在古代六扇門是三法司衙門的別稱，在《商子》中有記載：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。”在不同的朝代，三法司衙門有不同的指代。
例如在漢朝時，指的是廷尉、御史中丞和司隸校尉等到了唐宋兩朝時，指的都是大理寺、刑部和御史臺，後來到了元代，三法司衙門指的就是大宗正府、刑部和宣政院，而明清兩朝則指的是大理寺、刑部和都察院。歷朝歷代雖指代的機構不同，但都是些具有刑法效力的部門。
為什麼三法司衙門不叫三扇門、四扇門或者五扇門而叫六扇門呢？並非是因為古代也崇尚六六大順的意義，而是因為這六扇門的的確確指的就是衙門牆外的六扇大門。在古代，大門是極具重要性的，大門前面一般都有照邪驅鬼的照壁，門口大都放有兇狠的石獅子，兩側都有“八字牆”。所以古代的衙門為了展示其威嚴與地位，都設有六扇大門，這也就是六扇門的來歷。
六扇門雖然在明代才廣為人知，但實際上早在唐代就已經有了六扇門的雛形。不過都是一些民間傳說記載，說在唐代時君主就命令刑部建立“六扇門”秘密基地，專門挑選一些優質敏捷的少年，為除去綠林勢力和各種豪強士族做準備。不過後來隨著朝廷逐漸走上正軌，中央集權的加強，漸漸地這種秘密組織就被取締了。
後來在宋代時，六扇門又得到恢復，六扇門中的人大都遊走於江湖與朝廷兩邊，因為其做事的性質和手段，大都作為一個地下組織存在，頗有點我們現在所說的“黑社會組織”的意味。
等到了明朝萬曆年間，六扇門才變得“正大光明”起來，雖然仍然屬於秘密組織，但是屬於朝廷之官，在社會上擁有一定的威望和地位。在民間的流傳之中，六扇門這一組織頗具神秘色彩，他們行事狠辣，手段殘忍，專門負責一些牽扯多種人物關係的大案。
但實際上六扇門雖然在黑白兩道都有行動，但在“白”的一邊要遵守朝廷的規章制度，按照朝廷的法紀去做事。在“黑”的一邊既然要接觸江湖中人，那也要遵守江湖的規矩。要遵守兩種不同的規則制度，六扇門想不顧一切地辦事也並非那麼容易，但是另一方面既有朝廷的支持，又有江湖中人的協助，六扇門中的人做事情還是可以說是如魚得水。這麼一看，六扇門有點兒像連接朝廷與江湖的紐帶。
六扇門雖行事凌厲，但卻有一個不成文的規矩，那就是進門只允許東進西出，用於集中辦理政務的官署外的門就是衙門的“門面擔當”儀門，在平常的時候開著的時間不長，大多的時候都是關著的。而想要進入六扇門內儀門兩側的門中進來，因為古代的衙門大多都是坐北朝南，所以儀門的兩側的門就在儀門的東西兩邊。一般都是東方向的門進，西方向的門出，與我們現在所提倡的靠右行走有異曲同工之妙。
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