本能蜀黍
对于一般纳税人而言，长期进项大于销项，就是说增值税长期应纳税款为零。交税是根据企业经营情况来的，会计也是真实反映企业经营情况的。所以，只要是真实的业务，规范做账报税即可，不用过度关注。
但是，长期如此，必然引起关注，也会带来一些不必要的麻烦。
一、一般纳税人的增值税。
增值税应纳税额=销项税额-进项税额。
进项税额较大，一般主要是企业初创时期或者大型制造企业。采购生产线、零部件、仓储等的进项较大，暂时销售较少，产生销项小于进项。
注意：增值税申报时，认证的进项当月及时申报，进项大于销项的部分形成留抵税款，抵扣后期的销项即可。
二、长期留抵的影响。
长期存在大量留抵税款，不缴纳增值税税款，税局金三系统必然会引起预警关注，从而比对各税种报表，企业所得税的收入利润等，当然业务真实是不怕比对的。
但是，谁也不愿意让税局盯上，哪个企业也保不准一点问题没有。这就需要企业会计与税局及时沟通，说明情况，确实业务刚开展销售低，预计何时盈利。还是最近新上的设备，企业扩大投资等等。
沟通非常重要，互相了解情况，大家都不会瞎猜。
三、留抵退税出新政。
2019年深化增值税改革政策，4月1日起，税率调整16变13，10变9，同时增加了一项增量留抵退税政策。
19年4月1日后产生的新留抵税额，满足一定的条件下可以申请退税啦。具体参考本人往期回答。
北辰说财税
一、增值税一般纳税人进项税额大于销项税额出现留抵税额，在申报过程中偶然出现是正常现象，其原因是验证勾选的进项税发票数额大于当月开出的发票数额。
二、国家税务总局公告2017年第11号，第十条“自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票和机动车销售统一发票，应自开具之日起360日内认证或增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额”。也就是说你取得的专用发票可以在360天内验证抵扣，记住是360天不是一年。
三、如果进项税发票过多，这里有一个方法可以控制每个月的纳税金额，既月未结账时根据当月开出发票的金额按照80%的比例勾选验证进项发票。例出当月开出发票100万元，你有120万元的进项发票，那么你验证80万元的进项发票，余下的40万元留到以后月份验证。这样既保证了每个月交税增值税又避免了因为留抵税额经常发生而引发的稽查风险。
国琮
我是一名税务工作者，我根据自己的一点经验回答你的提问。
首先说，公司在一定时间段内进项大于销项的情况一般出现在公司的初创阶段，由于公司新开业，购进存货，固定资产的业务较多，而此时销量较少或无销售，因此导致这一阶段内进项税额大量留底，这属于正常现象。
其次，由于纳税人长时间存在留底，就自然会导致申报时“应纳税额”为零，公司不用缴税，不占用企业流动资金，有利于企业开展企业业务经营活动，这就是你所询问的对企业有哪些好处。
最后，如果企业长期进销项倒挂，“应纳税额”长期为零，会因此引起目前税务征管系统的自动关注，会作为风险疑点推送给主管税务机关，那么，税务稽查或评估人员可能会及时约谈企业，让企业解释这一现象。如果解释不到位，就会进一步调查核实。
