戊戌变法失败后，光绪帝被慈禧幽禁在中南海瀛台涵元殿，这一关就是十年，光绪三十四年(1908年）十一月十四日，光绪帝驾崩，次日慈禧亦驾崩，两人去世时间相隔不到二十小时，光绪的死因百余年来众说纷纭，出现了不同关于光绪帝之死的说法。
据说光绪帝生病卧床的时候，知道慈禧也病的不轻后，曾在日记中写道：“朕病的很重，但是朕觉得亲爸爸(指慈禧）一定会死在朕前面，如果是这样，朕会下旨斩杀袁世凯和李莲英。”袁世凯在维新变法的关键时候没有选择支持光绪帝，反而向慈禧告密了光绪阴谋发动政变推翻她，因此光绪非常恨袁世凯，而李莲英，作为慈禧的心腹对光绪也多有无理。很可惜的是这段日记被李莲英获悉，他立即报告给了慈禧，说皇上想死在老佛爷之后呢，慈禧听了恨恨地说：“我绝不能死在皇上前面”。于是乎，密令太监毒死了光绪帝。
一段时间慈禧命人毒杀光绪帝这一说法广为流传，而且还有部分晚清笔记作为根据，比如当时的长期陪侍光绪帝的翰林院侍读学士恽毓鼎就在他的笔记《澄斋日记》毫不隐晦地写道：“清之亡，虽为隆裕（光绪的皇后），而害先帝，立幼主，授载沣以重器，其祸实归于孝钦（慈禧）也。”还有成书于民国的《清稗类钞》亦指出慈禧临终前为了防止光绪再一次掌权，推翻她生前的一切政治布局，决定“帝须先于自己命终。”清末翰林院庶吉士胡思敬在他所著《国闻备乘》一书中认为德宗先于慈禧一日驾崩，天下实难找出如此巧合之事，将光绪帝之死矛头指向了李莲英和慈禧预谋害死。
这种观点并非是空穴来风，戊戌变法失败后，光绪帝虽然被幽禁于瀛台，但慈禧早已有废黜和弑害光绪帝的打算，又不然也不会立溥儁为大阿哥，慈禧担心光绪帝会在自己死后复位翻案，所以才会在自己病危死命人害死光绪帝，并择选了醇亲王载沣之子溥仪作为嗣君继承大统。
另外还有袁世凯、李莲英之说，但此二人也没有天大的胆子敢弑君，最终的元凶还是指向了慈禧，是慈禧指示他们其中一人害死了光绪帝。
还有学者认为，光绪帝从小体弱多病，又不然也不可能到死都没有留下一个子嗣，他是病死的。光绪帝作为晚清头脑最清醒，也是最有执政能力的皇帝，政治上长期受到慈禧的牵制控制，使其难以施展自己的政治抱负，长期下来精神变得极度抑郁，更使他患有严重的神经官能症，心悸、失眠、食欲不振等症状相继出现，驾崩前一年已病入膏肓，在多种身体机能长期透支的情况下，光绪帝的直接死因，很可能是心肺功能的慢性衰竭，引发急性感染，才导致他猝然长逝，这种说法，在很长一段时间成为光绪帝死因的主流说法。
以上说法都只是猜测，而真正具权威性的，是国家清史编纂委员会主任戴逸教授等13位专家联合撰写的《清载湉死因研究工作报告》，这份报告，是在光绪帝的陵寝清西陵的崇陵被打开后，通过部分保留下来的遗骨、头发和衣服等物经化验后得出光绪帝是死于服用剧毒的砒霜而死的，因为从这些光绪帝的遗留之物都检测出了砒霜的残留成分，这说明，光绪帝之死，最大的可能就是被毒杀，至于是谁下的手，我想大家应该不难理解吧。
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