莘县行政区划随朝代和区域变更而多有变化。清康熙年间，全县分5个乡：东为阳平，南为武阳，北为弇山，西为斗城，中为莘亭。1887年（清光绪十三年）废除旧制，全县以刚、健、中、正命名分为18个里，每里10甲，每甲1至8村不等，共辖540村。1931年（民国二十年）全县划为6区98乡镇，辖450村。1939年9月，莘县抗日民主政府建立，按原区划设6个区，建立6个抗日政权。1943年7月，莘县和朝北县合并称莘朝县，成立莘朝县抗日民主政府，全县设5个区。1945年5月，莘朝县撤销，恢复莘县建置，成立莘县抗日民主政府。原朝北部分与元城县合并，称元朝县。莘县设7个区。一区驻县城，二区驻大杨家，三区驻孙庄，四区驻纸坊、董王庄，五区驻大宋庄，六区驻李大庙，七区驻城南位庄。1946年6月，莘县抗日民主政府改称莘县民主政府，仍设7个区，各区驻地未变。1949年8月，元朝县撤销，朝北部分划归莘县，为莘县八区、九区。一区至七区驻地未变，八区驻王奉，九区驻北庄。
1949年10月，全县仍设9个区，各区驻地未变。1950年初，全县调整区划，设6个区，一区驻县城，二区驻燕店，三区驻王奉，四区驻张鲁，五区驻大宋庄，六区驻李大庙。1955年9月，6个区改按驻地名称呼。一区至六区依次改称城关区、燕店区、王奉区、张鲁区、俎店区、十八里铺区。1956年3月，观朝县撤销，朝城、妹冢2区划归莘县，时为8个区，77个乡镇。1958年2月，撤销区建置，莘县划为15个乡（镇）。1958年9月，全县实现人民公社化，撤销乡镇成立8个人民公社。1958年12月，莘县建置撤销，除燕店、王奉2社划归冠县外，其它划归范县。
1961年7月，恢复莘县建置。除俎店公社更名为董杜庄公社外，其余未变，仍为8个公社。1962年9月，改设8个区。1964年4月，范县的王庄集、观城2个区和古城、古云、樱桃园3个区的大部划归莘县，时为13个区，共辖91个公社。1971年1月，调整区划，撤13个区设21个公社。1983年，城关公社改为城关镇，其余未变。全县辖1镇20个公社，1116个生产大队。
1984年，机构改革，撤销人民公社，实行乡镇制。全县设5个镇，23个乡。1987年，撤销古云乡、大张家乡，设立古云镇、大张家镇，其行政区域和政府驻地不变。张鲁镇改称张鲁回族镇。1988年，全县设7个镇，21个乡。1996年，撤销十八里铺乡，设立十八里铺镇，其行政区域和政府驻地不变。1999年，撤销单庙乡，设立莘亭镇，其行政区域和政府驻地不变。2000年，撤销燕店乡、董杜庄乡，设立燕店镇、董杜庄镇，其行政区域和政府驻地不变。2001年，调整乡镇设置和行政区划。撤销岩集乡，将其行政区域并入王奉乡；撤销邹巷乡，将其行政区域并入魏庄乡；撤销刘庄乡，将其行政区域并入张鲁镇；撤销王铺乡，将其行政区域并入十八里铺镇；撤销马集乡，将其行政区域并入王庄集乡；撤销舍利寺乡，将其行政区域并入古城镇。城关镇更名为莘城镇，其行政区域和政府驻地不变。撤销樱桃园乡、王奉乡，设立樱桃园镇、王奉镇，其行政区域和政府驻地不变。此时，全县辖13个镇，9个乡。2002年，王庄集乡苏村、邱寺、东节村、寨节村等划归张寨乡管辖。同年，撤销妹冢乡、河店乡，设立妹冢镇、河店镇，其行政区域和政府驻地不变。2009年，撤销莘城镇、莘亭镇，设燕塔、莘亭、东鲁、莘州4个街道。原莘城镇、莘亭镇辖区及十八里铺镇部分辖区划归4个街道。同年，撤销张寨乡、魏庄乡，设立张寨镇、魏庄镇，其行政区域和政府驻地不变。2011年，撤销大王寨乡，设立大王寨镇，其行政区域和行政驻地不变。2012年，撤销徐庄乡、王庄集乡，设立徐庄镇、大王寨镇，其行政区域和行政驻地不变。2013年，撤销柿子园乡，设立柿子园镇，其行政区域和行政驻地不变。2014年11月，撤销俎店乡，设立俎店镇，其行政区域和行政驻地不变。至2016年底，全县20个镇、4个街道。即：俎店镇、张鲁回族镇、朝城镇、观城镇、古城镇、古云镇、大张家镇、十八里铺镇、燕店镇、董杜庄镇、樱桃园镇、王奉镇、河店镇、妹冢镇、魏庄镇、张寨镇、大王寨镇、徐庄镇、王庄集镇、柿子园镇；莘州街道、东鲁街道、莘亭街道、燕塔街道；全县有1116个行政村，10个城市社区。
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