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一、两者适用的条件不同
1、不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。
2、免予起诉是检察机关对虽构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人作出的免予追究刑事责任的决定。
二、两者决定的因素不同：
1、不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定。
2、免于起诉是人民检察院对自己侦查终结的案件或公安机关侦查终结的案件，经审查认为被告人的行为虽已构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者应当免除刑罚所做的免予追究刑事责任的处理决定。
三、两者适用的范围、对象不同：
1、不起诉决定的适用范围是：
《刑事诉讼法》第一百七十七条规定：
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
(1)情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的;
(2)犯罪已过追诉时效期限的;
(3)经特赦令免除刑罚的;
(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(5)犯罪嫌疑人死亡的;
(6)其他法律规定免予追究被告人的刑事责任的。凡是不起诉的案件.应制作不起诉决定书。
2、免予起诉仅适用于同时具备以下条件的被告人：
基础：被告人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任。
（1）按照刑法规定不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的；
（2）犯罪情节轻微的；
（3）虽然罪行较重，但有显著悔罪、立功表现的；
（4）依法具有其他免除刑罚的特殊情况的；
（5）不判处刑罚也没有社会危险的。
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免于起诉即法定不起诉，2018年刑事诉讼法修正案，第十六条，以下情形不予追究刑事责任：（一）情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪（显著轻）
（二）犯罪已过追诉时效期限 （过时效）
（三）经特赦令免除刑罚的（特赦）
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的（告诉）。
刑法规定侮辱罪、诽谤罪、暴力干涉婚姻自由（导致被害人死亡的除外）、虐待罪（被害人无法告诉或受强制、威胁不能告诉、虐待致被害人重作死亡的除外）和侵占罪。
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的（死掉）
（六）其他免于追究刑事责任的情形。
不起诉还包括酌定不起诉，即犯罪情节轻微，不需要处罚。
证据不足不起诉，高检规则第四百零四条，具有下列情形之一，属于证据不足，不符合起诉条件
（一）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据证明
（二）据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实
（三）据以定罪的证据之间，证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的
（四）根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的
（五）根据证据认定的案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的
人民检察院对于经一次退回补充侦查，证据不足不符合起诉条件，且没有退回补充侦查必要的，可以做出不起诉决定，经两次退回补充侦查，仍然证据不足，应当作出不起诉决定。
对于未成年人案件，可以附条件不起诉。
免于即法定情形不起诉，检察机关没有裁量权。
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其实这是两部法律的不同规定，也是两个不同的概念。具体说明如下：
一、免予起诉是1979年刑事诉讼法规定的一种刑事诉讼制度。79年刑事诉讼法第101条规定：依照刑法（79刑法）规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以免予起诉。
但是免予起诉也是在公安机关侦查终结后，公安机关向人民检察院写出免予起诉意见书连同案卷一并移送后，人民检察院在审查起诉时，认为合法适当的，可以依法作出免予起诉决定。人民检察院对其他案件认为符合法律规定免予起诉条件的，也可以作出免予起诉决定。
对免予起诉决定，如果公安机关认为有错误，可以要求同级检察院复议提请上一级检察院复核。被害人对免予起诉不服的，可以在收到决定后七日内向人民检察院申诉，人民检察院应当将复查结果告知被害人。
被告人对免予起诉决定不服的，同被害人权利一样。
二、不起诉是现行刑事诉讼法规定的一种刑事诉讼制度，取消了原来的免予起诉制度。即现在学理上常说的：法定不起诉，酌定不起诉和存疑不起诉。
其实现在学理上讲的酌定不起诉，就是原来刑事诉讼法规定的免予起诉制度，只不过不需要公安机关书写不起诉意见书进行移送了。
也就是说，现在的不起诉制度包含了过去的免予起诉制度。
三、在现行刑事诉讼法的背景下，只讲不起诉这样的法律术语，不再讲免予起诉这个词。这是时代变迁与法律修订变化的结果。我们的观念也随之适应新时期的法律规定和法律术语。
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根据我们国家的法律规定，免于起诉和不起诉都是捡察院在不追究当事人刑事责任时所作出来的法律决定，那么免于起诉和不起诉的区别是什么呢？不起诉是人民捡察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不予追究其刑事责任，从而不向人民法院起诉的一种决定。免于起诉是捡察机关对虽以构成犯罪，但依法不需要判处刑罚或者可以免除刑罚的被告人作出免予追究刑事责任的决定。两种行罚主要区别一句话可概括：不起诉就是当事人没有犯罪，免于起诉就是有罪，但罪行轻微。不予追究。
