公元1368年是大明朝的洪武元年，按照元朝纪年，仍然是至正二十八年。是年闰七月，明朝的北伐军攻破元大都，元惠宗北遁上都，大一统的元朝至此结束，仍元祚未终。残元朝廷先在上都、继至应昌，后又流徙于蒙古草原。
在元朝统治尚算稳定之时，岭北宗王们、诸部落首领们就与大都的朝廷矛盾重重，甚至一度有兵戎相见的危险。中原政权崩溃，朝廷北遁，原先凌驾于岭北宗王、部族首领之上的元朝文武朝臣，如今流亡到蒙古草原，寄于岭北宗王及诸部之篱下，地位权势不免发生转移。
终洪武一朝，明朝都未放弃对北元的军事进攻和政治招抚，使其实力大为损失。至正三十年（1370年）四月二十八日，惠宗崩于应昌。惠宗长子爱猷识理答腊即位，是为昭宗。昭宗执政期间，汗廷权威一落千丈，地方将领、部族首领拥兵自重，尾大不掉之势已经十分明显。
元惠宗，明朝称之为元顺帝
1378年，元昭宗爱猷识理答腊病逝，其子脱古思帖木儿继任为北元皇帝，称乌萨哈尔汗，年号天元。当时残元势力其实并不算弱，但大都不肯效命于汗廷，太尉纳哈出拥兵数十万，雄踞辽东，但“虏主数招之，不往”。
据《明实录》记载，“夫元运既讫， 且顺帝之后， 传爱由识里达腊至坤帖木儿， 凡六辈， 相代瞬息之间， 且未闻一人遂善终者。”从这段话中可以看出，元廷北遁之后，汗庭确实毫无权威，甚至自脱古思帖木儿之后，北元大汗的生死废立都完全操纵于强臣手中。据《蒙古源流》记载，乌萨哈尔的儿子额勒伯克汗就因任命卫拉特的巴图拉为丞相，而被乌格齐哈什哈杀死，“自己纳了完者秃争妃子， 收服了蒙古人的大多数”。
蒙古骑兵
朱元璋对残元势力的诱降政策很有效果，明廷对于归附蒙古人，不分大小官职，上自宗王大臣，下至普通蒙古士兵，以至于孤儿寡母，都赏给财物，安置生活。洪武年间，在历次战争被俘而降和自动归附蒙古人众不小七、八十万。
归附明朝的普通蒙古人，大多收编进入明军序列。明朝军队“其取兵，有从征，有归附，有谪发。······归附，则胜国及僭伪诸降卒”。所谓“胜国”降卒，即是投降的元朝军队，还包括北元归附的蒙古人。明永乐间京军三大营，即“五军”、“三千”、“神机”营，其中的“三千营”就是朱棣收编的蒙古骑兵，“得边外降丁三千，立营分五司”。
元昭宗爱猷识理答腊
元朝统治时期，全国各地都有很多蒙古人，元廷北遁之后，大多数内地蒙古人并未随逃，而是留在当地。所以明朝建立之后，全国卫所大部分都有蒙古军人，他们单独编制称为“达军”，与汉军并隶上一级军事单位。
除了残元势力（东蒙古，明朝成为鞑靼）外，15世纪初，蒙古高原又崛起了西蒙古（瓦剌）和兀良哈三卫。兀良哈三卫，在电视剧《大明风华》中被称为“兀良卫”，是这种简称并不规范。
瓦刺在《元史》中被称为“外剌，狠剌，斡亦剌”，明朝人习惯称之为“瓦剌”，清代作“卫拉特”，西方学者又多称作“卡尔梅克”。准确地说，瓦剌与蒙古人并不是一回事，其先民原先居住于贝加尔湖一带，色楞格河至额尔齐斯河之间的大森林中，以狩猎为生。
在蒙古统一和四出扩张征伐过程中，成吉思汗及其继承者为了扩张势力，对草原各部采取合纵连横之策，与斡亦剌部贵族联姻。无论是在统一蒙古的事业中，还是诸王与元廷的战争中，斡亦剌部都曾扮演了重要角色，其贵族已成为蒙元统治集团的重要成员。
大明与北元
斡亦剌部在元朝其实分化为三个部分：一部分与元朝皇室结成联盟，其部众多在元廷供职或从军；一部分由于参加阿里不哥和海都等宗王之乱，失败后散居于额尔齐斯河和伊犁河流域，甚至远徙至波斯；而留在本土的斡亦剌人，后来逐步向南部草原发展，逐渐演变为明朝人所说的“瓦剌”。
在历史上，斡亦剌部曾是争夺汗位失败的阿里不哥之部众。斡亦剌部长期以来独立性较强，蒙古化也不彻底。14世纪末15世纪初，以斡亦剌为核心的瓦剌部族摆脱残元蒙古可汗的控制，征服邻近诸小部落，崛起于西北，并渐向东部，南部发展，与东部蒙古（残元政权）争锋。
《大明风华》里的朱棣
洪武二十年(1387年)九月，在大将军蓝玉的率领下，明朝军队在捕鱼儿海（贝加尔湖）大败残元，仅有北元皇帝脱木思帖木儿与太子天保奴等数十骑遁去。元朝皇室一百二十余人，官属三千，男女七万，马牛驼羊十五万及宝玺、图书、金银印等悉被明军俘获。
脱木思帖木儿在逃往途中，在土剌河被也速迭儿杀死。也速迭儿是阿里不哥的后裔，这样一来也算是报了祖先被忽必烈害死的大仇了。也速迭儿称帝之后，意味着北元皇统已经从忽必烈家族转移到阿里不哥世系，不过还总算没有脱离成吉思汗系统。在这一期间，瓦剌部也逐渐扩张，逐渐成为与北元大汗分庭抗礼，与东蒙古并驾齐驱的政治军事集团，并争拥可汗，以图称霸蒙古。
瓦剌崛起
元益宗（脱古思帖木儿）死后，北元的辽王阿扎失里、会宁王塔宾帖木儿等贵族投降明朝。朱元璋设置了朵颜、泰宁和福余三卫，“其地为兀良哈，在黑龙江南，渔阳塞北”，安置这些投降的蒙古人，并封阿札施里为泰宁卫指挥，塔宾帖木儿为指挥同知；海撒男答奚为福余卫指挥同知；脱鲁忽察尔为朵颜卫指挥同知，要求他们“各领其所部，以安畜牧”。
这便是“兀良哈三卫”的由来，但洪武时代对之仅仅是羁縻而已，名义上属于宁王朱权管辖。燕王朱棣发动“靖难之役”后，就是先借助了兀良哈三卫蒙古人的支持，击败了坐镇大宁卫（今赤峰市宁城县）的宁王朱权，而后又向兀良哈三卫借得精锐骑兵3000，才有了夺位的基本武力。
“靖难之役”给了兀良哈三卫南下的机会。朱棣即位后，“遂将大宁都司掣于直隶保定府，所属营州等十数卫亦掣于畿内。宁王亦迁于江西布政司。却将其地分与朵颜等三卫达子居住，除官降印，为我藩篱”。朱棣将兀良哈三卫迁至原先大宁卫的位置，并与之逐步建立了贡市制度，援引其成为明朝的藩篱。
兀良哈三卫
兀良哈三卫蒙古地处东蒙古（鞑靼）与明朝之间的缓冲地带，是“不能绝，亦不可绝”的耳目和藩篱，它们与大明、鞑靼之间的关系其实非常微妙。在明成祖征伐鞑靼之时，如何处理兀良哈三卫也是一个非常重要的问题，如果明朝稍弱，他们大概率会摇摆倒向鞑靼；反之若是残元继续衰弱，他们也不介意对故主落井下石。
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