1946年3月17日，一架專機在飛往南京的時候，恰逢南京上空天氣複雜，雷電交加，這架飛機只能轉飛徐州，途中飛機撞上南京西郊的岱山，機毀人亡，這個空難引起一片譁然和震驚，因為飛機上有一個大名鼎鼎的人物戴笠。
戴笠一直是軍統局的掌舵者，他死後，蔣介石立刻對軍統局進行改組，該組織公開的特務武裝部分與國民政府軍委會軍令部二廳合併為國防部第二廳，由鄭介民任廳長，1946年7月1日軍統局改名為國防部保密局，鄭介民兼任保密局局長，後由毛人鳳接任。
戴笠之死標誌著軍統時代的結束，因他死後軍統龐大的特務武裝被剝離出去，後來的保密局已不復往日氣象，不過鮮為人知的是，和軍統連為一體的戴笠至死都是軍統的副局長，他的陸軍中將還是死後追授的，戴笠時代，軍統名義上的局長有四任。
陳立夫
陳立夫
軍統的全稱是“國民政府軍事委員會調查統計局”，這個機構成立於1937年底，下轄兩個處，第一處負責黨務，第二處則負責情報，到了1938年8月，機構進行了改革，第一處分離出去成了“國民黨中央執行委員會調查統計局”，也就是“中統”，至此“軍統”和“中統”正式成立，嚴格意義上的軍統就是在1938年8月這次機構重組時正式成立的。
中統局長由國民黨中央秘書長朱家驊兼任，徐恩曾任副局長；軍統首任局長由陳立夫兼任，戴笠任副局長。
陳立夫的父親陳其美是同盟會元老，還和蔣是結義兄弟，1916年陳其美遇刺身亡，蔣介石趕來撫屍大哭，孫中山也立即趕來，痛哭不已，手書“失我長城”四字，陳其美死後，蔣介石對陳立夫及他的哥哥陳果夫極為關照。
陳立夫歷任蔣介石的機要秘書、國民黨秘書長、教育部長、立法院副院長等要職，是蔣的嫡系心腹，他和陳果夫被稱為“二陳”，陳立夫是首任“軍統局”局長，一般而言歷任軍統局長都是名義上的虛銜，實權完全由副局長戴笠執掌，但是陳立夫在的時候應該不是，一來陳氏兄弟本來就不是善茬，二來對蔣介石而言對戴笠再信任也是比不上陳立夫的，在子侄輩中除了蔣經國外，蔣最信任的就是陳氏兄弟。
不過好在陳立夫很快就不再兼任軍統局長了，戴笠終於可以放開手大展拳腳了。
陳立夫於2001年病逝，年101歲。
賀耀祖
賀耀祖
戴笠名聲不好資歷也淺，僅僅是個黃埔六期生，所以陳果夫之後的軍統局長由賀耀祖接任。
賀耀祖是湖南省寧鄉人，早年畢業於日本陸軍士官學校，他資歷很深，是湘軍元老，1923年就已經是湘軍的第1師師長，後又參加了北伐，任國民革命軍獨立第2師師長，蔣介石一度對賀耀祖非常的信任，1930年5月任命他為徐州行營主任，第二年又讓他當選為中國國民黨中央執行委員，1938年2月又讓中將軍銜的賀耀祖加上將軍銜，同年接任軍統局局長一職，不過從賀耀祖開始軍統局局長都是兼任職務，軍統的大權由副局長戴笠所掌握，重要事情戴笠直接向蔣介石彙報，當然包括賀耀祖在內的歷任局長也都對此心知肚明，對軍統的事務並不多加過問。
賀耀組在1940年4月接替張治中任侍從室第一處主任，兼任軍統局局長不變，這也成為之後的一個慣例，即侍從室第一處主任兼任軍統局局長，侍從室第一處主任向來都是由蔣介石的親信來擔任的，可見當時蔣對其的信任。
賀耀祖對蔣的一些做法很不滿，他堅決反對蔣介石的“攘外必先安內”政策，賀耀祖在1937年擔任蘭州行轅主任期間，釋放了紅四方面軍劉瑞龍、魏傳統等四人和關押在蘭州監獄的一些政治犯，並電請蔣介石釋放扣留在西安的紅軍戰士，對此蔣很是不滿。
1942年，一架給延安運送藥品的蘇聯飛機沒有得到放行的許可命令，被迫停靠在蘭州機場。賀耀祖以待從室第一處主任身份電令蘭州航空站放行。事後，蔣介石暴跳如雷，下令免去了賀耀祖待從室第一處主任的職務。
從此賀耀祖便被冷處理，，成為限制使用的對象，抗戰勝利後，賀耀祖反對蔣介石發動內戰，辭去一切職務，1949年8月，賀耀祖在香港與龍雲、劉斐等44人聯合發佈起義通電，同年冬來到北京。
賀耀祖於1961年7月病逝，年73歲。
林蔚
林蔚
1942年9月受蔣介石猜忌的賀耀祖被免去了待從室第一處主任，這一職務由林蔚接任。
林蔚是浙江黃岩人，畢業於陸軍大學，是陳誠的“土木系”骨幹，按照蔣介石的用人標準，林蔚完全屬於可以放心使用的人，1938年4月，林蔚接替錢大鈞擔任待從室第一處主任，1939年調任軍政部次長，後又任中國緬印馬軍事考察團任副團長，之後又接任賀耀祖第二次出任待從室第一處主任。
林蔚第二次在侍從室第一處任職的時間是1942年9月至1944年11月，之後由錢大鈞接任。林蔚當時並未被直接任命兼任軍統局軍長，但是當時戴笠每年還是向其彙報工作，這也算是一種默認。
林蔚後來歷任國防部第一次長、代理參謀總長等職務，國民黨敗逃臺灣省後，他任“總統府戰略顧問”，被晉升為二級陸軍上將，1955年，病逝，年67歲。
錢大鈞
錢大鈞
錢大鈞是國民黨元老，黃埔軍校建校初期他就是教官，資歷很老，1925年就已經是第一軍（蔣介石兼軍長）第一師（師長何應欽）少將副師長兼參謀長，北伐時期他歷任北路軍總指揮、第三十二軍軍長、第3師師長等職。
蔣介石將他的侍從室在1936年1月改組，錢大鈞被任命為侍從室第一處主任，他也是該處的首任主任，他在1936年1月至1938年3月期間任職。
1938年，國民政府航空委員會改組，錢大鈞任主任委員，他在任職期間發生了一件醜聞，錢大鈞在分配一批航空特別費時，把這筆款項和幾個高級官員瓜分，事情洩露後，蔣介石一怒之下將其撤職查辦，不過老蔣為人只要是自己人犯再大的錯處理方式向來是意思意思就行了，錢大鈞後來又被起用，還做到了軍政部政務次長，之後在1944年12月再次接任侍從室第一處主任。
抗戰勝利後，錢大鈞歷任上海市長兼淞滬警備司令、重慶綏靖公署副主任、西南軍政長官公署副長官等職務，後逃往臺灣省，1982年病逝，年90歲。
結語
戴笠
戴笠的軍統局在他生前有四任局長，即陳立夫、賀耀祖、林蔚、錢大鈞，陳立夫在軍統、中統分家後旋即離任，賀耀祖、林蔚、錢大鈞三人只是名義上的局長，戴笠只需要每年向他們述職一次即可，軍統的實際掌舵者就是戴笠，也正因為上面一直有一名義上的局長，所以戴笠不喜歡手下當面叫他的職務，所以手下投其所好稱其為“戴老闆”。
現在網上流傳有一個誤傳說張治中和商震也兼任過軍統局的局長，給出的原因是兩人也當過侍從室第一處主任，張治中當侍從室第一處主任的時候，賀耀祖就已經兼任軍統局局長了，1940年4月張的主任一職由賀接任，這個時候侍從室第一處主任兼任軍統局局長才成為慣例，至於商震當侍從室第一處主任的時候恰逢侍從室改革，不久就撤消了，商震也沒有兼任過軍統局局長。
軍統在戴笠死後就被蔣介石迅速改組，可以說戴笠死後就沒有軍統了，後來的鄭介民、毛人鳳一般都認為是保密局體系了，保密局雖然脫胎于軍統，但是二者實力相差很大。
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