种蛋在运输过程中，无论使用何种运输工具，都需要注意以下几点：
(1)防止非正常升温，避免阳光暴晒，特别是炎热的夏季更应注意。因为阳光直接暴晒种蛋后，会造成种蛋升温促使胚胎发育，此时发育为非正常发育。受热的程度和时间不同，胚胎发育的程度也不一样，如果温度较高，受热时间过长，会严重降低孵化率。
(2)防止雨淋受潮，种蛋如果被雨淋或者受潮会使蛋壳上一层蛋白保护膜受损，微生物就会通过保护膜、蛋壳气孔入侵蛋内，种蛋会腐败变质。
(3)装运时，一定要做到轻装轻放轻卸，严防装蛋用具变形破损。种蛋装人运输工具后，严禁挤压。运输过程中严防强烈震动，强烈震动后的种蛋可能导致气室移动、蛋黄膜破裂、系带断裂等严重情况，如果道路高低不平，颠簸厉害，应在装箱底下多铺富有弹性的垫料，尽量减轻震动。如果有条件可以保持良好的种蛋运输环境条件，控制温度在18C左右、相对湿度为75%~80%，运输距离较长可以使用飞机。
(1)种蛋消毒的原因种蛋从母鸭体内产出， 要经过肛门排出到外界环境中。经过肛门时蛋壳会带有少量微生物，外界环境中也有微生物，尤其是产蛋后，蛋落在垫草等上面，也会存在微生物，要是环境消毒频率较低，微生物含量会较高。蛋在外界环境中，蛋壳表面的微生物会迅速繁殖，繁殖速度受蛋的清洁度、气温高低及湿度大小等因素影响。
虽然蛋有胶质层、蛋壳、内外壳膜等几道自然屏障，但是它们都不具备抗菌性能，所以微生物仍可进人蛋内。一旦微生物进人蛋内会导致胚胎感染病原，甚至死亡，影响孵化率和雏鸭的质量。为了防止此类情况发生，在实际生产中会对种蛋适时进行科学、规范的消毒。
(2)种蛋消毒的方法 种蛋的消毒方法较多，常用的有福尔马林熏蒸消毒法、二氧化氯消毒法、臭氧消毒法、过氧乙酸消毒法、新洁尔灭消毒法等，另外还有紫外线照射消毒法、碘液浸洗法、中药熏蒸法等。
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