武德四年（公元621年）三月，李世民在虎牢關活捉竇建德、王琬、長孫安世等人。李世民還讓孫安世告訴王世充失敗的情況。這個時候王世充打算衝出包圍，往襄陽跑，結果將領們都不同意。
《新唐書》卷一《本紀第一·高祖》：“（武德四年五月）戊辰，王世充降。”
李淵對王世充、竇建德最後的處置
武德四年（公元621年），七月九日，李世民凱旋迴長安。李世民就把王世充、竇建德講給李淵處理。《舊唐書》：秦王以世充至長安，高祖數其罪，世充對曰：“計臣之罪，誠不容誅，但陛下愛子秦王許臣不死。”高祖乃釋之。與兄苪、妻、子同徙於蜀，將行，為仇人定州刺史獨孤修所殺。子玄應及兄世偉等在路謀叛，伏誅。世充自篡位，凡三年而滅。
然而竇建德也沒有逃脫了，被斬首的命運。《舊唐書》記載：“七月，秦王俘建德至京師，斬於長安市，年四十九。”對於王世充和竇建德自然由李淵來處理，對於單雄信的處理，讓李世民有點為難。
李世民和單雄信的交集
大業十三年（617年），王伯當和徐世勣建議翟讓，把瓦崗寨主的位置讓給李密時。單雄信就被封為左武侯大將軍，《舊唐書·李密傳》：讓於是推密為主，號為魏公。二月，於鞏南設壇場，即位，稱元年，其文書行下稱行軍元帥魏公府。以房彥藻為左長史，邴元真為右長史，楊地方為左司馬，鄭德韜為右司馬。拜翟讓為司徒，封東郡公。單雄信為左武候大將軍，徐世勣為右武侯大將軍。
後來瓦崗寨失敗，李密投向唐朝，王世充又打敗李密，進圍偃師，單雄信等人投降，徐世勣投奔李唐。《舊唐書·李密傳》：密偃師失利，遂降於王世充，署為大將軍。
武德三年（620年），李世民攻打洛陽，單雄信率兵出戰，單雄信直取李世民，徐世勣制止單雄信，單雄信才退走。《舊唐書·李密傳》：太宗圍逼東都，雄信出軍拒戰，援槍而至，幾及太宗，徐世勣呵止之，曰：“此秦王也。”雄信惶懼，遂退，太宗由是獲免。
李世民為何殺害單雄信？
單雄信雖然將才難得，但是他是一個“有奶就是娘”的人，李世民對他不放心。當時瓦崗寨的核心成員就是：翟讓、單雄信、徐世勣，後來李密上山，翟讓就把位置讓給了李密。公元617年11月，李密設宴請翟讓喝酒，趁機把翟讓殺害。
緊接著，翟弘、翟摩侯、王儒信都被殺。徐世勣想跑，被守門的士兵砍傷脖子，幸虧被王伯當制止，再看單雄信，單雄信跪下來磕頭哀求，李密才沒有殺他。
後來瓦崗寨失敗，單雄信又投奔了王世充，還被封為大將軍。對於這些武功高強，卻人品有問題的人，讓李世民非常的不放心，說不定哪天就背叛自己了。這是李世民殺單雄信的第一點原因。
第二點，瓦崗勢力和關隴集團勢力的隔膜
李世民屬於關隴集團勢力，他對瓦崗勢力一直有戒備之心。除了對單雄信，李世民對徐世勣也存在戒心。因為徐世勣和單雄信關係不一般。
單雄信被殺的時候，徐世勣還向李世民求情，希望免單雄信一死，但是被拒絕。單雄信就把家人託付給了徐世勣。
《隋唐嘉話》：充既平，雄心將就戮，英公請之不得，泣而退。雄信曰：‘我固知汝不了此。’績曰：‘平生誓共為灰土，豈敢念生，但以身已許國，義不兩遂。雖死之，顧兄妻子何如。“因以刀割其股，以肉啖雄信曰：‘示無忘前誓。’雄信食之不疑。”
李世民在臨死的時候，還在試探徐世勣，《舊唐書·卷六十七·列傳第十七》：二十三年，太宗寢疾，謂高宗曰：“汝於李勣無恩，我今將責出之。我死後，汝當授以僕射，即荷汝恩，必致其死力。”乃出為疊州都督。高宗即位，其月，召拜洛州刺史，尋加開府儀同三司，令同中書門下，參掌機密。十歲，冊拜尚書左僕射。
總結：李世民之所以殺單雄信，主要是單雄信人品不行，在一個單雄信和徐世勣的關係不一般，單雄信被殺之前，徐世勣為他求情，就能看得出。如果單雄信和徐世勣聯合反唐，後果不堪設想。
公元626年，李世民發動玄武門之變，整個瓦崗勢力，沒有和李世民是一條船上的，徐世勣則是觀望的態度。如果當時單雄信活著，以單雄信的為人處世的方式，有可能被李建成拉攏過去。玄武門之變，李世民的勝算就沒有那麼大了。
（文中的徐世勣就是後來的李勣、李世勣）
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