巫妖大战是远古时期最惨烈的一战，当时天地间实力最强大的是妖族；那妖族是怎么来的呢？当时东皇太一奉鸿钧法旨镇压鸿蒙稳定洪荒，于是东皇太一和哥哥帝俊一起，历经无数征战，最终使得洪荒万族尽归其统，并统称为“妖族”。
在妖族问世后，东皇太一和帝俊为了更有效的管理洪荒诸族，于是就建立了天庭，使得妖族成为天地正统；之后，东环太一和帝俊又立下天规律法，最终开创了旷古绝今的无上霸业。或许有人会问，当时的人族在干嘛？人族乃是女娲娘娘所创，而女娲娘娘乃是当时的妖皇，所以当时的人族自然是妖族的附庸，而且是最“铁”的那种。
虽然妖族使得洪荒万族尽归其统，但并不说其他诸族就很弱，就比如当时的巫族；巫族乃是创世神盘古的精血所化，虽然先天不足无法成圣，但肉身强大无比，而且还会很多神通，能操纵风水雷电，填海移山、改天换地；尤其是血脉最纯正的十二祖巫，不仅拥有元神，而且组合起来还能布下十二都天神煞大阵，召唤盘古肉身，威力之强，不在天道圣人之下。
但巫族天生好战，尤其是内斗不断，始终无法统一，所以只得臣服妖族；但东皇太一和帝俊内心还是十分忌惮巫族的实力，所以一直以来都在想办法削弱巫族的实力，甚至有时候还主动挑起巫族内战。不负东皇太一和帝俊所望，十二祖巫中的火神祝融和水神共工，就在一次内斗中双双命陨，还撞断了不周山。
十二祖巫只剩十个祖巫了，按理是无法布十二都天神煞大阵了；而在天庭，东皇太一从东皇钟中悟得周天星斗大阵，帝俊从河图洛书中悟得混元河洛大阵，用这两座大阵守护天庭，所以妖族也就渐渐放松了警惕。
在巫族衰落后，东皇太一和帝俊认为没有什么威胁了，便常年闭关，想要早日证得混元，成就圣人之位；天庭就交给了东皇太一的儿子东君和帝俊的十个儿子去管理，东君做的还算不错，但帝俊的十个儿子那就不一样了，性格顽劣，嚣张跋扈，经常一起出去玩。
他们出去玩不要紧啊，他们还现出真身去玩，他们的真身可是三足金乌啊，身上燃烧的都是太阳之火，也就相当于十颗太阳出现在天空，这可让地上的诸族们难受了，河流枯竭，大地干裂，生灵涂炭；而巫族也是深受影响，大巫夸父暴脾气上来了，想要追上这十只三足金乌，结果反而渴死了。
夸父的好朋友，大巫后羿决定替朋友报仇，最终射下了九只。这下可了不得了，杀了天庭的太子，妖族怎能忍受？一场旷日持久的大战就此逐渐展开，起初只是下层交手，双方实力不分伯仲，后来逐渐至中层，乃至高层；据神话记载，双方在无数年月里，小战无数次，大战五次。
在第五次大战时，妖族的东皇太一和帝俊也参与了大战；巫族虽然只剩十位祖巫了，但仍然拉上了另外两位实力最强的大巫，勉强布出了残缺版的十二都天神煞大阵，这是双方的终极大战；但是就在十位祖巫被困于混元河洛大阵时，妖师鲲鹏临阵脱逃，而且还偷走了河图洛书；帝俊措不及防之下被众祖巫联手所杀。
东皇太一独战对方九位祖巫（帝江被人族联手所杀）；东皇太一祭出东皇钟，以无上法力杀了其中八位祖巫，但东皇太一自身也是伤痕累累，实力大损；而巫族这一方剩下的是最强的玄冥，玄冥见取胜无望，万念俱灰之下自爆元神，与东皇太一双双陨落。
至此，由于双方的顶层皆战死，故而没有胜利者；巫妖两族元气大损，人族强势崛起，成为天地主角。其实，如果不是妖师鲲鹏临阵脱逃，并偷走河图洛书的话，说不定十位祖巫还被困在阵中，那这次大战的结局，就说不准了。
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