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南師附中有8個分校:
1、南京師大附中江寧分校
南京師大附中江寧分校是國內規模最大、層次最高的民辦學校之一。學校秉承附中優良傳統，精心打造分校辦學特色，在開齊開足所有國家課程的基礎上，建立了適合不同層次、不同興趣、不同能力傾向學生的個性化教育校本課程體系。從2006年首屆學生畢業至今，已經有9位學生考取清華、北大。自2005年參加學科競賽以來，在全國數學、物理、化學、生物奧賽中，已獲得省一等獎（含全國等級）112人次、省二等獎127人次，獲獎的層次和人次緊隨南京市三大老牌名校。此外，學生在各級各類中小學生作文、英語口語電視大賽、科技創新大賽、中學生創意大賽、青春健美操比賽等活動中成績驕人。
2、南京樹人國際學校
南京樹人國際學校是由南京師大附中於2001年獨資創辦的一所民辦初級中學。辦學9年來，學校充分利用百年附中優秀的文化資源，堅持促進每一位學生充分發展的辦學理念，努力構建適應學生個性發展需要的課程體系，在執行國家教學計劃的同時，利用本校特有的教學資源，為全校學生開設了豐富多彩的數學、信息技術、英語等品牌競賽課程。學校辦學至今已有六屆畢業生，每屆都有超過95%的學生考入省級以上重點中學，有50%以上的學生進入附中本部學習，每年還有4-5人經考核進入新加坡維多利亞初級學院深造。先進的辦學理念、優異的辦學成績，使得樹人迅速躋身於南京市乃至江蘇省一流名校行列，成為基礎教育領域的一個亮點。
3、南京師大附中新城初級中學
南京師大附中新城初級中學是南京師大附中與建鄴區教育局於2005年7月合作創辦的一所公辦性質的初級中學，由南京師大附中輸出課程結構和管理模式，派出優質人力資源，與附中本部實施教科研一體化管理，共享附中集團優質資源。
4、南京樹人國際學校宿遷分校
南京樹人國際學校宿遷分校是宿遷市宿城區人民政府與南京師大附中合作創辦的一所九年一貫制公辦學校。學校秉承附中優良的辦學傳統，以"嚼得菜根，做得大事"為校訓，以"現代化、高質量、有特色、精品化"為辦學追求，致力於打造一所宿遷一流、全省知名的品牌特色學校。先進的辦學理念、現代化的教學設施、一流的師資隊伍、附中的管理模式、樹人的課程設置、小班化教學、選擇性的分層輔導、個性化的社團選修、國際化的對外交流等成為學校的辦學特色。
5、南京師範大學附屬中學仙林學校（簡稱：南師附中仙林學校）是2012年5月8日由南京市教育局、南京市棲霞區人民政府、棲霞區教育局和百年名校南京師範大學附屬中學四方聯合創辦的一所九年制公辦學校。
6、南京師範大學附屬中學丁家莊初級中學
2014年9月1日，應南京市市委、市政府關於“名校進駐保障房片區”的要求，南師附中丁家莊初級中學正式成立。學校由棲霞區教育局與百年名校南師附中合作創辦，以為保障房片區的孩子提供優質教育、創造成長家園為宗旨。
7、南京師範大學附屬中學新城初級中學黃山路分校是由百年名校南京師大附中和建鄴區教育局於2013年合作創辦的一所公辦性質的初級中學。學校佔地面積35000㎡，校舍建築面積25316㎡，按照新課程實施的要求及學校的辦學定位，區政府、區教育局大力投入，高標準建設了教學樓、實驗樓、學科專
8、南京師範大學附屬中學新城初級中學怡康街分校
南京師範大學附屬中學新城初級中學怡康街分校是由百年名校南京師大附中和建鄴區教育局於2014年6月合作創辦的一所公辦性質的初級中學，與附中本部及新城集團實施教科研一體化管理。原南京市虹苑中學整體納入新城初級中學怡康街分校。
