明朝在宪宗时的后宫中，是没有殡妃敢怀孕生子的，这是因为被年龄已大、无法生子又专宠的万贵妃残害的结果。朱佑樘能侥幸出生并存活下来，其间充满了戏剧色彩。朱佑樘的母亲纪氏是宫中一个小小的女史（女官名称），负责管理宫中藏书。 1469 年秋天，宪宗偶然来到书房，见纪氏长得如花似玉，顿时春心涌动与之合欢，自此有孕。纪氏生下朱佑后，为保全性命，忍痛将他交给门监张敏，让张敏把他溺死。为人善良的张敏想到皇上无子，就背着万贵妃秘密抚养，从而保全了朱佑樘的生命。
六年后的一天，宪宗召张敏梳头，对镜哀叹道："联将老了，可是还没有儿子！"张敏立即跪下说："皇上并非无子！"宪宗大为惊诧，张敏接着说："现在安乐堂内就有您的龙种。"宪宗更加奇怪了，于是张敏就把朱佑樘的事情告诉了他。宪宗大喜，立即派人把朱佑樘接来，随即命礼部定名，并册封纪氏为淑妃。但纪氏终究还是没能逃过厄运，不久就在新居永寿宫暴死。
1469 年的冬天，朱佑樘被立为太子，并于1487 年即位，是为孝宗。即位后，孝宗立即对太监梁芳、礼部右侍郎李孜省等前朝奸臣一一罢免。两个月后，孝宗又下令将那些冒领官俸的僧侣、艺人3000 多人一概除名。
接下来，孝宗以各种方式处罚了另外一些腐败之徒。在清理过程中，孝宗注意方式方法，没有大开杀戒。被砍掉脑袋的，只是一个罪大恶极的僧人继晓。罢斥完奸佞后，自然任用的就是贤能之人。为了熟悉官吏的情况，孝宗曾下令吏、兵两部把官吏姓名全部抄录下来，贴在文华殿的墙壁上，一旦有人员变更随时更改。他多次指示吏部、都察院提拔、罢免官吏的主要标准，是看此人有无政绩。因而在当时，形成了"朝多君子"的盛况，出了许多名臣。孝宗还采纳了吏部尚书王怒的意见，在早朝之外，还在便殿召见大臣，谋议政事，这便避免了早朝因时间限制，皇帝与大臣不能深人交流而导致所实施的政策会有偏差的弊端。为更进一步提高决策效率，孝宗还于早朝外开始增加午朝，每天在左顺门接见大臣，倾听他们对政事的见解，从而做出了许多重大决策。
针对前朝因奸佞阻拦而言路不通的问题，孝宗广开言路，臣子们纷纷上书针砭时弊。弘治元年（1488年），都御史马文升上疏十五时政，其中一条"节约费用，以救百姓生活艰难困顿"孝宗对这个建议非常赏识，下令减少宫中开支。
其实孝宗能够做到广纳善言这一点，得益于他周围有一批对朝廷忠心耿耿的大臣。在群臣之中，孝宗最信任的是王恕。以"好直言"著称，在成化年间，曾被宪宗强迫致仕，孝宗即位后，孝宗让他出任吏部尚书。王恕在职期间，除了继续抨击时弊之外，还向孝宗推荐了许多有才学的正直之士。孝宗极为赏识的还有马文升，这是一位文韬武略双修的大臣，弘治二年（ 1489 ）由左都御史升任兵部尚书。马文升就职以后，严明纪律，严整军务，罢免了 30 余名不称职的将校。此后数年，孝宗仍把重用忠良之士作为治理朝政的保证，又陆续把刘健、谢迁、李梦阳等人，提升到内阁当中参与机务。同时孝宗亦能做到亲贤逐俊，勤于政事。弘治九年（ 1496 ）闰三月，少詹事王华揭发太监李辅国与张皇后关系甚密，招权纳贿。李辅国知道后马上对王华进行报复，他向孝宗进谗言说王华恶行昭著，以予严惩。
孝宗听后，不但没有对王华进行惩罚，反而传令中官赐食给王华，以示亲近。弘治十年二月，孝宗在后苑游玩的时间过长，侍讲学士王鳌便对皇上此举提出劝诫，告诫他切忌过于玩乐，以免玩物丧志。孝宗当时听了没有反应，继续玩自己的。但在事后，他却对诱导他玩乐的太监说："讲官指出这一缺点完全正确，是一片诚挚之情，完全是为我着想啊！"
在勤政爱民方面，孝宗也是一个不错的典范。这主要表现在减免灾区的赋税毛收上。从弘治三年（1490）河南因灾免秋粮始，他对每年奏报来的因灾免赋要求无一例外地加以同意。
但是人无完人，朱佑樘与他的先祖们一样，对太监也不太反感，东厂的权力仍然掌握在太监手中。对朱佑樘发生影响的是太监李广。当时，朝中王越不知从哪里得知北方鞋靶部首领小王子要来入侵，为了赢得功勋，他暗中遣人拜托李广，希望他能向孝宗美言让自己带兵出征。
结果孝宗真按李广的举荐起用了王越，命为总制三边的将领。王越年已70多岁，奉诏即行，挥军驰至贺兰山，袭破小王子营，大获全胜。李广也因举荐有力得到重赏。从此使得孝宗对他另眼相看。
也就是在李广的导引下，孝宗开始对修炼斋醮之事产生了兴趣，召用了方士、真人，研究符篆祷祀诸事。大学士徐溥以及阁臣均上书力谏，希望孝宗能够以唐宪宗、宋徽宗等事迹为鉴，孝宗虽不无嘉许，有所收敛，但对李广仍有所爱。后李广因触怒太后自杀，在其家中发现大量受贿证据！孝宗震惊！这件事对孝宗的触动很大，使他开始反思自己以前的所作所为，认识到自己以前的糊涂。同时，亦是这件事情使得孝宗重新振作起来，朝政也日渐恢复好转。
军事上，他积极练兵，开拓垦田，使得北部的鞑靼不敢贸然向大明发动战事。弘治十五年（ 1502 ) ，孝宗将曾修治黄河有功的刘大夏，由总督两广军务的左副都御史提升为兵部尚书。在孝宗的支持下，刘大夏大力整顿军事。先是从核查军队虚额入手，补进了大量壮丁，同时也请孝宗停办了不少"织造"和斋酸。孝宗看了刘大夏写的"兵政十害"的疏奏，解决了军队中存在的许多问题。
在孝宗在执掌权力的最后一段时间里，全力以赴整顿朝纲，渴望帝国的振兴。弘治十八年 （1505年) ，朝臣李梦阳奉旨去山东曲阜祭祀孔子，时值大旱。沿途一路饥民众多，景况惨不忍睹。李梦阳遂将其所见如实奏报孝宗，说今日之情况，多为朝廷弊政所致。孝宗看了奏报，反躬自省，竟夜不能眠。也就与此同时，工部尚书曾槛为削减宫中的开支，向他进言，裁减尚衣局、军器局、司设监的匠人，他毫不犹豫地同意。后来，他又下令裁减"织造中官"数额的三分之一，节省了经费开支。可惜，天不假年， 1505 年，这位明朝中期政治最为清明、政绩最为卓著的一代明君告别了人世，享年 35 岁。
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