花魁小紫醬
縱觀名偵探柯南，歷時最長的一個推理就是，誰是黑衣組織的boss，根據柯南的部分劇情，本人作出以下猜想:
猜想一：阿笠博士
青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以沒幾個人看得出來。其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁文裡面的莫里亞帝。所以阿笠博士其實應該叫莫里亞帝教授——福爾摩斯里的罪惡的教授。
APTX—4869，一種會使人死亡的毒藥，同時又是一種可以讓人返老還童的秘藥。返老還童這個人類究極的夢想我想黑暗組織的BOSS也不例外！按灰原哀所言這種藥是自己發明的，並且能夠使人縮小的現象也只有自己知道，但我不認同，能夠成為琴酒的老闆可想而知其人的心思縝密度和洞察力有多麼強！而且這種人往往都有很大的疑心不會相信除自己之外的任何人,往往會時刻緊盯著組織裡的任何人,或許這個現象BOSS也同樣知道，但是APTX—4869這種藥的危險度非常高而且或許還存在著潛伏的未知的強烈副作用！所以BOSS雖有還老還童之意卻未敢服用！而工藤新一機緣巧合之下竟然變成了小孩，說白了就成為一個BOSS重要實驗白老鼠，所以在其身邊細細的觀察其今後一段的反應就成了BOSS今後的動向，而有關自己性命的事我想BOSS會親自行動，不會假手於人！
所以想想能夠時刻緊盯著柯南，能夠觀察到他的一舉一動會又可能是黑暗BOSS的人只有一個—阿笠博士！我懷疑他是BOSS還有一個原因，那就是他非常喜歡小孩這一點，這或許是他的性格所致，但還有可能這一點正折射出了他想返老還童的慾望！！
工藤優作原先就懷疑並且偵察黑衣組織。以小說家的身份為掩護，秘密調查。發現一些線索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，並且從小培養新一，並派新一和阿笠混熟想借此偵察一些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出一條毒計，他派GIN和沃克跟蹤出去約會的小蘭和 新一，大家都看過第一集，其實交易是幌子，真正的目的是跟蹤，於是新一也就被他們變成了柯南。之後，阿笠順理成章地成為了新一的同伴與監護人，並且柯南實際上成了阿笠手中的人質，當時新一的父母第一次出現的那一集，實際是和阿笠談判的，最終的結果是阿笠以 柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。而優作因為不能和新一說明真相，從而讓新一感到受騙，受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你們看優作只有103集的時候回過日本，還是變裝的，不能讓阿笠發現。 其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，而成功後哀的父母意外身亡。阿笠留著柯南不死只不過想觀察藥品還有沒 有其他的副作用。但是突然有一天，優作和有紀子突然潛回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，於是安排一個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第一個實驗品，本來藥的目的是永葆青春，沒想到竟然 適得其反產生副作用，造成了身體變小。而柯南事件發生後，哀就成了在柯南身邊臥底的最好人選。為什麼柯南從來沒有被騷擾過就是因為柯南其實一直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍擊非英里事件只是藉口，所以 後來暮木說毛利總是把他們引向歧途。 猜想二：黑羽盜一
在工藤新一NY事件中，我們得知有希子和貝爾摩德是在一個著名日本魔術師手下成為同門師姐妹，這個魔術師教會了她們化妝術，並多交了貝爾摩德一項技藝：變聲。所以當沙朗（即貝）成功地化妝為警長替有希子解了圍。
這樣一個會變聲的魔術師是誰？難道不是黑羽盜一嗎？
這樣一想，黑羽盜一便存在著許多嫌疑。
他是寵愛貝爾摩德的，否則不會只教給她變聲術，卻不教給有希子。
七個孩子的信息指明瞭烏鴉，烏鴉的羽毛是黑色的，自然是黑羽。
從“工藤新一小時候的冒險”中，我們發現黑羽似乎是一個很冷冽的人，鬼鬼祟祟潛入圖書館，給新一下戰書，並用匕首把戰書釘在牆上，不能不說這是一種詭異。
盜一一開始就很少正面出現，73也未明確盜一已死，只是失蹤，另一部漫畫《魔術快鬥》裡，說快斗的父親是因為一個黑衣組織才銷聲匿跡，可能是他通過這個組織把自己隱藏起來，只是失蹤了一樣,大概在以後的劇情中會亮相吧.或者就是傳說中那位先生(BOSS)..
猜想三：工藤優作
在《江戶川柯南誘拐事件》中，我見到了柯南如此害怕的表情，那份恐懼不是來自死亡的威脅，而是他充分感受到對手強大的力量，平時那雙充滿自信和正義的眼神蕩然無存，也是在那個時刻，我第一次看到了他的失敗，他的眼神絕望而無奈。
他想用這種手段讓新一知道現在的日本有多麼危險，讓兒子知難而退，而後又極力勸說兒子跟自己離開日本，此舉不得不說很可疑。
工藤新一在TV1中 因為目睹黑衣人(伏特加)交易,沒有注意到後面的Gin 被打暈過去 罐下APTX-4689.Gin 殺工藤新一的方式是給他吃組織實驗中的藥品,難道Gin能肯定這藥一定能殺死新一,即使用槍會被還未離去的警察發現，難道就沒有其他方法了嗎?
311 同黑暗組織的接觸(決死篇)中,Gin識破柯南的陷阱正在搜尋放陷阱的人(柯南).由於他們一排排找了,沒找到,Gin就打開保險櫃的箱子察看. Gin打開保險櫃箱子,外面的光隨著箱子門的打開 光已經照射到柯南的眼睛.換句話說!Gin已經看到柯南了(大家都知道一個常識我們眼睛看到的東西 其實都是光的反射 既然已經照射到柯南了 Gin也一定看到了 ) Gin說居然什麼也沒有? Gin有意放過柯南,因為柯南在組織的計劃中.
311 同黑暗組織的接觸(決死篇) 這是柯南冒充板倉先生去伏特加與交易. 這圖的話說:進來這裡的只有一個醉漢和一個小孩? 接上圖:既然他們知道進來的是一個小孩(柯南)與一個醉漢.他們已經知道這些情報.當Gin搜尋的時候 就應該知道有個小孩子.還特意去打開保險櫃箱子.說沒看到,其實Gin已經看到了居然說沒看到.有意放過?
早在第一集中新一就說過看這個人看這個人好像殺多少人都不在乎的樣子，在之後的一系列行動中我們也的確發現了gin為人冷酷無情，殺人時沒有絲毫猶豫，對知道組織秘密的人會毫不留情地滅口，即使對自己也能狠下心來。他的性格成熟、謹慎、果斷，警覺性高，遇事冷靜且疑心較重。同時他也是為數不多的帶有文藝腔特徵的殺手，其睿智程度絕非普通殺手所能達到。但是這樣一個殺手，為什麼會對新一這個對組織的存在造成極大威脅強勢對手一再的手下留情呢？如果gin不是臥底的話，那隻能說是接到了boss的命令，而工藤新一就是這位boss（工藤優作）的寶貝兒子。
因為知道兒子正義感強，又有超強的推理能力，留在日本會破壞自己的計劃，而gin等我行我素的手下，在執行任務是也不可避免的會傷害到兒子，於是讓他離開日本就是上策。
猜想四：Vodka
大家一定很好奇，就算一定要從組織的現有已知成員中選一個boss，也應該是gin或Vermouth這些具有領導才能和個人能力的人，Vodka雖然長得非常壯，但頭腦簡單，遇事沒有主見，但完全服從Gin的話，想必在組織中地位並不高。做事稍嫌不細密，全聽Gin的，稱gin為“大哥”，各方面能力都遠不及Gin，平時主要是Gin的司機。為什麼這樣一個人會可能是boss呢？
放下Vodka不說，我們先來分析gin。Gin擅長槍法，能短時間瞄準至少700碼以外的人物(425黑暗衝擊！被組織的魔爪觸碰的瞬間)，推理能力極強；觀察力、洞察力、隨機應變能力等均超人一等，在組織成員中也有極高的威信，但他不是boss。因為在581 《紅色的搖擺目標》中Vermouth最後騎著摩托出現在Gin的保時捷旁邊，向Gin傳達boss的命令，讓gin放棄只殺最後一擊的射殺赤井秀一計劃，看到gin當時的表情，就可以斷定boss另有其人。
那麼會不會是Vermouth呢？雖然組織成員都稱呼boss為那位先生，但是對於有著千面魔女之稱的Vermouth來說，易容變聲根本不是難事。但從345 《與黑暗組織正面對決滿月之夜的雙重推理》最後，Vermouth接到boss短信來看，她也不是boss。
縱觀黑暗組織的其他成員可以看出，他們個個都不是蓋的，Chianti和Korn都是出色的狙擊手赤井秀一和水無憐奈也分別是FBI和CIA的臥底，宮野志保如果不是黑暗組織的成員，那她也一定能憑藉APTX4869成為世界著名生物學家。而Vodka只懂得執行任物，一點知識和常識都沒有，而且做事魯莽，整天跟在琴酒屁股後面，像這樣的人沒被組織消滅還真是奇蹟啊。雖然相比普通人來說是機警了一點，但必竟在一個那麼恐怖的組織裡混了那麼多年，還有高智商的琴酒天天不辭辛苦的栽培，還混成這樣。不得不說很可疑，多次差點破壞組織的計劃，以gin的性格早把他做掉了，但他還一直混到現在，也只能推理這是boss的命令了。裝成大智若愚的樣子，混在組織成員中間，其實是在考驗他們，讓他們放鬆警惕，而Vodka就是boss
猜想五：青山也不知道呢
也許青山老師一開始就沒想畫這麼多集，都是讀者的需求啊，結果尤其是偵探題材的作品，內容越多漏洞也就越多，現在弄得自己也說不好boss是誰了，所以決定放長線釣大魚，讓讀者們猜，要知道柯南迷們也都不是蓋的，看了這麼多集柯南，就算不是偵探也變成偵探了，何況不愛好推理的人，誰會看柯南啊，所以青山老師想聽聽畫迷們的推理，誰的更和邏輯，繼在情理之中又在意料之外，還能讓其他人心服口服就用誰的，所以大家一定要開動腦筋，說不定你就是那個boss的發現者啊
猜想六：其他
工藤新一，毛利蘭，毛利小五郎，鈴木財團，吉田步美，kid等人也都有人猜，但都因為理由不足，可能性微乎其微。
至於日本首相和天皇以及美國恐怖組織，由於涉及政治問題，本人認為大概不會成為這部影響力大，波及面廣又歷時長久的經典漫畫作品的大結局。
熱愛動漫的飛
黑衣組織的最終目的是：
可能是開發某種藥物，已達到使人永葆青春，或使時間倒流，死人復生的目的。
現尚不明確APTX4869是否就是此藥物，因為琴酒本身是堅信APTX4869是殺人毒藥，而且開發者宮野志保也曾打算用APTX4869自盡。
名言：We can be both of God and the Devil.Since we are trying to raise the dead against the stream of time. （我們既是上帝也是惡魔。因為我們要逆轉時間的洪流，讓死人復生）
委託他人（如板倉卓）開發一款用途不明系統軟件。板倉卓透露，自己“為了全人類”而決定終止軟件開發。
柯南大概就清楚了研究跨越時空的藥物簡單來說就是長生不老藥或者返老還童藥看看貝爾摩德，再看看柯南灰原領妹再看看大 boss.上個世紀的烏丸蓮耶【不知道死沒死】這種研究必然要花費大量金錢甚至非法實驗。【活體實驗之類的】所以黑衣組織對外大概是個斂財性質的。
我推測，出生在日本（在日本剛開國擁有一套真金打造的歐式建築，極可能是定居），有歐洲（意大利）血統，與意大利黑手黨有聯繫。烏丸從其父母那裡獲得包括A藥（可能只是理論）在內的東西，便想研究出來（不可能只是A藥），但是自己年事已高，便成立組織來繼續研究，比期望研究成功來複活自己。貝姐則是希望用AI來代替，如果A藥是唯一，貝姐不可能在不背叛組織下還阻止A藥的研究，A藥可能只是部分，而另外的部分才是關鍵。
主要是看A藥的效果！！或者就是自己已經涼了
活紹動漫
很高興能回答您的問題！
大家都知道《名偵探柯南》裡面的黑衣組織是最大反派組織，儘管大家都知道這一點，但問題的關鍵是黑衣組織的幕後大BOSS卻遲遲沒有浮出水面，別看現在的琴酒等人蹦躂得挺歡的，可實際上琴酒等人始終都只是一個小一點的頭目，那麼，幕後大BOSS到底為什麼遲遲不肯露面呢？
首先，我是不太願意讓最終BOSS浮出水面的，原因不是別的，就是一旦柯南的幕後BOSS浮出水面了，也就意味著柯南的劇情就差不多要說拜拜了，也就臨近大結局了，對於我來說，我是有點捨不得的，儘管，我經常吐槽現在的柯南是動作片，已經沒了推理的味了，可一旦要說分開了，真的有點不捨！
回過頭來，為什麼大BOSS不浮出水面的原因，可能跟青山老賊脫不了關係，前邊我也說了，露出來了也就意味著大結局差不多了，柯南也就差不對了，青山這老賊不會不明白這樣一個事情，所以，乾脆一直就這麼掖著藏著，這樣的好處，自己又可以水很多劇情了，你說他會不會幹了。
我曾經懷疑過柯南身邊的人會不會是BOSS，比如說阿笠博士，在早前的時候，我對於自己的這個懷疑是深信不疑的，因為阿笠博士具備了黑衣組織BOSS的幾個可能性，比如發明家的身份，知道柯南和小哀的身份，柯南的外掛裝備，這些都是阿笠博士給的，由此，阿笠博士的嫌疑很大。
但轉念一想，阿笠博士要是BOSS的話，傻乎乎在一個智商拉滿、推理能力超強的人身邊，難免會露出馬腳，所以，基本不可能，所以，我後來又排除了這個可能性，不過，我後來又把目光瞄準了毛利小五郎，畢竟，小五郎看起來傻乎乎的，實際上的能力卻能拉滿，只是隱藏得極深而已。
但考慮到小五郎是一個有家室的人啊，劇中的設定就是一個極度看重家庭的人，這樣的人，你讓他壞，恐怕他也壞不起來，所以，他基本上是不可能是反派的，至於大BOSS是誰，恐怕還得等青山剛昌這老賊慢慢水劇情了，畢竟都水了1000多集了，再水個幾百集，恐怕一點都不多吧！
溫酒小先生
在最新一話的《名偵探柯南》動畫版劇情中，正式揭曉了黑衣組織的幕後BOSS：黃昏別館的主人、半個世紀前的大富豪烏丸蓮耶，生前以收集世界上的藝術品為主要活動。而背了這麼多年鍋的阿笠博士、毛利小五郎也終於是可以洗刷冤屈了。
據瞭解，在這一話中，柯南和父親工藤優作共同對案情進行推理。
工藤優作點出思路稱，不要把羽田浩司被殺害現場留下的8個字母分開作為兩個單詞思考，而是將它們共同組成一個名字。這果然點醒了柯南，他又聯繫到此前犯罪嫌疑人臨死前吐露出來的信息，很快就推出這個人的名字就是烏丸蓮耶。
烏丸蓮耶，可以說是《柯南》系列中十分神秘的一個角色了，在動畫片中已經是第二次出現。
此前一次在單行本第30冊中以名字和剪影形式登場，當時講述的是黃昏別館的故事。
40年前，以紀念烏丸蓮耶逝世為由在別館內舉行一場大型拍賣會，邀請了世界各地的政界名流前來參加。拍賣的烏丸蓮耶生前收集的珍貴藝術品多達300多件，因而拍賣會要持續進行3天。就在第二天晚上，別館外風雨大作，突然有兩名男子登門，以暴風雨迷路為由想要在別墅裡避雨、求宿一晚。
主辦人一開始並沒有同意，之後兩名男子遞給主辦人一包白色的“煙”，希望當做收容他們的謝禮。
這個主辦人抽了一支後忽然精神大振，於是同意了請求並邀請他們進屋。屋內的其他人隨後也在兩名男子的勸誘下抽起了“煙”。過了沒有不久，賓客們雖然仍然處於亢奮的喧鬧之中，但是情況卻發生了變化，有女賓客像是在哀求原諒似地不停哭泣；還有一個男人興奮地拿起手上的鋼筆不斷地朝自己的手腕猛刺。
很快，屋內的賓客們開始爭奪藝術品，並拿起會場裡的刀劍等利器互相砍殺，整個會場頓時變成人間煉獄！一夜之後，會場上只留下八名死者和十多名昏睡的賓客，而那兩名神秘男子連同會場上的藝術品都消失得無影無蹤。
這就是黃昏別館的故事。
除此之外，這40年間一直有消息說烏丸蓮耶這個大富豪當時並沒有去世，而是活過了百歲，直到20年前才真正死亡。
但是從現在來看，似乎並不是那麼簡單，而工藤優作也稱其為全日本最強大的人，足見其可怕程度了。工藤優作還表示，柯南接下來要與整個黑衣組織對上，所以他跟柯南的母親有希子會留在國內一起想對策，共同幫助柯南（工藤新一）。
柯南表現得也是十分興奮，一副求之不得、戰意滿滿的樣子。
最終boss已經浮出水面，讓人不由得更為期待接下來的劇情。
柯南與黑衣組織之間，勝負結果到底會是什麼樣子的呢？雖然這一切都還是未知數，不過對於整個《柯南》系列而言，既然黑衣組織boss出來了，那麼離完結應該不遠了吧。不少觀眾都表示，現在還不想讓這部動漫完結，畢竟陪伴了自己20年。
事實上，早在去年8月時，青山剛昌就說他之前忙於柯南新劇場版《唐紅的戀歌》《魔術怪盜快鬥》《太陽的光暈》和1000話紀念文章，導致個人身體狀況不好並被醫生要求休息。 為了養病，青山剛昌宣佈《名偵探柯南》將無限期休刊。
在休刊前的最後一話中出現了一個大爆炸點，柯南幕後大BOSS、黑色組織的領導者烏丸蓮耶曝光，此番再在動畫版劇情中出現，加重了粉絲對於漫畫完結的悲傷感。
