（一）内设机构（27个）
办公厅（党组办公室、董事会办公室）、发展和改革部、企业管理和法律事务部、财务部、科技和信息化部（总工程师室）、人事部（党组组织部）、劳动和卫生部、国际合作部（港澳台办公室）、经营开发部、物资管理部、运输统筹监督局（总调度长室）、客运部、货运部、调度部、机辆部、工电部、建设管理部、安全监督管理局、审计和考核局、监察局(与党组纪检组合署办公)、宣传部（党组宣传部）、党组巡视工作领导小组办公室、中华全国铁路总工会、全国铁道团委、直属机关党委、离退休干部局、川藏铁路建设工程建设总指挥部（领导小组）办公室。
（二）直属机构（3个）
工程管理中心、工程质量监督管理局（工程管理中心、工程质量监督管理局实行合署办公）、资金清算中心（与中国铁路财务有限责任公司为一个机构两块牌子）、档案史志中心。
（三）派出机构（12个）
安全监督管理特派员办事处（6个）：分别在沈阳、北京、武汉、上海、成都、兰州各设1个。
审计特派员办事处（6个）：分别在沈阳、北京、武汉、上海、成都、兰州各设1个。
（四）国务院授权管理机构：铁路公安局（目前铁路公安管理体制正在改革当中）。
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