明朝在憲宗時的後宮中，是沒有殯妃敢懷孕生子的，這是因為被年齡已大、無法生子又專寵的萬貴妃殘害的結果。朱佑樘能僥倖出生並存活下來，其間充滿了戲劇色彩。朱佑樘的母親紀氏是宮中一個小小的女史（女官名稱），負責管理宮中藏書。 1469 年秋天，憲宗偶然來到書房，見紀氏長得如花似玉，頓時春心湧動與之合歡，自此有孕。紀氏生下朱佑後，為保全性命，忍痛將他交給門監張敏，讓張敏把他溺死。為人善良的張敏想到皇上無子，就揹著萬貴妃秘密撫養，從而保全了朱佑樘的生命。
六年後的一天，憲宗召張敏梳頭，對鏡哀嘆道："聯將老了，可是還沒有兒子！"張敏立即跪下說："皇上並非無子！"憲宗大為驚詫，張敏接著說："現在安樂堂內就有您的龍種。"憲宗更加奇怪了，於是張敏就把朱佑樘的事情告訴了他。憲宗大喜，立即派人把朱佑樘接來，隨即命禮部定名，並冊封紀氏為淑妃。但紀氏終究還是沒能逃過厄運，不久就在新居永壽宮暴死。
1469 年的冬天，朱佑樘被立為太子，並於1487 年即位，是為孝宗。即位後，孝宗立即對太監梁芳、禮部右侍郎李孜省等前朝奸臣一一罷免。兩個月後，孝宗又下令將那些冒領官俸的僧侶、藝人3000 多人一概除名。
接下來，孝宗以各種方式處罰了另外一些腐敗之徒。在清理過程中，孝宗注意方式方法，沒有大開殺戒。被砍掉腦袋的，只是一個罪大惡極的僧人繼曉。罷斥完奸佞後，自然任用的就是賢能之人。為了熟悉官吏的情況，孝宗曾下令吏、兵兩部把官吏姓名全部抄錄下來，貼在文華殿的牆壁上，一旦有人員變更隨時更改。他多次指示吏部、都察院提拔、罷免官吏的主要標準，是看此人有無政績。因而在當時，形成了"朝多君子"的盛況，出了許多名臣。孝宗還採納了吏部尚書王怒的意見，在早朝之外，還在便殿召見大臣，謀議政事，這便避免了早朝因時間限制，皇帝與大臣不能深人交流而導致所實施的政策會有偏差的弊端。為更進一步提高決策效率，孝宗還於早朝外開始增加午朝，每天在左順門接見大臣，傾聽他們對政事的見解，從而做出了許多重大決策。
針對前朝因奸佞阻攔而言路不通的問題，孝宗廣開言路，臣子們紛紛上書針砭時弊。弘治元年（1488年），都御史馬文升上疏十五時政，其中一條"節約費用，以救百姓生活艱難困頓"孝宗對這個建議非常賞識，下令減少宮中開支。
其實孝宗能夠做到廣納善言這一點，得益於他周圍有一批對朝廷忠心耿耿的大臣。在群臣之中，孝宗最信任的是王恕。以"好直言"著稱，在成化年間，曾被憲宗強迫致仕，孝宗即位後，孝宗讓他出任吏部尚書。王恕在職期間，除了繼續抨擊時弊之外，還向孝宗推薦了許多有才學的正直之士。孝宗極為賞識的還有馬文升，這是一位文韜武略雙修的大臣，弘治二年（ 1489 ）由左都御史升任兵部尚書。馬文升就職以後，嚴明紀律，嚴整軍務，罷免了 30 餘名不稱職的將校。此後數年，孝宗仍把重用忠良之士作為治理朝政的保證，又陸續把劉健、謝遷、李夢陽等人，提升到內閣當中參與機務。同時孝宗亦能做到親賢逐俊，勤於政事。弘治九年（ 1496 ）閏三月，少詹事王華揭發太監李輔國與張皇后關係甚密，招權納賄。李輔國知道後馬上對王華進行報復，他向孝宗進讒言說王華惡行昭著，以予嚴懲。
孝宗聽後，不但沒有對王華進行懲罰，反而傳令中官賜食給王華，以示親近。弘治十年二月，孝宗在後苑遊玩的時間過長，侍講學士王鰲便對皇上此舉提出勸誡，告誡他切忌過於玩樂，以免玩物喪志。孝宗當時聽了沒有反應，繼續玩自己的。但在事後，他卻對誘導他玩樂的太監說："講官指出這一缺點完全正確，是一片誠摯之情，完全是為我著想啊！"
在勤政愛民方面，孝宗也是一個不錯的典範。這主要表現在減免災區的賦稅毛收上。從弘治三年（1490）河南因災免秋糧始，他對每年奏報來的因災免賦要求無一例外地加以同意。
但是人無完人，朱佑樘與他的先祖們一樣，對太監也不太反感，東廠的權力仍然掌握在太監手中。對朱佑樘發生影響的是太監李廣。當時，朝中王越不知從哪裡得知北方鞋靶部首領小王子要來入侵，為了贏得功勳，他暗中遣人拜託李廣，希望他能向孝宗美言讓自己帶兵出征。
結果孝宗真按李廣的舉薦起用了王越，命為總制三邊的將領。王越年已70多歲，奉詔即行，揮軍馳至賀蘭山，襲破小王子營，大獲全勝。李廣也因舉薦有力得到重賞。從此使得孝宗對他另眼相看。
也就是在李廣的導引下，孝宗開始對修煉齋醮之事產生了興趣，召用了方士、真人，研究符篆禱祀諸事。大學士徐溥以及閣臣均上書力諫，希望孝宗能夠以唐憲宗、宋徽宗等事蹟為鑑，孝宗雖不無嘉許，有所收斂，但對李廣仍有所愛。後李廣因觸怒太后自殺，在其家中發現大量受賄證據！孝宗震驚！這件事對孝宗的觸動很大，使他開始反思自己以前的所作所為，認識到自己以前的糊塗。同時，亦是這件事情使得孝宗重新振作起來，朝政也日漸恢復好轉。
軍事上，他積極練兵，開拓墾田，使得北部的韃靼不敢貿然向大明發動戰事。弘治十五年（ 1502 ) ，孝宗將曾修治黃河有功的劉大夏，由總督兩廣軍務的左副都御史提升為兵部尚書。在孝宗的支持下，劉大夏大力整頓軍事。先是從核查軍隊虛額入手，補進了大量壯丁，同時也請孝宗停辦了不少"織造"和齋酸。孝宗看了劉大夏寫的"兵政十害"的疏奏，解決了軍隊中存在的許多問題。
在孝宗在執掌權力的最後一段時間裡，全力以赴整頓朝綱，渴望帝國的振興。弘治十八年 （1505年) ，朝臣李夢陽奉旨去山東曲阜祭祀孔子，時值大旱。沿途一路饑民眾多，景況慘不忍睹。李夢陽遂將其所見如實奏報孝宗，說今日之情況，多為朝廷弊政所致。孝宗看了奏報，反躬自省，竟夜不能眠。也就與此同時，工部尚書曾檻為削減宮中的開支，向他進言，裁減尚衣局、軍器局、司設監的匠人，他毫不猶豫地同意。後來，他又下令裁減"織造中官"數額的三分之一，節省了經費開支。可惜，天不假年， 1505 年，這位明朝中期政治最為清明、政績最為卓著的一代明君告別了人世，享年 35 歲。
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