公元317年4月6日（建兴五年，建武元年），司马睿承制改元，即晋王位（尚未称帝），改元建武，东晋建立，史称东晋。次年，晋愍帝死于汉国的讣告传到江东，司马睿才于4月26日即皇位（“上尊号”），改元太兴。东晋据长江中下游以及淮河、珠江流域地区。
晋元帝司马睿(276年-323年1月3日)，字景文，河内温县(今河南省温县)人，东晋开国皇帝(318年-323年在位)。
太熙元年(290年)，袭封琅邪王，参与讨伐成都王司马颖。作
战失利后，离开洛阳，回到封国。
晋怀帝即位，拜安东将军、都督扬州诸军事。
后来，听从王导建议，南渡建康，笼络结交江左士族。
永嘉七年(313年)，拜丞相、大都督中外军事。
永嘉之乱，晋愍帝被俘，西晋灭亡。
建兴五年(317年)，在晋朝宗室与南北大族拥戴下，即位为晋王，年号建武。东晋建立，史称东晋。
司马睿即位后，因为在皇族中声望不够，势单力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。
但是，他重用了王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。
司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政。
时人谓之"王与马，共天下"。
司马睿完全信任王导，叫他"仲父"，把他比作自己的"萧何"。
王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方，与人为善。
司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。
琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮；四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。
另外，王家在南朝时期出了八位皇后。
但大权旁落引起司马睿极大的不满，他引用刘隗、刁协、戴渊等为心腹，试图压制王氏权势。
永昌元年(322年)，素有野心的王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，直扑石头城(即建康)。
王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。
王敦攻入建康，杀戴渊等，刘隗投奔石勒。
司马睿一败涂地，无奈之下，司马睿"脱戎衣，著朝服"对王敦说:"你如果想当皇帝，早和我说啊，我把皇位让给你，还当我的琅邪王去。何苦让百姓跟着受苦呢?"
司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的野心。
不久，王敦便自己为自己加官进爵，自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事。
司马睿征讨王敦时，曾下令"有杀敦者，封五千户侯"，而王敦却把自己"封武昌郡公，邑万户"，无疑又将司马睿嘲弄了一番。
司马睿皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦做主。
王敦看到太子司马绍有勇有谋，便想以不孝而废之，后因百官皆不从而作罢。
四月，王敦还师武昌，遥控朝政。
此后，王敦更加猖狂，以至于司马睿和他的朝廷成了摆设。
司马睿见无法动摇王氏的权势，自己名为天子，号令却不出宫门，渐渐忧愤成病，卧床不起。
他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。
不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。
永昌元年闰十一月初十日(323年1月3日)，晋元帝忧愤病逝。
终年47岁，在位6年。
谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵(江苏江宁)。
遗诏由太子司马绍继位。
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