一、軟體動物
1、危害
常見的軟體動物主要有蝸牛和蛞蝓等，生長在陰暗潮溼的草叢、落葉內或石塊下晝伏夜出嚼食羊肚菌子囊果，嚴重危害羊肚菌。
2、防治方法
通過人工捕殺清除軟體動物；
蛞蝓藥劑進行防治措施：
a、直接往身上灑鹽
b、豆餅或炒香棉籽餅與敵百蟲按10：1的比例製成毒餌，傍晚時候每畝地施撒4-5kg進行誘殺。
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二、白蟻
1、危害
白蟻直接啃食菌種，造成嚴重損失。
2、防治方法
白蟻危害多發生在林地、腐殖質落葉豐富的不動土田地，因此可以通過播種前暴曬田地進行；對新開墾的田地在播種前，每畝地投放50-75kg生石灰，可有效地減少白蟻侵害；發生白蟻危害時，可用48%樂斯本乳油1000-1500倍液噴淋防控。
白蟻的天敵：
1、巢內寄生天敵
許多種白蟻巢內均有真菌、細菌和病毒寄生，其中許多微生物能引起白蟻疾病，最後導致白蟻死亡，直至全巢覆沒。另外，巢內寄生的蟎類有時也能殺滅白蟻。
2、巢外捕食天敵
（1）不能破巢的天敵：此類動物主要捕食白蟻分飛的有翅成蟲，暴露在外的白蟻或採用不搗毀蟻巢的方法進入巢內捕食與誘出白蟻后取食。如蜘蛛、螞蟻、蜻蜓、青蛙、鳥類、黑猩猩等。
（2）能破巢的天敵：此類動物能搗毀蟻巢，直接從巢內捕食白蟻，如穿山甲、針鼴、大蟻熊、土豚、犰狳、鴨嘴獸、食蟻獸等。
三、老鼠
1、危害
嚼食菌種和幼菇。
2、防治方法
羊肚菌
通過常規捕鼠或滅鼠手段防控。
四、跳蟲
1、危害
跳蟲會在土壤縫隙內活動嚼食羊肚菌菌絲；跳蟲會鑽進外源營養袋中，在袋子內繁衍生息，造成菌絲破壞和營養流失。
春季溫暖溼潤季節會嚼食子囊果，使得被嚼食過的子囊果部位發育受阻，容易導致其他病害的發生。
跳蟲基本習性
跳蟲喜潮溼環境，以腐爛物質、菌類為主要食物，主要取食孢子、發芽種子。卵散產或堆產於百合鱗莖底盤莖周圍及土縫內。低齡若蟲活潑，活動分散。成蟲喜群集活動，善跳躍，1個百合鱗莖球上常有蟲多達數百頭甚至幾千頭，像彈落的菸灰。若、成蟲都畏光，喜陰暗聚集，一旦受驚或見陽光，即跳離躲入黑暗角落。成蟲喜有水環境，常浮於水面，並彈跳自如。近距離擴散靠自身爬行或跳躍，遠距離借風力、雨水和人為攜帶傳播。
2、防治方法
播種前30天，對種植地進行翻耕，每畝地施入50-75kg生石灰，土壤翻耕後進行暴曬。
清除田間的農業廢棄料，特別是玉米秸稈等含糖量豐富的雜物，可以有效減少滋生營養源。
水稻田的灌水作業也可以有效的殺滅跳蟲及蟲卵。
新鮮的羊肚菌
對於跳蟲比較嚴重的地方，可以根據跳蟲的喜水習性，在有跳蟲的地方小盆盛清水，等跳蟲進入盆中後再換水誘殺，連續進行幾次，可以有效減少蟲口密度。
五、蟎蟲
1、危害
蟎蟲主要危害菌絲體，同時也會咬食子實體。
2、防治方法
蟎蟲大量發生，可用殺蟎劑處理畦面。
六、草害
1、危害
雜草、苔蘚等植物大量發生的田塊，羊肚菌的產量低。
2、防治方法
播種後用黑、白色薄膜覆蓋畦面，可以有效控制雜草叢生，同時也可以適當進行通風，降低土壤溼度。
七、真菌病害
1、危害
真菌病害爆發會使得子囊果表面發黴，白色氣生菌絲旺盛，從而使得菇體腐爛、死亡或畸形，嚴重影響品質。
2、防治方法
羊肚菌真菌病害目前暫未有確切防治辦法，主要以防控為主，主要防控措施如下：
播種前對種植地暴曬7天以上，可以有效防治黴菌病害的發生。
避免出菇時節長時間高溫高溼，需加強這段時間的通風、降溼、降溫，防控病害的發生。
在播種補料環節，高溫季節菇床會有不同程度的黴菌發生，這是就可以噴灑生石灰並掩埋。
對於鐮刀菌，可以使用克黴靈或硫酸銅進行防控。
在種植前在土壤裡灑入益富源有益微生物菌進行防控。
八、細菌性病害
細菌病害多發生於出菇環節，伴隨著高溫高溼天氣爆發，主要危害症狀為菌柄變紅、腐爛、發臭。
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