羅馬帝國滅亡以後，意大利一直未能統一，羅馬教皇為了維持教會的獨立地位，偽造了《君士坦丁贈禮》，對外宣稱君士坦丁大帝曾將羅馬奉獻給羅馬教會主教西爾維斯特二世，並以此為契機創建了教皇國。
《君士坦丁贈禮》中記載，主教西爾維斯特二世通過祈禱治好了君士坦丁大帝的麻風病，併為其洗禮。
受禮後的第四天，君士坦丁大帝決定在拜占庭新建東都（君士坦丁堡），並將西都羅馬城捐獻給基督教會，以示感激。
教皇國並沒有正式的國家名城，在拉丁語中的意思是"隸屬於教會的諸邦國"，由許多獨立或半獨立的小國，城邦及貴族領地共同構成。
教會統治異常嚴厲，他們燒燬古羅馬圖書館，嚴格控制西歐的文化教育，將宗教禮法置於經驗和理性活動之上，因此這一時期也被稱為"無知和迷信的時代"。
為了維持教會的統治地位，打擊異端，教會還成立了宗教裁判所，用來打壓和迫害一切不符合《聖經》規範的思想和人。
這一時期，西方歷史上有很多思想家和科學家被構陷為異端，受到殘忍迫害。
著有《天體運行論》的波蘭天文學家哥白尼，因否定了教會的地心說，被迫害後病亡。
思想家，科學家布魯諾因宣揚哥白尼的日心說，被宗教裁判所裁決為異端，活活燒死在羅馬鮮花廣場。
著名天文學家，物理學家伽利略也因提倡日心說而被宗教裁判所審判，在軟禁中度過了餘生。
科學家帕利西因說化石是動物的遺體，否定了上帝的造物論，而被判處死刑。
賽爾維特因提出人體內有血液循環這一理論，被活活烤了兩個小時後死去。
巴黎大學教授阿莫里因宣揚多神論，死後還被追審，墓穴被挖，十個學生全被處死。
歐洲中世紀時期百分之九十的人都生活在農村，為了滿足人們的精神需求，也為了方便教會統治，數個村莊之間會建立一個教區，貴族領主出資建造教堂，並指定教區長主持相關宗教活動。
教會主張禁慾，要求所有教士獨身不婚，宣揚人們只有將一切都獻給上帝才能死後上天堂。
教區長在就職時也會宣誓終生不娶，不過那只是個形式，他們一般都不會遵守諾言，基本都要娶妻生子，甚至有些還會包養情婦。
在這一點上，有些教皇表現相當出色，他們作為領導，自然要給廣大普通教眾做好表率，比如教皇思齊三世，不僅與羅馬貴婦瑪爾西亞私下苟且，還獨掌教廷大權，立他們的兒子為新教皇。（他們的孫子也是教皇）
962年，德意志王國國王奧托一世被羅馬教皇加冕為神聖羅馬皇帝，開創了延續近千年的神聖羅馬帝國。
自從神聖羅馬帝國建立，教皇國便與其長期進行權力鬥爭，雙方互相干涉對方內政，妄圖控制對方。
眼看無法顛覆神聖羅馬帝國政權後，教皇烏爾班二世為了重振羅馬教廷權威，另闢戰場，發動了著名的十字軍東征，其中第四次東征中攻陷了拜占庭帝國首都君士坦丁堡，差一點使其徹底滅亡。
隨後教皇國又與神聖羅馬帝國相愛相殺幾百年，到14世紀時，雙方決定分手，不再插手對方事務，進入相安無事的新階段，教皇國此時才真正成為一個完全獨立的國家。
1861年，意大利共和國建立，吞併了教皇國大部分領地。1870年普法戰爭之後，羅馬城也被意大利軍隊攻陷，教皇庇護九世率教眾退至梵蒂岡城堡內，自稱"梵蒂岡囚徒"。
1929年，墨索里尼與教皇庇護十一世簽訂《拉特朗條約》，宣佈梵蒂岡城國建立，為永久中立國，同時延續上千年的教皇國宣告滅亡。
（梵蒂岡是世界上最小的國家，面積僅有0.44平方公里，相當於天安門廣場大小，人口572人，還有國務院。）
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