从特定意义上讲的话，小店地区在历史上一直都比较尴尬。原因也很简单，近郊地区，太靠近中心城市，人口以及经济、文化总会受到很大的牵制（想象一下河北的发展就可知道），唯一沾光的就是交通。而比较特别的是，小店面对的中心城市或西或北，但相对于小店却始终保持在近郊的范围，在过去或许真的是一种尴尬，当下，却又成为契机了。
目前小店区政府所在地为小店镇，小店镇的得名应该是小店村。小店村在宋以前的历史已不可考，依笔者揣摩，一河之隔便是“北都”晋阳城，在人口密度远小于如今的古代，小店村的位置可供攻打晋阳的部队扎营却并不适宜居住。直到北宋太平兴国四年（979年）四月赵光义亲征当时北汉政权所在地晋阳城，驻跸汾水之东。根据张亦彭先生考证，赵光义所驻跸之处就在如今小店村西北桃园南、回龙寺（过去应为回銮寺）北头，距村二里许。
五月，晋阳城被破。赵光义作“平晋记”，并将其驻跸行宫改为平晋寺（可能就是后来的回銮寺？也有说在古寨的，暂不取），将“平晋记”刻寺中。同时，谕旨《禁毁晋阳城诏》：“太原本维藩镇，盖以山川险固，城垒高深，致使奸臣贼子违天抗命，因其悖逆，诖误军民，今既荡平，议须更改，当令众庶，永保安宁。”(《宋会要辑稿》)
遂毁晋阳古城，在平晋寺东筑平晋城，设平晋县。小店这块地方就成为新建的平晋城向西通往晋阳故城之汾河渡口要地，秋冬以木为桥，夏天以舟楫，客来车往，便在汾河渡头东岸开设商铺店面，初有小片客栈，后商人集聚，逐渐发展为规模较大的村，称小店。
而高不过一丈三尺，周长也仅四里的平晋城就在如今小店的南畔村和北畔村之间，城西村的东面，明洪武四年（1371年），没于汾河水患。上世纪五十年代还遗存有南、北两座土丘，高3米左右，占地约4000多平米。当地人称之为旧县圪塔。再后来学农业大寨时“大兵团作战”搞平田整地，出土过一些陶灯等物，但旧县圪塔也被夷为平地，平晋城就彻底消失了。
到了明嘉靖十九年（1540年），与“九营十八寨”的作用相仿，为防范北方游牧民族的骑兵入境掳掠，筑堡，称永安堡。嘉靖三十一年（1551年）版《太原县志》载：“小店堡，本永安堡，乃四达道也”。高二丈八尺，周四百丈。现已无存，仅有堡西街之称。
此后，小店就一直作为京西官道和平晋西官道的必由之路，南下北上，东来西往，平晋县后曾设永利监，又曾并入阳曲县，洪武后为太原县（县治在今晋源镇），属太原府；清时康熙西巡，光绪西狩都曾路经本地，如光绪歇脚处在小店镇南官道富有店（今凤凰南路28号院内）。民国初年归冀宁道，小店为东北区（后改第二区）治所。因为同蒲路的缘故，曾经有一段时期官道荒弃，行人走榆次而到太谷南下；直至建国前后，变动频繁，不一一照录，到了1951年，撤县改为市属区，汾河以东为第七区，1954年改称小店区，1956归为南城区，然后又是来来回回的变动，直到1981年建南郊区人民政府后才趋于稳定，然后就是1998年新设小店区。
也就是在新设小店区以后，太原市“南移西进”的战略发展规划才日益清晰起来，实际上太原城东西北三面因山脉阻隔，没有更多的地理位置可供拓展，南移成为太原发展的唯一出路。
小店现存古建筑古刹两座，即创建于清康熙年间的真武庙和不知建自何年，崇祯三年、乾隆三年、道光三年历次重修的宝莲寺。小店因地处交通要道，古时就有烽火台，最后的烽火台，系清同治六年构筑，本地俗称墩台，北望红寺、范家堡、南望流涧、北格。
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