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蝙蝠造成的危害主要在于流行病，这次的冠状病毒经科学家溯源很可能就是来源于蝙蝠。但野生蝙蝠与人类接触的机会很低，因此而灭绝蝙蝠可能不利于生态系统。
蝙蝠造成的几次严重疾病流行会使一些人惧怕蝙蝠，但实际上我们日常生活中接触到蝙蝠的机会很少，被蝙蝠传播疾病的几率是很低的，但为什么蝙蝠传播疾病就这么厉害呢？蝙蝠是一种夜行性的动物，它们有的吃水果有的捕食昆虫，但是很多品种都携带着病原，人类很多疾病都传自于蝙蝠，埃博拉病毒、马堡病毒、亨德拉病毒、尼帕病毒和 SARS-CoV 等高致病性病毒，
而蝙蝠自身却没有显示出与这些病毒相关的症状，说明它们有对此类病毒的抵抗机制。科学家研究后发现蝙蝠蝙蝠中有一种叫做 STING-干扰素的抗病毒途径受到抑制，或者就是基于这个原因使它们不惧怕自身携带的病原，而它们夜行的特征也使得一些惧怕阳光高温的病毒更利于传播，可能是在演化过程中两种物种形成了一种平衡，病毒寄居在蝙蝠体表，随着蝙蝠的活动向四周播撒，遇到合适的宿主就可能传播开来。
有的人觉得应该灭绝蝙蝠，因为历史上蝙蝠造成的病患不少，且不少都有一定的传播性。以往我国曾视麻雀为有害动物，因为它们会偷吃人类种植的粮食，曾经兴起过灭麻雀的行动，导致麻雀的数量迅速减少，但它们除了会吃点粮食，也会捕食一些昆虫，也有利于保护农田，后来又将麻雀定位保护动物。我国人多，要是全民去灭蝙蝠的话，是很可能使蝙蝠数量大幅度降低的，但是蝙蝠的种类很多，有一些生活在人类城市附近，但更多的生存在野外丛林山洞，
有一些非常隐蔽，加上它们夜行的特征，想要完全消灭也需要经过一段相当长的时间。从活动范围来看，大多数的蝙蝠生活的区域本身是没什么人类的，我们人类如果不去主动地捕捉甚至食用那些野生蝙蝠，绝大多数情况下它们身上的病原是不会传播给人类的，如果主动如抓蝙蝠，反而会造成更多人与更多种类的蝙蝠较为近距离的、亲密地接触，被传播感染的几率反而可能会增高，而且则可能破坏生态平衡。
因为蝙蝠的长相活动特点以及可以传播疾病的特点，历史上一些地区的人类也将蝙蝠和一些恐怖的现象联系在一起。蝙蝠的活动规律、习性等方面看，灭绝蝙蝠也会比较麻烦，而且正常情况下我们不去招惹它们的话它们还会捕食蚊虫，这对人类也是有一定好处的。
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