清朝收复新疆后，在新疆的驻军并不多，只有一万五千人左右，以至于对浩罕国这个“弱鸡”都不得不采取守势。除了后世清朝君臣能力下降外，清朝时期新疆的人口和财政不支持也是关键。
准噶尔政权崩盘后，新疆人口大减，新疆的维吾尔人口减少为33万人，兆惠进入伊犁时甚至只在当地遇到了33个维吾尔人，（这里要说明一下后来的和卓之乱能闹出那么大的声势，不全是当地土著的缘故，是新疆和中亚宗教狂热分子的狂欢，以后我们单独再说）。直到乾隆末年新疆天山北路的人口才恢复到27万。而清王朝带来的士兵和家眷以及汉人移民，一共才有20万，在乾隆中期，整个新疆的人口数量大概是50万左右。到清朝末年，新疆的人口数量才超过了两百万。
新疆人口少，还有很多民众还不在清朝直接控制下。天山北路的乌鲁木齐、奇台、昌吉等地实行郡县制，这些地区是清朝控制新疆的中心，满洲八旗也驻扎在这些地方，到乾隆晚期这些地方人口总数达到了20万以上。哈密、吐鲁番等地因为归附清朝较早也被高看一等，当地的民众和游牧于新疆的厄鲁特、土尔扈特蒙古一样施行扎萨克制度，这些地区为清朝提供了厄鲁特骑兵人马。天山南路，包括伊犁在地的广大地区，清朝施行伯克自治，由伯克们分掌钱粮、商贾、诉讼、水利等事项，控制当地民众。清朝只在伊犁有驻军，伊犁地区北部的驻军加上家眷和流放犯总数是七万人，天山南路地区很多地区驻军和屯田几乎是零。也正是因为直辖的人口不多，清朝的驻军也相应不多。
清朝驻军每年至少需要16万石粮食，这笔粮食不是小数字，因为清朝漕食收入在全盛时期是800万石。清朝政府因此给新疆驻军拨出了120多万亩土地，让数千名驻军进行屯田耕种，每个屯田士兵每年要上缴的粮食标准是15石。好在新疆驻军都是种地好手，到乾隆末年新疆军屯的粮食已经有了50多万石粮食的储备，可以供应全军三年（最高有125万石的储备）。即便是在嘉庆道光年间，清朝的军屯也有30多万石粮食的储备。
清朝驻军最大的问题不是粮食，而是银子，因为物价高，新疆驻军每年需要的银子数量是400万两白银，而道光年间每年全国的地丁银总收入不过是2900万两左右，新疆一省的驻军花费就花掉了地丁银收入的七分之一。会过日子的道光皇帝甚至想出了不给新疆屯田士兵银子，让他们分粮食的“好主意”。因为新疆的粮价低，银价高，这个主意激起了轩然大波。
浩罕国每次用和卓后裔在新疆闹事，道光皇帝都要出动数万大军到新疆平乱，这些人花掉的白银更是让他吐血。在道光皇帝看来新疆就是一个无底洞，浩罕国递来国书后，他就急冲冲地签字了。
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