建帶來了嚴重的阻礙。戰爭破壞了各地的基礎設施，導致交通和通訊的中斷，也使得人員往來變得更加困難。
各國政府紛紛以缺乏住房、糧食以及交通不暢為由拒絕難僑返回，還美其名曰是為了防止難僑返回當地遭遇失業和飢餓問題。
實際上，雖然各國經濟原遜於戰前水平是事實，但對於容納人數並不多的華僑來說還是綽綽有餘的，戰後的形勢不過是各國的藉口而己，因此中國外交部門對這種行徑給予了駁斥。
在答覆英國政府關於拒絕難僑返回英屬殖民地的照會中，中方就明確表示“華僑現已準備自行設法解決交通問題，請英方毋庸顧慮。至於糧食問題，則緬甸向以農產豐盛著稱，除供給緬境一千四百餘萬人口之食糧外，每年尚可出口二百五十餘萬噸米糧，今欲返緬甸之華併為數有限，對於緬甸食糧絕不至發生重大影響。又馬來亞歸國華僑返回原地之交通問題，亦可自行設法。”
英政府不得不向中方有所妥協，允許接收對戰後重建能做出貢獻的難僑入境，其中英屬緬甸要求有工作技能且能攜帶生產工具的難僑優先遣返，新馬則公佈了接收難僑重返的具體職業要求為從事公共事務和必需的服務業、律師和醫生、銀行業、商業、代理業和運輸業、橡膠業、椰油和棕櫚油業、木材和土產行業、礦產業、工程和當地工業者。
有些國家則要求被遣返的難僑必須由當地華僑提供住房與食品方可入境，例如荷印就明確要求歸僑返回後的食宿問題由當地僑團負責。
總之，因為各國的物資短缺，使得其在面對救濟本地人和華人上未能遵循聯總所提倡的一視同仁原則。自行解決食宿和工作成為了一項隱含的遣返條件，造成了不少難僑事實上喪失了重返僑居地的機會。
二、排華思想的影響
戰後東南亞普遍出現的排華思想給遣僑工作帶來的困難比物資短缺還要大。
日軍在東南亞橫掃西方軍隊的表現增加了東南亞人民對身為亞洲人的自信，而日本投降前默許各國獨立的政策則徹底點燃了東南亞各國追求民族獨立的烈火，但這場烈火卻隨著日漸強烈的民主主義運動延燒至華僑身上。
西方殖民者為穩固其統治長期以來刻意製造民族對立，使得當地人對殖民政府的仇恨轉移到華人身上。面對戰後的糧食、住房短缺和大量失業，東南亞一些國家的政府再次將矛頭指向華僑。對居住於其境內的華僑，政府利用各種限制政策阻礙華僑的經營活動，對外則拒絕歸國難僑重返僑居地。其中最為典型的國家當屬菲律賓：
一方面，菲律賓的政客們在競選時紛紛以排華為自己的主張，當時的街頭演講中許多內容都與華人有關，造謠“菲島最美麗的房屋為華僑佔去了，最漂亮的女人為華僑娶去了，最有用的金錢為華僑搶去了”，煽動民眾與華人的對立情緒。
另一方面，獨立伊始的菲律賓政府就瘋狂地實行了大量的“菲化政策”，在國內以法律的形式限制外僑的商業活動，由於華人在菲律賓外僑中超過90%，因此菲化政策實際上針對的就是華僑。
僅在菲律賓1946-1949年期間，菲律賓第一屆國會就通過了10項菲化法案。在面對遣僑問題時，上至總統羅哈斯、副總統季裡諾，下至移民局官員，均對華僑重返菲律賓持反對態度，致使聯總和國際難民組織以及中國外交部與之進行了長期的交涉，最終多數難僑也未能返回菲律賓。
同樣，英屬緬甸對於歸僑再次進入該國也表現出了排斥，早在聯總、行總還未正式辦理遣返前，當地人就在中緬邊境地帶對經過陸路自行返回緬甸的歸僑進行暴力襲擊，將華僑行李搶劫一空後再強行驅逐出境，此種非法行徑卻得到了英緬政府的暗中支持。
類似的情況在印尼、越南同樣存在，尤其是在兩國同試圖恢復殖民的荷蘭、法國政府發生衝突後，更是肆無忌憚地對控制區內的華僑進行搶劫甚至殘忍殺害。僅有新馬地區，由於華僑數量較多且與當地人關係相對融洽而沒有出現大規模排華現象。
物資短缺和排華思想的蔓延給遣僑工作帶來的破壞是非常嚴重的，而且二者在很大程度上還存在著緊密聯繫，物資短缺使得政府在戰後救濟中不願一碗水端平，而排華思想又使得政府在救濟時必須優先當地人，正如時任菲律賓副總統季裡諾致國際難民組織遠東局的信中所提到的那樣，“菲律賓遵守聯合國的義務，並且願意與各國際組織積極配合，但是在要求我國接收華僑的問題上，考慮到菲律賓的實際情況，將更好的社會福利給予菲律賓本國人才是更好的選擇。”
對於國際組織和中國外交部來說，各國政府的排斥政策使得雙方的遣僑交涉變得困難而複雜，而且這種交涉往往因當地政府強硬的反對而以失敗告終；對於中國國內的難僑來說，僑居地政府遲遲不予發放入境許可意味著其在國內的等待時間不斷增加，在國內流離失所的難僑多數早己經不起這般折磨，不得不放棄了重返國外的希望；對於有幸返回原僑居地的難僑來說，其戰前的財物和生意很可能己經遭到了損害，期盼己久的重建生計變得遙不可及。
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