種蛋在運輸過程中，無論使用何種運輸工具，都需要注意以下幾點：
(1)防止非正常升溫，避免陽光暴曬，特別是炎熱的夏季更應注意。因為陽光直接暴曬種蛋後，會造成種蛋升溫促使胚胎髮育，此時發育為非正常發育。受熱的程度和時間不同，胚胎髮育的程度也不一樣，如果溫度較高，受熱時間過長，會嚴重降低孵化率。
(2)防止雨淋受潮，種蛋如果被雨淋或者受潮會使蛋殼上一層蛋白保護膜受損，微生物就會通過保護膜、蛋殼氣孔入侵蛋內，種蛋會腐敗變質。
(3)裝運時，一定要做到輕裝輕放輕卸，嚴防裝蛋用具變形破損。種蛋裝人運輸工具後，嚴禁擠壓。運輸過程中嚴防強烈震動，強烈震動後的種蛋可能導致氣室移動、蛋黃膜破裂、繫帶斷裂等嚴重情況，如果道路高低不平，顛簸厲害，應在裝箱底下多鋪富有彈性的墊料，儘量減輕震動。如果有條件可以保持良好的種蛋運輸環境條件，控制溫度在18C左右、相對溼度為75%~80%，運輸距離較長可以使用飛機。
(1)種蛋消毒的原因種蛋從母鴨體內產出， 要經過肛門排出到外界環境中。經過肛門時蛋殼會帶有少量微生物，外界環境中也有微生物，尤其是產蛋後，蛋落在墊草等上面，也會存在微生物，要是環境消毒頻率較低，微生物含量會較高。蛋在外界環境中，蛋殼表面的微生物會迅速繁殖，繁殖速度受蛋的清潔度、氣溫高低及溼度大小等因素影響。
雖然蛋有膠質層、蛋殼、內外殼膜等幾道自然屏障，但是它們都不具備抗菌性能，所以微生物仍可進人蛋內。一旦微生物進人蛋內會導致胚胎感染病原，甚至死亡，影響孵化率和雛鴨的質量。為了防止此類情況發生，在實際生產中會對種蛋適時進行科學、規範的消毒。
(2)種蛋消毒的方法 種蛋的消毒方法較多，常用的有福爾馬林燻蒸消毒法、二氧化氯消毒法、臭氧消毒法、過氧乙酸消毒法、新潔爾滅消毒法等，另外還有紫外線照射消毒法、碘液浸洗法、中藥燻蒸法等。
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