生物菌肥根據其作用不同，可分為以下5類：
1、有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮藍藻等；
2、分解土壤有機物的菌肥：包括有機磷細菌和複合細菌等；
3、分解土壤中難溶性礦物的菌肥：包括硅酸鹽細菌、無機磷細菌等；
4、促進作物對土壤養分利用的菌肥：包括菌根菌等；
5、抗病及刺激作物生長的菌肥：包括抗生菌、增產菌等。
各種菌肥的詳細名稱:
1、枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。
2、巨大芽孢桿菌：解磷(磷細菌)，具有很好的降解土壤中有機磷的功效。
3、膠凍樣芽孢桿菌：解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。
4、地衣芽孢桿菌：抗病、殺滅有害菌，
5、蘇雲金芽孢桿菌：殺蟲(包括根結線蟲)，對鱗翅目等節肢動物有特異性的毒殺活性。
6、側孢芽孢桿菌：促根、殺菌及降解重金屬，
7、膠質芽孢桿菌：有溶磷、釋鉀和固氮功能，分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。
8、涇陽鏈黴菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。
9、菌根真菌：擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收範圍外的元素(特別是磷)的吸收能力。
10、棕色固氮菌：固定空氣中的遊離氮，增產。
11、光合菌群：是肥沃土壤和促進動植物生長的主力部隊。
12、凝結芽孢桿菌：可降低環境中的氨氣、硫化氫等有害氣體。提高果實中氨基酸的含量。
13、米麴黴：使秸稈中的有機質成為植物生長所需的營養，提高土壤有機質，改善土壤結構。
14、淡紫擬青黴：對多種線蟲都有防治效能，是防治根結線蟲最有前途的生防制劑。
菌肥的重要作用
三種以上多種複合菌相互促進、相互補充，抗土傳病害效果遠遠大於單一菌種。有益菌群相互協同，共同作用，能使作物達到高產豐產的效果。
1、促進快速生長：能產生刺激作物生長的生物激素。菌肥中的微生物在土壤內的生命活動過程中，會產生大量的赤黴素和細胞激素類等物質，這些物質在與植物根系接觸後，能調節作物的新陳代謝，刺激作物的生長，從而使作物產生增產效果。
2、調節生命活動，增產增收：菌群中的膠凍樣芽孢桿菌、側孢芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌等有益菌可促進作物根系生長，鬚根增多。有益微生物菌群代謝產生的植物內源酶和植物生長調節劑經由根系進入植物體內，促進葉片光合作用，調節營養元素往果實流動，膨果增產效果明顯。與施用化肥相比，在等價投入的情況下可增產15%—30%。
3、果實品質明顯提高：菌群中的側孢芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌等可降低植物體內硝酸鹽含量20%以上，能降低重金屬含量，可使果實中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2—4度。乳酸菌、嗜酸乳桿菌、凝結芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等可提高果實中必需氨基酸(賴氨酸和蛋氨酸)、維生素B族和不飽和脂肪酸等的含量。果實口感好，耐儲藏，賣價高。
4、分解有機物質和毒素，防止重茬：菌群中的米麴菌、地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等有益微生物能加速有機物質的分解，為作物製造速效養分、提供動力，能分解連作有毒有害物質，防止重茬。
5、根際環境保護屏障：菌群中的地衣芽孢桿菌等有益微生物施入土壤後，迅速繁殖成為優勢菌群，控制根際營養和資源，使重茬、根腐、立枯、流膠、灰黴等病原菌喪失生存空間和條件。使植物根系細胞的細胞壁增厚，纖維化、木質化，並生成角質雙硅層，形成阻止病原菌侵襲的堅固屏障。
6、增強抗逆性：菌肥中的微生物在植物根部大量生長、繁殖，從而形成優勢菌群，優勢菌群形成局部優勢，這樣就能抑制和減少病原菌的入侵和繁殖機會，起到了減輕作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、側孢芽孢桿菌等有益微生物可增強土壤緩衝能力，保水保溼，增強作物抗旱、抗寒、抗澇能力；同時側孢芽孢桿菌還可強化葉片保護膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗蟲。
7、能鬆土保肥、改善環境：豐富的有機質還可以改良土壤物理性狀，改善土壤團粒結構，從而使土壤疏鬆，減少土壤板結，有利於保水、保肥、通氣和促進根系發育，為農作物提供適合的微生態生長環境。
8、有益菌刺激有機質釋放營養：菌群中的巨大芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌等有益微生物在代謝過程中產生大量的植物內源酶，可明顯提高作物對氮、磷、鉀等營養元素的吸收率。大量的有機質通過有益微生物活動後，可不斷釋放出植物生長所需的營養元素，達到肥效持久的目的。
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