1932年，沈君山出生在南京。
他的父母，都是当时学有所长的“新派”人物。
父亲沈宗翰，母亲沈骊英留学美国，是1920年代美国康奈尔大学的留学生。其父母均为著名农学家，父亲为前“农复会”主委，他的母亲在中日战争时在实验室中因脑溢血过世。但她的实验成果——杂交小麦的品种，以骊英一号，骊英二号等为名，延续下去。成为后来许多改良品种的祖先。骊英五号直到现在还在使用。
沈君山5岁的时候，卢沟桥事变，中日战起。他们一家不得已在各地奔波迁徙。这在当时被称之为“逃难”，他跟着母亲，母亲跟着研究所，从南京到汉口、从长沙到常德、在贵阳住了两年，1940年在四川荣昌暂时安定了下来。
幼年沈君山和父母
小时候的沈君山，天马行空，古灵精怪，又顽皮又可爱，做的事常常让大人哭笑不得。
七八岁的时候，沈君山在课本上读到孙中山童年的故事，大意是说，孙中山当着村民的面把泥菩萨打碎，由此破除了村民的迷信观念。沈君山听后，非常佩服他的勇气，打算身体力行地效仿一下。当时他母亲的实验室借居在一座寺庙里，适逢她母亲上司的上司——笃信礼佛的部长来视察，他就趁这个机会，拿着扫把，当着部长的面，把如来佛扫打了一顿。结果被抓住关起来，部长走后才放出来。沈君山在之后的文章里调侃道：“如来佛可能不觉得怎样，我却被抓住好好地挨了一顿揍，挺痛的。”
在课本上学到了愚公移山的故事，于是突发奇想在地上打个洞穿过地球到美国去，自认为把愚公移山的哲学精神和地球是圆的科学事实联想到一起，简直是天才的创造。为此还做了严谨的科学研究：“我曾就着地球仪仔细地考量过，从荣昌（我们流亡到的四川的一个小县）打个洞笔直穿过去，大概就会到美国东南部田纳西一带的地方。”
虽然看起来困难重重，但是“子又生孙，孙又生子……子子孙孙，无穷匮也，而山不加增，何苦而不平？”有了想法，当然要付诸实践，于是搞来一把小铁锹，每天放学后就神神秘秘地躲在后院挖坑，就这样挖了七八天，那洞已有半人深，一日不小心，连人带锄掉进了洞里，努力了半天爬不出去，才呜呜咽咽地喊起救命来。 再过了几个月，沈君山的母亲就在实验室里过世了。
沈君山大学时期
他的母亲去世后，父亲无法同时照顾三个小孩，就把沈君山送到了他六叔那里去，当时他六叔在陕西武功西北农学院任教。他在那里上了三年学，这也是他成长定型的三年，他从一个娇宠任性的小孩，转变成一个知道忍耐自制的少年。
之后朝代鼎革，十七岁的沈君山跟着父亲去了台湾。与父亲的克难苦学相比，沈君山在台湾的读书生涯显得轻松随性许多。那时时局不定，随父母到台湾而未能入学的青少年不在少数，1950年他又以一分之差落榜台大，少年顽性使他放下书本在街头浪掷青春。他甚至一度还加入街头的打斗帮派，自称“七义”四处打群架。“七义”散伙后，沈君山偶尔还跟着一两位小兄弟去茶室聚个小会，就是在那里，他首次接触到围棋。很快，沈君山发现，对于他来说，用头脑打架比用拳头打架简单得多，这个看起来很简单的黑白二色世界，有着无与伦比的奥妙与诱惑。之后也因围棋与金庸、聂卫平结成密友，这都是后话了。
1986年10月，围棋大师吴清源（左） 在台湾清华大学讲棋，沈君山同台。
翌年沈君山考上台大，又迷上桥牌，还拿到了台北桥牌冠军。此后他还成为台大足球队队长、篮球队队员。大学四年，除了棋桥足篮外，其他各式各样的课外活动，郊游、舞会、户外烧烤都有份，常常还是带头分子。至于功课，马马虎虎凑活过去就行。父亲劝他虚心向学：“万般皆下，唯有读书高。”沈君山还暗暗地不服气：明明是“万般皆上品，唯有读书低”。
在他拿到桥牌冠军后还发生了一件事，沈君山夺冠后，得意非常，兴高采烈地把奖杯拿给父亲看。沈宗瀚瞥了一眼，一言不发地放在洗手间，以便他早晚看到而反省，然后把他妹妹的幼稚园奖状拿出来，高高挂在书房墙上。沈君山好生委屈。这时候胡适出来替沈君山说话——胡适早年就读于美国康奈尔农学院，与沈宗瀚为学兄弟，沈宗翰对这位学长敬重非常。“美国的大学选拔学生，公司选拔职员，重视课外活动的表现更甚于课堂……”胡适这样说。沈宗瀚可以不信别人，却不能不信胡适。有了胡适出面说好话，沈君山的棋牌爱好得以长期保留。
1970年，沈君山参加世界桥牌名人赛
台大四年，军训一年，之后又在初创的国立清华大学当了一年多的助教，一九五七年赴美留学，在马里兰大学就读，连续三年获得美国围棋冠军，回台湾后代表台湾又赢得两次世界桥牌赛亚军、当选七次国家桥牌选手、十大杰出青年……一连串佳誉随之即来，加之形貌翩翩、文理兼长、家世显赫，遂与连战、钱复、陈履安并被称为台湾“四大公子”。
说起来“四大公子”，还有一件好玩的事儿。
在台大的时候沈君山有个关系亲密的牌友——燕谋。
台大时燕谋和我都不是好学生，都多读了一年才毕业。燕谋父母留在大陆，他从小跟着祖母长大，祖父做过中等的官，在台肥（台湾肥料股份有限公司简称）董事长任内退休过世，也算是官宦世家。在老祖母眼里，我浪荡不羁，不务正业，不是燕谋的益友，只是有时也不得不敷衍。我去燕谋家，向来是立在玄关等燕谋出来，她老人家心情好的时候，也会说声上来坐吧！心情普通时就只叫一声‘成子（燕谋的小名），沈君山来了。’心情不愉快，或者前夜燕谋外游回来太迟，就要多加两字：‘成子，那个沈君山又来了。’
然后嘀嘀咕咕地隔着纸门唠叨几句：‘成天的打牌，不学好，将来呀……’
燕谋是个倔强性子，和老祖母顶惯了，而且也碍了他的面子，出来拉着我就走，还回头顶上一句：‘你管人家……’
后来，也不过四五年，我留美得了博士，返台参加远东桥赛，那时全台湾博士也不过三四个，报纸上大加渲染，我受了燕谋之嘱去看老祖母，不但被请上玄关，还一定要我吃饭，打桥牌也成了‘为国争光’。我接受了恭维，饭却没吃。回美国后，一五一十地告诉燕谋。燕谋说：‘吃就吃嘛。不吃白不吃。’
获马里兰大学物理博士学位后，沈君山先后任职于普林斯顿大学、美国太空总署太空研究所、普渡大学，后获普渡大学终身教授职位。这意味着，他将在有“旅游界的哈佛”、“美国航空航天之母”美誉的普渡大学里，优雅无忧地度过安逸的一生。
上世纪七十年代，日本在所谓“美日条约框架”下侵占钓鱼列岛，引起了中国人的抗议。海外台湾留学生先掀声势浩大的“保钓运动”。如此一来，沈君山在普渡大学里坐不住了。另一点返台的原因呢？是有些微妙的不好宣之于口的，却又丝丝入扣的情怀。沈君山这样写道：“另一方面在美国，却因为生活安定久了，反而产生文化调适的问题。文化是一种很奇怪的力量，平常不会感觉得到，但浸沉既久，自然会将你融合进去。在我普大的研究室的右下抽屉里，总放着一本《庄子》和一本诗选，研究思考累了，牛角尖转不出去的时候就翻出来看看，好像一注清泉，自然有清沁脾胃的感觉。这两本书，在台湾求学的时候，父亲老师逼我读我也不肯读的在国外的研究室里，却成为我的密友良伴。人真是奇怪！”1973年，沈君山刚满40岁，心智身体各方面都是最成熟的时候，他却中途“转业”，放弃了终身制的美国教授，回到薪水只有普渡八分之一的国立清华大学任教。
他先后担任台湾清华大学物理系教授兼理学院院长、人文社会学院筹委会主委、生命科学院筹委会主委等职。1994年当选台湾清华大学第一届民选校长。1997年退休。台湾清华在沈君山的主持下，每年学术评鉴均领先岛内群校，与台大相颉。台湾清华能成为理工与人文兼顾的名校，沈君山居功甚伟。
沈君山自1998年退休，仍居于清幽的清华园。他开始着手书写数十年人生况味，并自述写书的缘由，“仿我本家前辈三白先生之例，准备分为六记：人文、科学、棋桥、两岸、爱情与老病。追述虽无丰功伟绩，却也颇有逸情趣事的一生。”清代沈复所著《浮生六记》，被称为至情至性之上乘佳作。沈君山的《浮生》系列，在小九看来，也不遑多让。
沈君山在书中谈爱好、谈学业、谈朋友、谈科学。
《怀念见美》一文中开头他这样说，“从一个人交的朋友，可以看出这个人的才华格调；从一个人的朋友如何待他，可以看出这个人如何待人”。这是他对见美这位昔日知己的评语，这也是他自己的待人之道。写聂卫平，写魏重庆，无一不真挚，无一不真实。
沈君山本业是物理学，当他说起科学，不像一般老师，生硬的理论一箩筐向你囫囵砸过来，他更像是在给你教人生哲学，如何为人处世。科学之理，深入易，浅出难。他谈相对论，谈光电效应，谈统一场论，谈时间，谈空间，无一不是深入浅出的典范，举例精辟独到，又不生涩枯燥。
最后跟大家讲一件老顽童的趣事，2005年沈君山二度中风，当时林志林摔下马背，跟他住进了同一家医院。他就向护士申请：“能不能看她一下。”理由是：“现在整天都看些稀奇古怪的形象，包括镜子里的我，看一眼林志玲，晚上才不会做噩梦。” 说起中风影响形象这件事，老先生感慨颇深：“在病区能看见的，都是平常在街上不轻易见到的，有些奇怪的形象（嘴歪眼斜），没想到现在我也是其中一员！”总之，护士驳回了他的请求，次日就有人送来了林志林的海报，等到沈君山住院2周，病房里已经满满当当地贴了14张：“看来可以开特展了”，沈君山边说边乐。
沈君山一生爱好丰富，交游甚广。老年中风，忧患之中，仍不乏乐观心态，思考自己一生所得所失。回想自己一生，践行“做我所爱，爱我所做”的人生信条，想来也了无遗憾了。
知乎上推荐《浮生三记》的人说，这是他此生读过最美的文字之一，于小九来说，也是如此。
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