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南师附中有8个分校:
1、南京师大附中江宁分校
南京师大附中江宁分校是国内规模最大、层次最高的民办学校之一。学校秉承附中优良传统，精心打造分校办学特色，在开齐开足所有国家课程的基础上，建立了适合不同层次、不同兴趣、不同能力倾向学生的个性化教育校本课程体系。从2006年首届学生毕业至今，已经有9位学生考取清华、北大。自2005年参加学科竞赛以来，在全国数学、物理、化学、生物奥赛中，已获得省一等奖（含全国等级）112人次、省二等奖127人次，获奖的层次和人次紧随南京市三大老牌名校。此外，学生在各级各类中小学生作文、英语口语电视大赛、科技创新大赛、中学生创意大赛、青春健美操比赛等活动中成绩骄人。
2、南京树人国际学校
南京树人国际学校是由南京师大附中于2001年独资创办的一所民办初级中学。办学9年来，学校充分利用百年附中优秀的文化资源，坚持促进每一位学生充分发展的办学理念，努力构建适应学生个性发展需要的课程体系，在执行国家教学计划的同时，利用本校特有的教学资源，为全校学生开设了丰富多彩的数学、信息技术、英语等品牌竞赛课程。学校办学至今已有六届毕业生，每届都有超过95%的学生考入省级以上重点中学，有50%以上的学生进入附中本部学习，每年还有4-5人经考核进入新加坡维多利亚初级学院深造。先进的办学理念、优异的办学成绩，使得树人迅速跻身于南京市乃至江苏省一流名校行列，成为基础教育领域的一个亮点。
3、南京师大附中新城初级中学
南京师大附中新城初级中学是南京师大附中与建邺区教育局于2005年7月合作创办的一所公办性质的初级中学，由南京师大附中输出课程结构和管理模式，派出优质人力资源，与附中本部实施教科研一体化管理，共享附中集团优质资源。
4、南京树人国际学校宿迁分校
南京树人国际学校宿迁分校是宿迁市宿城区人民政府与南京师大附中合作创办的一所九年一贯制公办学校。学校秉承附中优良的办学传统，以"嚼得菜根，做得大事"为校训，以"现代化、高质量、有特色、精品化"为办学追求，致力于打造一所宿迁一流、全省知名的品牌特色学校。先进的办学理念、现代化的教学设施、一流的师资队伍、附中的管理模式、树人的课程设置、小班化教学、选择性的分层辅导、个性化的社团选修、国际化的对外交流等成为学校的办学特色。
5、南京师范大学附属中学仙林学校（简称：南师附中仙林学校）是2012年5月8日由南京市教育局、南京市栖霞区人民政府、栖霞区教育局和百年名校南京师范大学附属中学四方联合创办的一所九年制公办学校。
6、南京师范大学附属中学丁家庄初级中学
2014年9月1日，应南京市市委、市政府关于“名校进驻保障房片区”的要求，南师附中丁家庄初级中学正式成立。学校由栖霞区教育局与百年名校南师附中合作创办，以为保障房片区的孩子提供优质教育、创造成长家园为宗旨。
7、南京师范大学附属中学新城初级中学黄山路分校是由百年名校南京师大附中和建邺区教育局于2013年合作创办的一所公办性质的初级中学。学校占地面积35000㎡，校舍建筑面积25316㎡，按照新课程实施的要求及学校的办学定位，区政府、区教育局大力投入，高标准建设了教学楼、实验楼、学科专
8、南京师范大学附属中学新城初级中学怡康街分校
南京师范大学附属中学新城初级中学怡康街分校是由百年名校南京师大附中和建邺区教育局于2014年6月合作创办的一所公办性质的初级中学，与附中本部及新城集团实施教科研一体化管理。原南京市虹苑中学整体纳入新城初级中学怡康街分校。
