南京大学又称南哪儿大学，说是建国初期有人问到南大学子：你读的什么大学？学子：南京大学。路人：南京哪儿的大学？所以这个名称也是南京大学调侃自己的一种方式。
南京大学历史悠久，源头可追溯到光绪28年，那也就是1902年，那时候叫做三江师范学堂，经过历史的变迁，又经历了两江师范学堂、南京高等师范学院、国立东南大学、国立中央大学，后在1949年改称国立南京大学，再后来华东政务院教育部发表文件：出私立学校，任何学校名字不得加国立、省立、市立等字样，于是在1950年正式改为南京大学，1952年院系调整，南京大学调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学的文学院和理学院等合并，仍名南京大学。
国立东南大学时期
1920年4月7日，南高师校长郭秉文在校务会议上提出改办国立大学议案，出席者一致赞同。9月，郭秉文联合张謇、蔡元培、王正廷、沈恩孚、蒋梦麟、穆湘玥、黄炎培、袁希涛、江谦等社会贤达，十人联名向教育部提出议案：“拟就南京高等师范学校校址，及南洋劝业会旧址，建设南京大学，以宏造就”。 12月7日国务会议全体通过，同意以南高师各专修科为基础筹办大学，定名为国立东南大学。1921年国立东南大学正式招生开办，郭秉文、蒋维乔等先后执掌校政
近代史专家梁敬镦（和钧）在其《记北大（东大附）》一文中有评论：“东大所设文史地部、数理化部皆极整齐”，“北大以文史哲著称，东大以科学名世，然东大文史哲教授，实在不亚于北大”。1921年，商科迁至上海扩充为“国立东南大学分设上海商科大学”。1923年7月，南京高等师范学校撤去校牌，正式并入“国立东南大学”。 此时“国立东南大学”学科齐全居全国之首。
国立中央大学时期
1928年2月学校改名为“江苏大学”后，全校师生群情激愤，组成“改定校名请愿团”，要求政府依照英国伦敦大学，法国巴黎大学等的做法，将校名改为“国立南京大学”。1928年5月16日，国民政府行政院作出决议，“江苏大学”改称“国立中央大学”，张乃燕仍为校长。1932年8月26日罗家伦被任命为校长，他指出：大学应该承担起“创立民族文化的使命”，“如果一个大学不能负担起创立民族文化的使命，便根本失掉大学存在的意义。”罗家伦治校十年，延聘名师，充实师资，使中大一时俊彦云集；调整扩充学科设置，努力改善办学条件，为学校的长远发展奠定了基础。
1937年11月，中央大学西迁至重庆沙坪坝，在重庆大学借出的松林坡建造校舍开学，后又在柏溪建供一年级新生所用新校区。医学院及农学院畜牧兽医系迁成都华西坝，借用华西大学校舍，中大实验中学设在贵阳。抗战时期，在国民政府“一寸山河一寸血，十万青年十万军”的号召下，中央大学和重庆大学等校投笔从戎参加青年军的学生占在校生的三分之一。1945年抗战胜利，教育部政务次长顾毓琇接替蒋介石担任战后中央大学校长，中央大学进入了新的发展时期。上任时，顾毓琇向报界发表谈话说：“今后的中央大学应注重学术研究，提高研究风气，改善研究人员待遇。盖注重学术为教育人才和培育文化的根本原则”，“学校行政方面，应以教授为第一，尊重教授的地位及其学 术上的成就”，“避免学校机关变成行政机关”。
1946年11月1日，迁回南京的“国立中央大学”开学上课，拥有7个学院、37个系、6个专修科、26个研究所，是当时中国大学系科设置之最。根据1947年的统计，全校教职员1266人，学生4066人。1948年，在普林斯顿大学的世界大学排名中，中央大学超越日本东京帝国大学，位居亚洲第一位。
52院系大调整衰败期
再辉煌的学校也躲不过52年的院系调整，此次调整时当时的中央大学彻底退出世界一流大学的行列，先来说说当时的中央大学拆分成了哪些大学，中央大学工学院系独立成立了后来的东南大学，中央大学水利院系独立成立了后来的河海大学，化工院系成立了南京工业大学，师范院系成立了南京师范大学，农学院成立了南京农业大学，林学系成了里南京林业大学，气象工程系成立了南京信息工程大学，商学院系外迁给了上海财经大学，航工系同另外几个高校的院系重新组建了西北工业大学，食品工程系出成立了江南大学，机械系外迁给了江苏大学，法学院就是后来的华东政法大学，影音部外迁给了北京电影学院，医学院就是后来的第四军医大学，工业电子工程系外迁给了电子科技大学，音乐学院外迁给了中央音乐学院。经济系外迁给了复旦大学。而留下来的就是现在的南京大学。
南京大学和东南大学的恩怨情仇
可以说南京大学和东南大学同宗同源都是国立中央大学拆分出去的两个庞然大物，现在这两个大学都说自己是国立中央大学的正统。期间还发生过意见趣事，90年代我国高校迎来合并潮，鉴于苏联高等教育模式的弊端越来越明显，以及国家对建设世界一流大学的需要，许多省份的大学开始了大合并，其中最成功的就是浙江大学了，曾经从浙江大学分离出去的杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学回归浙大母体，组建了新的浙江大学。浙江大学的成功合并成功吸引了东南大学和南京大学，他们也想重塑母体再造昔日的辉煌，于是两个大学开始院系，资源，部门整合，马上要上报了问题来了，叫什么名字合适呢，两个学校都想保留自己的名字特色不想让步，南京大学站出来说：，你看，我出一个京字，你出一个南字，咱俩合起来叫“南京大学”你看怎么样？东南大学说你滚。后来东南大学站出来说：那我出一个东字，你出一个南字，咱俩合起来叫“东南大学”怎么样？，南京大学说你不要脸。
最后因为叫啥名字的问题两个学校纠结了很久很久，后来两个学校一想既然重塑辉煌 那名字还叫中央大学吧，于是将中央大学的名字报给了教育部，教育部一看：中央大学，哪个中央？搞事情吗？后来教育部干脆就叫停了南京大学，东南大学的合并，两校暂不合并了，独立发展。
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