《大明劫》是“學院派導演”王競繼《萬箭穿心》後又一部帶有深刻思辨色彩的現實主義風格電影。
明朝末年，連年災荒，戰亂四起，局勢風雨飄搖。
在大廈將傾之時，電影的兩個主人公登場了。
一個是臨危受命抗擊闖軍的大將孫傳庭，一個是厭倦官場憤而辭職的遊醫吳又可。看似毫無關係的兩個人，因為一場瘟疫，兩個人的命運緊密的連在一起。
崇禎十五年，李自成起兵圍攻開封，朝廷將領對闖軍屢戰屢敗，崇禎帝不得已重新起用名將孫傳庭，率精騎五千死守潼關抵禦闖軍。
到達陝西后，孫傳庭設下鴻門宴，斬殺了率部譁歸、殺良冒功的總兵賀人龍，以此樹立自己的權威。
除掉了不聽號令的賀人龍，孫傳庭開始檢閱部隊，明軍的弊病一下子暴露了。
軍械朽爛，不堪使用；官兵之中，瘟疫盛行；軍糧倉廒，處處皆空……
與此同時，遊醫吳又可正為一場醫療官司焦頭爛額。
在給一名垂危病人治病時，吳又可發現病人舌苔黃厚、心腹脾滿，故診斷為邪毒入裡，果斷開了大量瀉藥以去邪正安。病人服藥後腹瀉不止，家人自作主張給病人換上了人參、黃芪等溫補之藥，結果反而把病人給補死了。
死者家屬一紙訴狀將吳又可告到了縣衙。吳又可呈上病人倒在街上的藥渣，辯解說死者服用的並不是自己開的方子。縣官聽取雙方陳詞，確認不是吳又可的責任，予以銷案，並附上了一條附加條件：
吳又可，你行醫用藥異於常規，這次算你僥倖。從今日起，不許你在本官所轄境內行醫。
他只好背起行囊，到潼關投靠他的師父趙川趙提領。
趙提領是明軍的軍醫，當時疫病肆虐，明軍軍營也未能倖免，大批士兵嘔吐不止，七竅流血而死。
趙提領前往營中治療，吳又可也跟著師傅前往。趙提領認為士兵是“風寒暑溼，天之常氣，入侵肌膚所感”，照《傷寒論》開方治療。而吳又可卻從病人脈象以及來潼關途中的經歷判斷軍士絕非傷寒，而是瘟疫，因此開出了與趙提領完全不同的方子。
相同的症狀，不同的方子，指揮使任琦犯了難，他趕緊去問趙提領。趙提領聽完吳又可一番“異於常規”的解釋後大吃一驚：
沒有確鑿證據，怎麼能夠妄加猜測！
趙提領告知任指揮使自己全權負責診斷，否定了吳又可的方子，並以“狂妄忤逆”“醫家大忌”為由，不再讓吳又可參與軍中診療。
在趙提領看來，他遵循的方子畢竟是幾千年傳下來的“醫聖”的方子，是老祖宗智慧的結晶，怎麼能錯了？
瘟疫一天比一天嚴重，軍營之中人心惶惶，趙提領的方子完全沒起到作用。
終於有一天，趙提領自己也被病人傳染，臨死前他絕望地吶喊：
醫家傳統，祖宗療法，就算不能救人吧，也不至於殺人吶！這是哪不對了！
軍中其他醫官開的方子也不見效，害怕被罰的他們一個一個都逃跑了。
這時指揮使任琦想起了吳又可，想把他接到營中施救。
吳又可告訴孫傳庭，傷寒之邪淺，僅通過肌膚傳入，下藥即除；而瘟疫則因人呼吸間吸入癘氣，轉化為疫邪後盤結在體內的“膜原”，根深蒂固。
雖然聽不懂吳又可的理論，孫傳庭還是要求吳又可留在軍中。因為他深知瘟疫的威力。七年前，潼關總兵龍世威因大疫才敗給闖軍，這次疫病又起，他決不能掉以輕心。
根據吳又可的安排，軍營中採取了“隔絕病患、開窗通風”的做法，按患者病情輕重分別隔離治療，配合吳又可的方子熬製藥物，終於控制住了疫情擴大的趨勢。
疫病雖然暫時控制住了，但是還有很多棘手的問題擺在孫傳庭面前。
由於武器朽毀，無錢整治，糧草缺乏，無米充飢。
孫傳庭上書請求增加錢糧，崇禎皇帝不僅置之不理，反而不斷催促出兵。
無錢無糧，根源在於地方鄉紳侵佔軍田，屯田制名存實亡。
孫傳庭設宴招待鄉紳，希望鄉紳能慷慨解囊，支援國家，解明軍燃眉之急。然而貪婪的鄉紳面對即將滅亡的局面，仍然不願做出一點貢獻，反而隱匿戶口，拒不繳稅，像蛀蟲一樣不斷蠶食大明的根基。
孫傳庭只好清丈土地、造冊納糧，以求追繳豪紳所欠錢糧。
豪紳們也沒閒著，先是讓朝中的靠山“周閣老”參了孫傳庭一本，後又放火燒了經歷司，將賬本付之一炬。
死無對證，孫傳庭仰天長嘯：我投筆從戎十幾年，我到底為誰而戰！
那夜，軍帳之外，吳又可與孫傳庭相遇，兩者互道衷腸。孫傳庭請教吳又可用藥的道理，吳又可說“重症用險藥，鋌而走險方有一線生機。”孫傳庭回應道：“用藥如用兵，需要有膽有識，得遇先生，實屬萬幸”。
用藥如用兵，大明朝積弊已久，孫傳庭這味猛藥，能使大明痊癒嗎？
孫傳庭遲遲未能出關迎敵，反而一再上折要兵要糧要武器，崇禎皇帝對此頗為惱火，擔心他權橫一方不聽使喚再出一個罪惡總兵賀人龍，這時老太監道出實情：如果孫將軍不練出精兵強將，沒有糧草保障，即使出關匆忙應戰也是必敗無疑。
客觀地說，崇禎皇帝並不是昏君，整整十七年的時光裡他一直試圖挽救明朝滅亡的命運，然而大明朝的沉苛難返卻非他所能救亡。
吳又可在軍營劃片管理患病將士時，一名臂綁白布條的病重小兵，經治療病症減輕，吳又可幫他解除白布條說他可以入隊了，這名小兵卻稱家有老母要伺候不想打仗了，吳又可停頓了片刻又把白布條重新系了上去。
面對崇禎皇帝的一催再催，孫傳庭無可奈何，只得倉促率軍出關。
當晚，孫傳庭設酒招待吳又可，感謝他為軍隊做出的貢獻。席間，孫傳庭問吳又可：你覺得大明朝氣數已盡了嗎？
吳又可回答說：“《黃帝內經》有云：不治已病治未病，不治已亂治未亂。歷朝歷代皆是始興終衰。其中道理，皆是重馭世之道，輕經世之理，我朝積弊已久，非一劑猛藥可以治癒。”
出發之前，孫傳庭下令斬殺尚未痊癒的士兵，以求輕裝上陣，不留累贅。
那個不想打仗裝病的小兵，也一起被殺了。
吳又可臨走前，給孫傳庭留了一張字條：
王朝興衰，唯有醫道長存。又可有心無力，唯有不辭而別。亂世蒼生，各有宿命。
崇禎十五年，孫傳庭戰死於潼關，吳又可回到老家蘇州，完成了著作《瘟疫論》，書中所記載的經方“達原飲”在非典治療中收到了奇效。
《大明劫》很巧妙地把明末亂世的朝野荒戾、虛實變換，通過歷史事件與兩位真實英雄串接於一體，戰亂與疫亂兩條主線明晰而交織，以人帶史，以史明理，用犀利的鏡頭語言娓娓相告那淒涼恍如命中註定的暮氣殘陽。
這部電影在2013年上映時叫好不叫座，但今天看來，無論是劇情、道具還是演員的演技都堪稱上乘，其中反映的歷史及和刻畫的故事也引人深思。
在大疫當前的局勢下，我們更應該吸取歷史上的經驗和教訓，堅定必勝的決心，畢竟任何困難都難不倒英雄的中國人民。
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