在道教的神仙譜系中，玉皇大帝作為“四御” 之首，位列“三清”尊神之後，似乎其地位低於元始天尊、靈寶天尊和太上老君，不算顯赫。
這種排法始於南朝梁高道陶弘景的《真靈位業圖》。他模仿世俗的朝班品序，將五百多位天神、地祇、仙真、人鬼，分七個階次排列，形成了一個初具格局的神仙譜系。
其中，第一中位以玉清元始天尊為主神，在其下列“玉皇道君”，居右位第十一，又列“高上玉帝”，居右位第十九，位次都不高。
這種排法不僅與民間的神仙觀念不相符，而且與佔統治地位的儒家的天帝觀也發生矛盾。於是，道教乃極大地提高了玉皇大帝的地位，有的道書乾脆將玉皇、玉帝視為道教最高神元始天尊的別號。
也有的道書將玉皇尊為“三代（世）天尊”之一，如素有小道藏之稱的《雲笈七籤》雲：“三代天尊者，過去元始天尊，見（現）在太上玉皇天尊，未來金闕玉晨天尊。”
不過，在《上清靈寶大法》等道書中，作為“四御”之首的玉皇大帝仍然排在了三清之下。在道教實際舉行的不少齋醮儀式中，玉皇大帝的神位也列於三清之後。這就給世人造成了一個印象，即至高無上的天界大神玉皇大帝，在道教神譜中被貶低了。
因此，道教時常招致教外人士的責難。比如，儒學大師朱熹就批評說：“道家之徒……尊老子為三清，而昊天上帝反坐其下，悖戾僭逆，莫此為甚。”認為道教將玉帝排在三清之下，是一種大逆不道的行為！
對於這些責難，道教則有一套自己的說法。如《高上玉皇本行集經注》就專門以“玉帝尊次考”為題，對此進行了解釋：“玉帝，在道教即三清之化，道家先三清者，先虛無而後妙有，所謂無極而太極，非有尊卑之殊。”
也就是說，按照道教“一氣化三清”的理論，玉帝乃三清祖氣所化，並不存在尊卑之分。之所以三清排在前面，是因為“先虛無而後妙有”，“無極而太極”。
同樣, 對於具體的齋醮儀式中，三清尊神與玉皇等神的座次排列, 也不存在尊卑之分。道書《靈寶領教濟度金書》指出：
“醮壇即醮筵也。中間高設三清座，前留數尺許，通人行。又設七御座（首席為玉皇），每位高牌曲幾，香花燈燭供養如法。蓋玉清為教門之尊，昊天為三界之尊，各居一列，各全其尊。”
這其實有點類似政教之分，就教門而言，以玉清元始天尊為尊；就三界而言，則以玉皇大帝為尊。祂們各為首席，因此不存在誰尊誰卑的說法。
現實中，實際情況也基本與此相符。道門中人都是以三清為尊；而世俗中人則大都以玉帝為總管三界十方的至尊天神。
最後再補充一點，關於“四御”，又有多種說法。有的說法中，玉皇大帝不在“四御”之列，“四御”乃是道教天神中輔佐玉皇大帝的四位尊神！
／完.
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