1965年與1998年，印尼當地華人曾兩次遭受種族清洗和屠殺，這也是印尼華人，乃至海外華人發展歷程中所遭受的最大劫難。
那麼，此事究竟為何會發生呢？
1965年的印尼軍政府屠華，導火索是當時軍方與時任總統蘇加諾以及印尼共產黨之間的政治攤牌——史稱“930”政變。政變中，以蘇哈托少將為代表的軍方蝴蝶最後勝利，蘇加諾總統被軟禁，作為蘇加諾盟友的印共則遭遇滅頂之災，以黨領袖艾地為首的30萬黨員人頭落地，黨組織被摧毀，印共由此一蹶不振，逐漸敗亡。
可奇怪的是，蘇哈托在清繳印共的同時，也順道對當地華人大加殺戮。據後世估算，估計有20萬印尼華僑在此次清洗中喪生。
印尼是群島國家，全境13000個島嶼組成，地緣結構的天然支離破碎；以及印尼土著開化較晚，對國家、民族認同感和向心力嚴重缺乏，這種情況下，建國初期的印尼存在嚴重分裂風險，所有有必要在政體上高度中央集權，通過強化中樞力量和權威，來壓制內部分離主義傾向。
不過，要想中央集權實現，那中樞必須掌握佔據相對優勢的國家資源——說的直白點，就是得有錢。可是，印尼的地緣結構支離破碎，而且經濟模式落後，又沒有土改，因此大量的社會資源都握在分佈於各地的土著地主手中，這非但制約了印尼的國家工業化轉型，也削弱了中央政府對國家資源的控制力，進而威脅到印尼的國家穩定。
對此，蘇加諾政府的解決之道是扶植印共，借印共的意識形態力量，一方面能夠打發動群眾，打土豪分田地，削弱這些傳統地主，奪取它們的資源；另一方面，則能夠從蘇中兩國手中獲得援助（這些援助都是直接交給蘇加諾中央政府的），繼而充實中央政府的實力。
可如今，蘇加諾被蘇哈托為首的軍方推翻，印共也被清除，如此一來，土改沒法弄了，來自蘇中的援助也斷絕。這下蘇哈托就不得不面臨一個尷尬：它用啥來支撐自己的集權甚至獨裁統治？
當然，蘇哈托有軍隊，可軍隊也得花錢養才成。要是強行用軍隊去搶奪土著地主的利益，那首先肯定會引發全國性騷亂乃至內戰；其次，這本身就是自毀長城——很多軍官它們自己是地主階級出身，而且地主階級也是支持蘇哈托的重要勢力。
這意味著，蘇哈托不可能直接用武力對付地主階級。所以，他有必要再找一個財富來源來替代——這就是華人。
華人在印尼是少數族群，並且民族特徵明顯，與主流社會融合程度低。這種少數派身份，意味著華人在印尼政治地位低下。但是，由於華人普遍從事工商，所以財富積累豐厚。這種有錢無勢的棒槌，正中蘇哈托下懷！
通過屠華，蘇哈托可以將大量原屬於華人的財富奪過來，這既可以讓掌權者自身大發橫財，又能夠讓軍政府迅速積累天量社會資源——這筆錢既能用來供養軍隊，又能用來收買下層民眾，挽回因剷除印共而丟失的民心。
而屠華的另一個作用：便是通過此舉，鞏固政權基礎。印尼貧富差距懸殊，底層土著底層天然仇恨有錢的華人工商業者。而這種仇富情緒，又因為印華跟印尼土著的族群和文化差異，而沾染上十分嚴重的種族對立色彩。通過屠華，既能夠撈錢，還能夠煽動印尼土著的民族主義情結，如此，印尼社會非常嚴峻的階級矛盾，就能夠在相當程度上化解。蘇哈托軍政府的支持率也會因此大大提高。
基於上述考慮，蘇哈托在絞殺印共後，順帶著對印華舉起了屠刀。二十萬印華淪為刀下之鬼，而他們多年積累的財富，也就進了軍政府和國庫，和蘇哈托們的腰包。
不過，隨後六五屠華的結束，蘇哈托軍政府跟印華的關係，又神奇的出現一個逆轉——雙方居然和好了！
這是為啥？說到底還是雙方共同利益決定的。
對蘇哈托來說，通過屠華撈足了錢和政治資本後，他仍舊得面對一系列問題：往後的印尼該怎麼走？自己的獨裁又該如何長久維繫？
首先，蘇哈托的軍政府要想維持，必須得有足夠的金錢支撐。儘管需屠華賺了一大筆，但這終究不過是一錘子買賣，非長久之道。故工商業仍需發展，工業化也不能停下。
當然，蘇哈托們也大可將此類事情交付於市場，自個照章收稅便可。可這樣一來，首先自己藉機攫取私利的空間就大不如前；其次，這一過程中，原先的土著地主也肯定會憑藉自身先天優勢，在這一社會轉型過程中愈發強大。而這些土著地主獨立性十分志強，若任由他們膨脹，早晚會尾大不掉，成為遊離於中樞權力之外的強勢本土勢力，進而反對來對中央集權及蘇哈托本人構成威脅。
鑑於此，印華再次受到軍政府青睞。印華工商業經驗豐富，很適合從事現代經濟；而作為邊緣少數族群，印華政治地位低下，且受土著主體的排斥和敵視，這意味著印華不能形成獨立勢力，甚至即便是維持生存，都需要高度依賴於蘇哈托軍政府的庇護。如果軍政府撒手不管，印華隨時會被印尼土著給收拾。
由於印華不能形成政治勢力，又高度依賴軍政府，故蘇哈托們就可以在借其生財的同時，強化中樞權力對社會資源的控制，進而增進中樞權威、促進社會經濟發展。相反，傳統的土著地主，在經濟轉型過程中受到印華的競爭壓力，發展空間縮小，實力逐漸相對弱化，進而不斷沒落，最終會作為一個階層自然消解。
此即蘇哈托之如意算盤。而對印華來說，邊緣少數族群的處境，印尼土著對他們的敵意，使得他們也確實需要有一個強勢靠山，才能夠繼續生活。所以，儘管蘇哈托有屠華之惡劣先例；但在其放下屠刀、拋出橄欖枝後，印華基於未來生存發展考量，也只能不計前嫌，充當軍政府附庸。
這就形成了印華現代發展史上十分畸形的“主公制度”——蘇哈托把華人的政治文化權利削奪了個乾淨，然後又在經濟上對華人鬆綁。直白點說，即華人企業家提供資金與技術，印尼裔的軍政官員則提供經營許可證與政治保護。
靠著軍政府“主公”的庇護，印華在經濟上東山再起，趁著印尼現代化的東風，重新積累了海量財富。
但是，這種模式也蘊含著極大的風險。印華的財富乃至安全，高度依賴於蘇哈托的保護。這種上層路線，使得印尼土著民眾對他們的反感愈發強烈。
1997年，東南亞金融危機爆發，印尼元氣大傷。而經濟的崩潰，又引發了重大政治與社會危機，面對民眾滔天抗議，蘇哈托被迫下野，執政的專業集團黨也分崩離析。
蘇哈托一倒，印華這個有錢無勢，本就非我族類，還充當蘇哈托幫兇的族群，便成為，被印尼民眾的集中發洩對象。而蘇哈托下臺後，印華的最大靠山也不復存在。
當然，蘇哈托雖倒，但是印尼軍方猶在——他們也沒少受印華的好處。不過，民眾的憤怒之情實在太高，軍方自身也難以招架。大難臨頭，它們非但不再為印華這個寄生群體繼續提供庇護，反而故意把他們拋出來，充當自己的替罪羊。這種情況下，印華又一次淪為種族屠殺的犧牲品。
這便是1998印尼屠華的由來龍去脈。
從1965到1998，印華兩次遭受種族屠殺，而這種反文明、反人類之舉，也成為印尼這個國家的一個嚴重道德汙點。
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