随着南京的沦陷，日本军队对手无寸铁的俘虏和平民，执行上级的命令，进行惨绝人寰的血腥屠杀。成千上万的俘虏和平民被押解到秦淮河畔、杨子江边，以及城郊山峡间，用机枪扫射，然后浇上汽油焚尸灭迹。
在城破之后，约有4万中国军队撤出南京，被俘或溃散的至少有8万人。日军自12月13日起即派出士兵，满城搜索溃散军人。这些溃散军人已经弃去武器形同平民，有些已设法换成平民装束，也有依然穿着军服的。很多平民因年龄适合兵役，或因头发短，近似光头（中国士兵均剃光头），或因手掌粗糙不似文人，或因衣服不合身，都被日军认定为溃散的中国军人，全被捕成为俘虏。有些平民显然不是军人，但家中因存有文件卷宗，便被认定是中国官吏，被捕或就地屠杀。
自12月中旬至翌年3月，南京市内，尸体随处可见，有几处堆积如山血流成河。其中规模较大的集体屠杀计有：
汉中门外、秦淮河边
12月15日下午，日军将司法院等处难民收容所中的平民和投降的军人、警察2000余人，解赴汉中门，由两名日本兵拿一长绳，一人手持一头，从难民中每批捆绑一二百人，押赴城外秦淮河边，用机枪扫射，复检查其未死者以刺刀刺死，最后在尸堆上架起木柴浇上汽油焚烧。27岁的交通警察伍长德，因倒伏于尸体中，为遭枪击幸免于难。但他的背上仍被日本兵的刺刀捅了一条5寸多长的伤口，后来他以亲身经历出席远东国际军事法庭，为南京大屠杀事件作证。
上元门外鱼雷营江边
12月15日夜，日军将平民和放下武器的军人9000余人，自上元门捆绑，解押至海军鱼雷营江边，于行进间以4挺机枪扫射，致尸积如山。仅有殷有余等9人，因压在尸堆下，得以幸存。34岁的殷有余大难不死，后来出席中国审判战犯军事法庭，为南京大屠杀作证。
中山码头
12月16日傍晚，日军将华侨招待所难民5000余人，押至中山码头沿江边人行道上，用机枪射杀。这时难民纷纷跳江逃生，日军又以手榴弹投江，致尸蔽江面江水变赤。屠杀后，又在江边尸体上浇洒汽油纵火焚烧，并将焦尸推入江中。36岁的担架队长梁廷芳是众多跳水者之一，由于水浅没有被淹死，但被日军的子弹击中肩头，血如涌泉昏死过去。当他苏醒过来时，如山一样的尸体堆在江边，恐怖至极。
三汊河
12月17日，日军将逃至三汊河放生寺、慈幼院一带的男女难民和已解除武装的中国士兵四五百人，予以杀害。此后，又不断在这里进行规模不等的屠杀。后据统计，慈善团体在这里共收埋尸体1689具。
煤炭港
12月17日，日军将从各地搜捕来的平民和首都电厂工人3000余人，押王煤炭港江边，初以机枪扫射，继将剩余者驱入一大仓库内，四周堆积木柴，放火焚烧。被焚烧者中，只有一个青年人，因知道仓库墙角下有一个下水道，以十指扒土扒出了血，才从下水道里爬出来，其余全被烧死。
草鞋峡
12月17日夜，日军将围禁于幕府山下的难民和俘虏57000人，用布条捆缚，驱至此处。用机枪扫射又用刺刀乱戳，再浇上汽油焚烧。一位负伤的公务人员，当时藏匿于大茅洞内，曾目睹惨状，并与尸堆中爬出的幸存者一起逃离屠场。两位幸存者，一位是教导总队姓冯的班长，左膀被刺刀戳伤，一位是保安队姓郭的警察，脊背被大火烧焦。
燕子矶
12月间，日军将聚集在燕子矶江边渡江不成的难民和士兵共5万余人，围禁在江滩上，架起数十挺机枪扫射，致尸横遍野，蔽江漂流。陆军第88师军人郭国强，当时藏匿于三台洞附近，亲见日军用机关枪发射了一天一夜。
水西门外至上新河一带
12月日军在此处将被俘军人及难民计28000余人，以铅丝捆绑手脚，推入河中用机枪扫射，或盖上柴草浇上煤油活活烧死。江东门附近，因尸体较为集中，便就近将尸体掩埋于两个大坑中，故有万人坑之称。
中华门外、花神庙一带
日军将散处在南门外的军人和难民共7000多人，搜索驱至凤台乡、花神庙一带，分批杀害。中国审判战犯军事法庭认定：民国26年12月间，难民5000多人，士兵2000多人，在南门外附近凤台乡、花神庙一带被屠杀，大量尸体经法医鉴定，都有枪伤、刀伤的痕迹。
被血染红了的扬子江、秦淮河水可以作证，侵华日军在这里进行的血腥屠杀。这一屠杀的场景和事实，几十年来也大量见之于日本人的报道和著作中。原日军第6师团第13联队的二等兵赤星义雄，曾于攻陷南京的次日来到下关江边，亲眼目睹了江面的惨状。他说：
“2000米，不，也许还要宽些，在这宽阔的江面上，漂流着数不清的尸体。一望无际，满眼皆是尸体。江边如此，江中心也是如此。那不是士兵，而是老百姓的尸体，其中有成人，也有儿童，男男女女全都漂流在江面上。尸体像木排那样，缓缓地漂流着。朝上游看去，尸山接连不断，看不到边。看来至少有5万人以上，而且几乎都是老百姓，扬子江确实成了死尸之江。 ”
日本小野贤二出版的《黄军士兵南京大屠杀的记录》一书，发表了19位日本军人的阵中日记。其中都记载有日军第13师的山田支队所辖的两角部队，在南京东北郊幕府山俘虏的中国军人超过2万人，最低限度在3万人以上，于12月17、18两日全部杀戮于扬子江畔。
侵华日军的屠杀规模之浩大、屠杀时期之长、屠杀手段之残忍，在人世间的可耻丑行，就靠这少数逃得性命之人，口述集体屠杀的实情，世上才知道日本人的残酷，违反国际公法，更违反人道。
南京大屠杀的事实和纪录，上篇（留在地狱的60万人口），下篇（惨绝人寰的虐杀种种）
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