《传染病》疫情发生的第二天（没有人知道第一天究竟发生了什么）：
贝丝（格温妮丝·帕特洛 饰）从香港出差回明尼阿波利斯的家时，经转芝加哥与前男友约翰·尼尔渡过春风一夜。一早赶到机场候机，飞机却晚点，此时正在候机的贝丝已经出现了身休乏力、咳嗽症状，她以为是在倒时差。回到家后，幸福地拥抱了她的儿子；与此同时，香港九龙一位青年男子刚下班坐轮渡、地铁转公交回家，他是赌场的服务生，现在他感到身体发热全身无力，想尽快躺到床上，回到家后接触了他的姐姐。第二天上班，因全身无力，过马路时被货车撞身亡；而世界的另一边英格兰，一位年轻女士刚参加完商务会议，也是同样的症状，她回到酒店，晚上被打扫卫生的服务员发现死在房间；一位日本中年男子出差完，从香港坐飞机回日本东京，然后坐公交回家。第二天坐公交车上班时猝死在车上，并被路人拍下视频传到网上。
贝丝在机场候机
第三天：
旧金山的阴谋论记者艾兰在网上看到了发生在日本东京的那个视频，并转发到真相论坛上，引来120万人的观看。贝丝回到家后症状更加严重，她的儿子克拉克也被传染出现了发烧症状，正准备吃午餐的她倒地不起，被丈夫托马斯送到医院后不治身亡。医生也不知道是什么疾病，怀疑是脑炎或是性病什么的，说需要做尸检才清楚。在回家的路上，托马斯接到佣人的电话，说他的继子克拉克发病死了，他悲痛万分。
第五天：
瑞士 日内瓦世界卫生组织总部收到了中国北京对香港疫情的报道，说疫情已经控制住，如非典时期建立了防控机制，两例死亡病例10疑似病例。但此时，那位香港男子的姐姐被发现死在一辆大巴上，疫情似乎变得更加严重。英国伦敦发生了5例类似死亡病例，但英国医生判定为脑炎；日本东京发生了三例死亡病例，目前还不知道他们有没有去过香港。明尼阿波利斯正在对第一例死亡病例进行尸检，分析死亡原因。亚特兰大疾病控制与预防中心CDC决定派米尔斯医生到当地调查原因。因为妻子和继子的死亡，托马斯正在被隔离，她的女儿回到他身边陪伴他。
明尼苏达州健康局正在招开会议，通报州有47例病人，8例死亡；他们正在商讨是否要跟民众公布数据，担心造成恐慌社会稳定问题。他们目前还不知道疾病的来源和严重性，传染率，认为这是呼吸道传染病，有人认为让民众在家呆几天不出门就可以起到预防作用。担心关闭学校无人照看孩子。
此时CDC研究人员艾丽在分析疾病，发现病毒还可以在贝丝的尸体内扩散，不知道要怎么处理，后来决定发给旧金山的苏斯曼博士实验室研究。
在苏斯曼博士和CDC研究人员通电话时，阴谋论记者艾兰截在实验室门口并录音，试图证明病毒是从实验室传出来的生物武器，他希望从这个事件中获利，正在寻找获利的方法。
第七天：
海军少将海格蒂派人找来CDC中心负责人齐佛医生，商讨香港九龙和澳门赌场发生类似的三例死亡案例，有议员试图让齐佛医生说明这可能是有人有意将禽流感病毒武器化，从而组织采取袭击。齐佛医生反击：“人类用不着将禽流感武器化，禽类已经做到了。”
很快疾病在各地传染开，很多地方出现了学校人员感染和死亡，学校被迫关闭。开始有人怀疑疾病的传播与贝丝和她儿子的死亡有关，但民众还以为只是流感，没有对此产生警惕和恐慌。米尔斯医生到贝丝的公司做调查，发现司机巴尼斯去机场接过贝丝，而此时巴尼斯正在来公司上班的公交上，出现咳嗽身体感到不适。米尔斯电话通知他马上下车等候她赶过去，当她赶到时，巴尼斯已经发病死亡。
苏斯曼博士和CDC研究员艾丽研究得出疾病病毒基因含有猪和蝙蝠的序列，进入人体后与人体细胞结合，攻击肺部和脑部。也就是说这个病毒的产生，是在世界的某一处，猪和蝙蝠相遇后产生的。以前都没有发生过，而且现在在快速发生变化。这是一种死亡率在百分之二十五的新形病毒，目前没有治疗方法、没有疫苗。
于是CDC齐佛医生为安全考虑，下令：“从现在起，除了生物安全四级实验室，别人都不能研究它。”艾丽不得不通知苏斯曼博士停止研究并销毁病毒样本，苏斯曼博士担心这样要很久才能得出结果。
第八天：
CDC发布电视发布会，将疫情公之于众：疫情失控，明尼艾波利斯、芝加哥、洛杉矶、波士顿和盐湖城等地扩散，名单还在不停增加。因为疫情出现在感恩节，人口流动大，传染范围广。CDC没法统计疫情感染和死亡数据，因为美国每个州的制度系统不统一。世界卫生组织派医生奥兰次到香港调查病因，与香港医生黄经汉走访香港病例的宿舍、酒店和澳门赌场，询问酒店感染者厨师的行动轨迹。查看赌场监控，发现贝丝与香港、东京、伦敦的感染者都有接触。
第九天：
CDC发布电视发布会，公布目前美国大约有八万九千例病例，预计最终会有二十六万七千例，此次疫情为全球疫情，病毒已经在全球漫延开来，48小时后人口密集地区出现严重状况。齐佛医生表示：目前无人能够让病毒在细胞中繁殖，因为病毒进入细胞后会杀死细胞，包括人和动物的。但我们只有大量培育病毒才能拿它做实验，才能制造出疫苗。也就是说目前还没找到任何治疗方法和治疗病毒的药物。
此时，疫情虽然开始严重，但民众还没有全部警惕起来，照常外出、聚会、在餐厅无防护用餐，没有人带口罩，只有医护人员才带。苏斯曼博士看到这些情况很担心，决定再次私下研究病毒，实验室还没销毁病毒样本。经过努力，他培育出了病毒样本，并报告CDC。齐佛医生表示很生气，竟敢私下研究病毒，又担心病毒会样本会外流。
第十二天：
世界卫生组织获知美国苏斯曼博士培育出病毒，并向全世界公布，表扬他的研究成果。但CDC研究员表示这只是研究出疫苗的第一步，研究出疫苗到人身试验还有几个月之久。世界卫生组织通报，世界感染人数已经超过八百万，人们开始重视并出现恐慌。
此时，阴谋论记者艾兰，密会对冲基金人员，表示科学家用猴子研究疫苗是对猴子的伤害。现在所有医药公司的股票已经涨得不能再高，基金人员在寻找新的标的。艾兰因发布疫情相关视频人气暴涨，得到了200万粉丝的关注，他让基金人员关注连翘，购买连翘相关金融产品，未来几天他会在他的博客多次提到连翘，并试图证明它能治疗病毒。两人达到交易。
晚上艾兰开始直播，谎称自己染上了病毒，开始服用连翘治疗，然后假装治好，欺骗粉丝。污蔑政府隐瞒事实真相欺骗民众，煽动人民的反政府情绪。于是连翘能控制病毒的谣言在民众间传播，尽管CDC表示目前不能证明连翘能起作用，人民开始抢购连翘，连翘相关产品价格暴涨，药店开始限购。民众进一步恐慌，买不到连翘的人民打砸药店，抢劫商场，社会一遍混乱。艾兰每天穿好防护服，做好全身保护到处派发传单，游说连翘能控制病毒，民众误信谣言，继续有感染者死去。
贝丝的丈夫托马斯隔离结束，被证明他没有感染病毒，他的血液可以免疫病毒。但用他的血液制造血浆防疫病毒需要巨大的成本，因此行不通。
明尼苏达州的疫情变得更加严重，米尔斯医生和当地医生大卫不得不寻找地方建立方舱院收治病人。同时全世界各个地区出现群体聚集感染，疫情变得更加严重，还没找到最初感染源。
疫情继续扩散，托马斯和女儿在家隔离，拒绝女儿男友的到访，他不能再冒险。
第十三天：
米尔斯医生从睡梦中醒来，感觉身体不适，她已经感染了病毒。她通知酒店寻找与她有过接触的所有人，并电话告知齐佛医生她已经被感染。齐佛医生想把她接回亚特兰大治疗，但没有办法。
世界卫生组织医生奥兰次和黄经汉查看赌场视频发现贝丝在赌场里直接或间接与香港、东京、伦敦的感染者都有接触，判断贝丝是病毒的第一传染者，他们开始追查贝丝之前的行动轨迹。此时香港疫情变得更好严重，黄经汉相信网传世界卫生组织和美国正在秘密制造疫苗寻找治疗方法，他担心他们不会将疫苗提供给香港，决定扣押奥兰次换取疫苗。
第N天：
疫情变得越来越严重，政府担心人们恐慌会产生比疫情更严重的社会问题，各地计划开始实行交通管制，限制人口流动，美国国会试图网上办公。阴谋论记者艾兰继续在直播宣传连翘能控制病毒，煽动人们抗议政府的作为，他从中获利上百万美元。
齐佛医生私下打电话告诉他的妻子，这次疫情的严重性，全世界可能会有百分之一七千万人会死去，甚至会更多。让妻子不要告诉任何人，马上离开芝加哥到阿特兰大他身边来。他的话被中心的清洁工听到，他妻子也告诉了她的好朋友，让她不要告诉任何人。但事情还是被传了出去，人们更加恐慌，各地出现打砸抢劫，疫情更一步失控，社会问题比疫情问题更加严重。
艾兰的朋友也感染了病毒，而且她怀孕了，病得很严重，她不去医院，而是听信艾兰的谣言去抢购连翘，但买不到。所以她找到了艾兰，希望艾兰能够卖给她连翘。艾兰知道连翘救不了她，劝她回家不要出门。
米尔斯医生正在她建立的方舱医院治疗，她的病情变得更好严重，方舱医院没有更好的治疗方法，医护人员罚工，不停有人死去，装尸袋都不够用，想向加拿大订购，但对方却在观望，没有出售。
电视采访CDC齐佛医生，同时视频连线艾兰进行辩论，齐佛表示目前不能证明连翘等药物对病毒有效，目前没有有效药物，但不要恐慌，保持不要与人接触，勤洗手，我们在努力研究药品和有效治疗方法，不要相信谣言；艾兰指控CDC联同医药公司隐瞒事实让朋友获利，而连翘是有效的医治药物CDC却没有公布，没有公布是因为他们不能从中获利。同时指控他私下告知朋友疫情情况而不公之于众，说关心每一个美国人是虚伪的。齐佛医生因此被调查，政府也开始对艾兰进行监控。
第二十一天：
CDC研究人员发现病毒变异了，变异得跟非洲艾滋病一样，传染数变大，不再是二，可能是三或四，传染更快。疫情变得更加严重，社会更加混乱。
第三十三天：
研究还在继续，但用于研究的猴子都死亡了。CDC公布病毒的变异使疫情死亡率达到25%至30%，死亡率的高低取决于当地医疗水平和社会经济情况。每十二个人会有一个人被感染。
世界各地都开始封城，公共场所关闭，人员不能外出，城市到处都是垃圾，就如死城一样。政府实行管控，城市实行戒严，派发冷冻食品，但由于食品不够造成哄抢混乱局面。有人入室抢劫，多地造成暴乱，报警电话被打暴，无法接通，生活混乱不坑，人们为了自保备好枪支弹药。
第五十七天：
CDC研究员艾丽研究出疫苗，在猴子身上实验获得成功，但要用于人体，还有找志愿者试验，找工厂生产，计划渠道派发，到少需要好几个月时间。到那时，世界不知道还要死多少人。此时，同作医生的艾丽的父亲也感染上了病毒，艾丽决定为了救父亲和更多的人，将疫苗在自己身上测试，她亲自将疫苗打入自己体内，然后去探望父亲，脱下口罩和护目镜，与父亲亲密接触。最后她没有被感染，疫苗研制成功了。
美国食品监察局加快对疫苗上市的审批，疫苗在美国和欧洲的五个秘密地点生产，第一批在90天内下发。世界卫生组织认为要生产全世界需求的量需要近一年的时间，目前该病毒已经夺去了全球2600万人的生命，要加快首批疫苗下发使用。
齐佛医生家被入室抢劫
第131天：
首批疫苗下发，美国政府决定通过抽出生日期的抽签方式决定首批接种疫苗的人员，经过接种人员会带上安全码，可以外出行动。此时阴谋论记者艾兰，密会基金对冲人员，说疫苗会用产生副作用，试图说服人们不要接种疫苗，继续使用连翘，他已经从中获利450万美元，但还想获利更多。艾兰被国安局人员逮捕，但没有找到范罪证据，他被迷信者保释，继续制造传播谣言，与政府作对。
由于疫苗产量不足，中国还没有疫苗，中国香港疫情还非常严重，世界卫生组织奥兰次医生还被黄经汉扣押在香港，她对黄经汉的做法表示理解，也配合他向卫生组织交换疫苗。
但世界卫生组织派人用假疫苗交换了奥兰次医生，她非常生气，黄经汉扣押她只是为了交换疫苗，没有伤害她，事情也确实如他猜想一样，在得知后决定留下帮助香港继续对扩疫情。
美国CDC的防护服，看起来很安全
虽然疫苗已经在全世界使用，疫情得到有效控制，但还是没有找到病毒的起源，CDC决定对病毒样本进行保存，后面再继续研究。。。
几个星期后，托马斯查看他妻子的照相机，发现了很多她去香港时的照片，其中第一张是她与酒店大厨握手的合影。
镜头回到疫情发生前：
人们为扩展居住地、发展经济，砍伐森林，树上的蝙蝠被迫离开，飞到生猪养植场居宿；一天，蝙蝠叼回来的食物香蕉，带着蝙蝠的病毒掉在猪圈里，被一个猪仔吃了，蝙蝠的病毒与猪相遇，产生了变异。猪仔被酒店知名大厨挑中，采购回酒店制作广东名菜—烤乳猪。
贝丝与大厨合影
疫情发生的第一天：
正在制作烤乳猪的名厨，在给乳猪抹盐，手上沾满变异后的病毒。此时到香港出差的贝丝，慕名到酒店找名厨合影，以作留念。他匆匆在围裙上擦拭一下，就出来和贝丝握手合影，手上的病毒传给了贝丝。当天晚上，贝丝在赌场传给了多位与她有过直接或间接接触的人，就这样，病毒传到了全世界各国。。。
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