現在的軍醫大學招生分為兩種：有軍籍學員、無軍籍學員。有軍籍學員招生人數相對較多，享受軍校學員的所有待遇，上學期間義務兵供給制，畢業後由軍隊包分配。
無軍籍學員招生人數相對較少，上學需要交學費，畢業也不分配，可以自由就業，也有可能簽約為軍隊醫院的文職人員。
第二軍醫大學（現：海軍軍醫大學）
第二軍醫大學已經更改名稱為海軍軍醫大學，這所大學位於上海，為國家重點建設的一所211工程大學，從學科建設實力以及綜合實力來看
第二軍醫大學的學科建設實力僅次於清北復交的醫學院，這一所軍醫大學為提前批次錄取，在招生上是十分嚴格，高考錄取分數線較高，而且要求考生們也要通過體檢，政審和麵試環節。
第三軍醫大學（現：陸軍軍醫大學）
原來的第三軍醫大學，如今已經變更名稱為陸軍軍醫大學，雖然軍醫大學非211也非985，同時也不是一所雙一流建設大學，學科建設實力也稍微弱於第二和第四軍醫大學，但是這所軍醫大學辦學歷史悠久，作為國內最為老牌的一所軍醫大學之一，雖然沒有985、211等名校光環的噱頭，但是第三軍醫大學的實力還是不容小覷。
第四軍醫大學（現：空軍軍醫大學）
第四軍醫大學如今已經更改名稱為空軍軍醫大學，這一所軍醫大學位於西安，也是經過高校合併而來，第四軍醫大學也是國內三所211軍校之一，在國內的軍醫大學當中
第四軍醫大學應該是排名較前的一所大學，學科建設實力相當強悍，其臨床醫學專業在國內可謂是首屈一指，第四軍醫大學甚至被許多考生和家長認為是國內一所最好的軍醫大學。
這三所軍醫大學，他們之間最大的區別，是軍種的區別。三所學校分別隸屬於不同的軍種，有軍籍學員畢業分配時，主要面向自己所在軍種部隊分配。
軍醫大學畢業生，分配工作裡，多數是到基層部隊的醫療衛生單位，很難進入帶編號的部隊醫院。
比如，301醫院，也是解放軍總醫院，博士生都很難進入，普通本科生根本沒機會了。其他有編號的部隊醫院也是一樣。
對於醫生來說，成長起來最需要的是臨床經驗。但是軍醫如果在基層部隊，臨床經驗確實不高。主要軍醫面對的保障是身強體壯的解放軍基層官兵，臨床經驗很難獲取。
無軍籍學員，主要看學校在當地是否有足夠的影響力，空軍軍醫大學在西安，醫學專業水平應該是第一名的水準，個人感覺他的專業水平超過了西安交通大學。
海軍軍醫大學在上海，雖然水平很高，但是上海本地的醫學人才競爭激烈，上海交通大學、復旦大學等兩所名牌大學的醫學院，在上海佔有絕對優勢。但是海軍軍醫大學畢業生就業也有自己的空間。
陸軍軍醫大學在重慶，在當地與重慶醫科大學差不多，在當地就業應該問題不大。
總結：無軍籍學員，如果看專業水平，還是空軍軍醫大學；如果看地域，當然是海軍軍醫大學。
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