巴國最早見於《山海經·海內經》記載:
“西南有巴國。太葜生鹹鳥，鹹鳥生乘釐，乘釐生後照，後照是始為巴人。”太葜即上古時代東方部落首領伏羲，後照為巴人始祖。
宋代史學家羅泌《路史·後記》卷一記載:
“伏羲生鹹鳥;鹹鳥生乘釐，是司水土，生後照;後照生顧相，降處於巴，是生巴人。”
據考古發掘，巴國地區前文化發端於200萬年前的舊石器時代早期，巴人先民們就世世代代在重慶地區這片神奇的土地上生息繁衍。他們戰天鬥地，自強不息，創造了燦爛的巴文化。
巴國起源於新石器時代的大溪文化，國都初枳(今重慶涪陵)。春秋時期巴、楚戰爭頻繁，巴多敗，都城被迫多次向西遷移。巴楚之戰時斷時續，幾乎貫穿整個巴史。
巴國，周朝時期位處今中國西南、長江上游地區的一個姬姓國家，子爵，國都為江州，即今重慶市江北區。始於西周時期，巴國與蜀國、楚國為世仇，被視為諸夏之一 。春秋中期一位巴王在征討楚國的戰爭中俘虜了一名楚國女子而分裂出充國。
戰國時期疆域“其地東至魚復(治今奉節)，西至僰道（今四川宜賓縣西南安邊鎮），北接漢中，南及黔涪。”其疆域之遼闊，概括了今重慶全境、湖北恩施、川東北部分地區。
周慎靚王五年，秦惠文王更元九年（前316年），張儀帶兵滅巴之後，屯兵江州，築巴郡城（江州城），城址在今渝中區長江、嘉陵江匯合處朝天門附近。是為史載重慶建城之始。秦朝分天下為三十六郡，巴郡為其一。
巴國形成於公元前11世紀的西周初期，滅亡於公元前316年的戰國中期，約有800年曆史。
漢朝時候巴郡稱江州，為益州刺史部所管轄。漢光武帝建武十一年（公元35年），岑彭由江州入蜀平定公孫述。漢獻帝初平元年（190年），劉璋分置永寧郡，治江州。漢獻帝建安六年（201年）復為巴郡。漢獻帝建安十九年（214年），劉備、諸葛亮由江州入蜀平定益州。
三國時期，蜀漢李嚴在江州築大城。晉朝改永寧郡為巴都郡。晉桓溫討伐李勢，朱齡石平定譙縱，皆由江州入蜀。南朝宋齊復為巴郡，郡治皆為江州。南朝梁元帝太清四年（550年），武陵王蕭紀於巴郡置楚州，西魏文帝大統十七年（551年）改為巴州，北周閔帝元年（557年）又改楚州。魏晉南北朝時期，巴郡先後是荊州、益州、巴州、楚州的一個轄區。
隋文帝開皇元年（581年），廢郡，以渝水（嘉陵江古稱）繞城，改楚州為渝州，治巴縣。這是重慶簡稱渝的來歷。隋煬帝大業三年（607年），州廢，復為巴郡。
唐高祖武德元年（618年）為渝州，唐玄宗天寶元年（742年）改南平郡，唐肅宗乾元元年（758年）復為渝州。唐代延續渝州之稱，為山南西道轄地。
宋代時，先後屬西川路、陝西路、夔州路管轄，崇寧元年（1102年），因趙諗謀反之事，宋徽宗以“渝”有“變”之意，改渝州為恭州。宋孝宗淳熙十六年（1189年），宋光宗先封恭王，後即帝位，自詡“雙重喜慶”，升恭州為重慶府，重慶由此而得名。
元世祖至元十六年（1280年）立重慶路總管府，管轄四川南道宣慰司，隸屬於四川行省。
元順帝至正二十年（1360年），農民起義軍領袖明玉珍建定都重慶，國號“大夏”，轄今重慶、四川、貴州、雲南等地。
重慶彈子石大佛寺五佛殿中缺右眼的普賢菩薩像，實為建於明永樂十九年元末大夏國皇帝明玉珍真容雕像
明太祖洪武四年（1371年），平夏，復改為重慶府，隸屬於四川布政使司，轄2州、11縣、1廳，包括巴縣、江津、長壽、永川、榮昌、綦江、南川、合州、涪州、銅梁、大足、璧山、定遠、江北廳。
明清時期設川東道，管轄巴縣、江津縣、長壽縣、城口縣、綦江縣、南川縣、永川縣、榮昌縣、銅梁縣、大足縣、璧山縣、武勝縣、合川縣、江北縣、奉節縣、巫溪縣、巫山縣、雲陽縣、萬縣、開縣、達縣、宣漢縣、開江縣、渠縣、大竹縣、萬源縣、忠縣、酆都縣、墊江縣、梁山縣（今梁平區）、酉陽縣、秀山縣、黔江縣、彭水縣、石砫縣、涪陵縣等36縣。
1876年9月13日，英國以“滇案”為藉口，迫使清政府簽訂了中英《煙臺條約》，其中規定英國可向重慶派駐領事。
1890年3月31日，中英簽訂《新訂煙臺條約續增專條》，確定重慶作為通商口岸。隨後英商開闢從宜昌到重慶的輪船航線。同年，英國在重慶設立總領事館。1891年3月1日，重慶海關在朝天門附近設立。1895年，清政府在甲午戰爭中被日本打敗，根據當年4月簽訂的《馬關條約》（日稱為《日清媾和條約》）中規定，重慶成為中國第一批向日本開放的內陸通商口岸。1896年，法國、日本、美國分別在重慶設立總領事館。1901年，日本在今南岸區王家沱設立了日本租界。同年，法國在今南岸區彈子石附近先後建立了水師碼頭和兵營。1902年，沙俄在今渝中區枇杷山上建立了俄羅斯公館。1904年，德國在重慶設立領事館。
1921年，重慶設埠督辦處，任命楊森為督辦，籌辦市政。其時重慶市區範圍未定，權以巴縣城關即今渝中半島部分及原江北縣城附近一帶居民區為轄區。
1922年，將商埠督辦處改為市政公所。1926年，又改為商埠督辦公署，拓展城區，開始進行城市建設。1927年，又將商埠督辦公署改為市政廳，潘文華任市長，劃定重慶兩江上下游南北兩岸30華里為市區，但無明確邊界。西部首個設市城市。
1929年，重慶正式建市，編制為國民政府二級乙等省轄市，首任市長潘文華。
1930年2月，二十一軍軍部明令召集審定市縣權限委員會全權辦理劃界事宜，並由重慶市政府與江北、巴縣政府組織市區測量委員會。
1931年，不忍國權喪失、國民受辱的重慶人民，以王家沱日本租界30年租期到期和九一八事變為契機，開展了多次鬥爭。
1932年，二十一軍部令重劃界址。計巴縣劃入場鎮有兩路場、姚公場、南城坪、海棠溪、彈子石及縣城全部；江北縣劃入市區的有弋陽、寶蓋、金沙、上關、櫻花、下石樑、上石樑七廂，溉瀾溪、相國寺兩碼頭以及縣城全部。巴縣劃入43平方千米，江北劃入3.75平方千米，全部面積為46.75平方千米。
1937年11月，中華民國政府頒佈《國民政府移駐重慶宣言》，定重慶為戰時首都；11月16日，國民政府主席林森，遵循遷都大計，交代屬下的文官、參軍兩處幹員，清點好中華民國印信旗幡等重要器物，連夜登船，先離南京而首途重慶；12月1日正式於重慶辦公，16日日軍攻破南京。在成為“戰時首都”之後，重慶成為中國抗戰時期大後方的政治、軍事、經濟、文化中心，抗日民族統一戰線的政治舞臺，更是世界反法西斯戰爭遠東指揮中心，以及在國際上享有盛譽的“英雄之城”、“不屈之城”。
1939年，重慶市將原有的6個區改設為12個區，巴縣龍隱鄉（小龍坎、沙坪壩、磁器口一帶）劃入重慶市。1939年至1940年，巴縣、江北縣位於城郊的區域陸續劃歸重慶市。
1939年5月5日，遷都至重慶的國民政府頒令，將重慶升格為甲等中央院轄市（即直轄市），重慶亦是繼南京、上海、天津、青島、北平後第六個中央院轄市，轄區範圍大致為今重慶主城區，即渝中區、九龍坡區、沙坪壩區以及江北區、南岸區，而北碚市（今重慶北碚區）為中央行政院和臨時政府所在地。
1941年12月，中華民國政府在重慶發表文書與納粹德國宣戰，德國大使館關閉；12月31日，蔣介石在渝中區鄒容路與五四路口設立“精神堡壘”昭示國民政府與重慶人民抗戰到底，這就是解放碑的前身；同年12月至1945年，重慶成為大韓民國（流亡政府）臨時駐地。1945年8月15日，抗日戰爭結束，國民政府還都南京。在其後的制憲國大中，以法律形式規定重慶為永久陪都。
1949年11月30日，中國人民解放軍進入重慶，隨後成為西南軍政委員會駐地，為西南大區代管的中央直轄市，駐地亦設在重慶。1950年，重慶政府撤銷第二、三、四、五、六、七區，併入第一區，駐和平路；撤銷重慶市第九、十區，合併設立第二區，駐江北香國寺；撤銷重慶市第十三、十四區，合併設立第三區，駐沙坪壩；撤銷重慶市第八、十七區，合併設立第四區，駐大坪；撤銷重慶市第十一、十二、十五、十八區，合併設立第五、六區。其行政區域為：第五區包括原第十二區全部和第十五、十一區大部，即銅元局南坪、海棠溪、廣黔路、上浩、下浩、清水溪、黃桷椏、新市場等9個街道和南坪、雙龍、四公里、羅家坪、 黃桷椏5個鄉；第六區包括原第十八區全部和第十五、十一區一部分，即彈子石、石橋、大佛段、玄壇廟、汪山、鑼旗寺、飛嵐椏、大興場、雞冠石等9個街道和雞 冠石、白沙沱、汪山、大興、郭家沱5個鄉。重慶市第十六區更名為第七區。1950年至1952年，設立川東行署區，隸屬於中共中央西南局。1950年行署駐地為重慶市黃桷埡，1951年遷駐北碚市。
1952年8月7日，川東行署區被撤銷，與川南行署區、川北行署區、川西行署區合併為四川省。
1954年7月，西南大區北碚市併入重慶市，重慶直轄市被撤銷，重慶與四川合併，重慶從直轄市降為副省級市。
1964年，北部灣事件爆發，三線建設開始，重慶成為三線建設的核心城市。
1983年3月3日，永川地區8個縣併入重慶市，重慶成為中國第一個享有省級經濟管理權限的計劃單列市。
1992年，重慶闢為沿江開放城市。
1996年9月15日，重慶市代管萬縣市、涪陵市和黔江地區。
1997年3月14日，第八屆中國人大五次會議批准設立重慶直轄市，撤銷原重慶市。重慶直轄市轄原重慶市、萬縣市、涪陵市和黔江地區。共43個區市縣，面積82402.95平方千米，3002萬人。
1997年6月18日，重慶直轄市政府機構正式掛牌。重慶至此在歷史上第三次成為直轄市。
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