公元317年4月6日（建興五年，建武元年），司馬睿承製改元，即晉王位（尚未稱帝），改元建武，東晉建立，史稱東晉。次年，晉愍帝死於漢國的訃告傳到江東，司馬睿才於4月26日即皇位（“上尊號”），改元太興。東晉據長江中下游以及淮河、珠江流域地區。
晉元帝司馬睿(276年-323年1月3日)，字景文，河內溫縣(今河南省溫縣)人，東晉開國皇帝(318年-323年在位)。
太熙元年(290年)，襲封琅邪王，參與討伐成都王司馬穎。作
戰失利後，離開洛陽，回到封國。
晉懷帝即位，拜安東將軍、都督揚州諸軍事。
後來，聽從王導建議，南渡建康，籠絡結交江左士族。
永嘉七年(313年)，拜丞相、大都督中外軍事。
永嘉之亂，晉愍帝被俘，西晉滅亡。
建興五年(317年)，在晉朝宗室與南北大族擁戴下，即位為晉王，年號建武。東晉建立，史稱東晉。
司馬睿即位後，因為在皇族中聲望不夠，勢單力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不穩。
但是，他重用了王導。王導運用策略，使南方士族支持司馬睿，使北方南遷的士族也決意擁護司馬睿，穩定了東晉政權，維持了偏安局面。
司馬睿十分感激王導，任他為宰相，執掌朝政。
時人謂之"王與馬，共天下"。
司馬睿完全信任王導，叫他"仲父"，把他比作自己的"蕭何"。
王導也經常勸諫司馬睿克己勤儉，優待南方，與人為善。
司馬睿和王導在草創期上演了一場君臣相敬相愛的佳話。
琅琊王家也達到了權勢的高峰，除了王導擔任丞相，王敦控制著長江中游，兵強馬壯；四分之三的朝野官員是王家人的或者與王家相關的人。
另外，王家在南朝時期出了八位皇后。
但大權旁落引起司馬睿極大的不滿，他引用劉隗、刁協、戴淵等為心腹，試圖壓制王氏權勢。
永昌元年(322年)，素有野心的王敦以誅劉隗為名，在武昌起兵，直撲石頭城(即建康)。
王導為保全王氏家族利益，暗助王敦。
王敦攻入建康，殺戴淵等，劉隗投奔石勒。
司馬睿一敗塗地，無奈之下，司馬睿"脫戎衣，著朝服"對王敦說:"你如果想當皇帝，早和我說啊，我把皇位讓給你，還當我的琅邪王去。何苦讓百姓跟著受苦呢?"
司馬睿近似哀求的話，並沒有撫平王敦的野心。
不久，王敦便自己為自己加官進爵，自封為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事。
司馬睿征討王敦時，曾下令"有殺敦者，封五千戶侯"，而王敦卻把自己"封武昌郡公，邑萬戶"，無疑又將司馬睿嘲弄了一番。
司馬睿皇帝徒具虛名而已，朝中任何事情都由王敦做主。
王敦看到太子司馬紹有勇有謀，便想以不孝而廢之，後因百官皆不從而作罷。
四月，王敦還師武昌，遙控朝政。
此後，王敦更加猖狂，以至於司馬睿和他的朝廷成了擺設。
司馬睿見無法動搖王氏的權勢，自己名為天子，號令卻不出宮門，漸漸憂憤成病，臥床不起。
他想到大臣中只有司徒荀組對自己比較忠順，就任命他為太尉兼領太子太保，打算讓他參與朝政，鉗制王導。
不料司徒荀組受任不久就病死，司馬睿更加憂傷，病勢加重。
永昌元年閏十一月初十日(323年1月3日)，晉元帝憂憤病逝。
終年47歲，在位6年。
諡號元皇帝，廟號中宗，葬於建平陵(江蘇江寧)。
遺詔由太子司馬紹繼位。
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