用R语言复刻Meta文献

用R语言复刻Meta文献

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3月7日我们对癫痫耐药性相关的一篇Meta分析文献进行了复刻,这一篇我来带你一步步实现它!

1.下载安装R语言和Rstudio

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。


RStudio是一款R语言的IDE,R自带的环境操作起来可能不是方便,而Rstudio很好地解决了这个问题,而且它还具有调试、可视化等功能,支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。

by:简书YUENFUNGDATA

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R下载地址:https://www.r-project.org/

Rstudio: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/


2.相关包的安装

<code>library(meta)/<code>

3.数据导入

提前在Excel中整理好数据,保存为csv格式!设置文件路径(文件夹目录)。

利用read.csv函数读入已整理数据!


用R语言复刻Meta文献

<code>setwd("C:/Users/")##设置文件路径/<code><code>read.data "meta-data.csv")#打开csv文件/<code>

4.具体分析

<code>meta.2 <- metabin(AG.Events,AG.n,AA.Events,AA.n,/<code><code>                  data=read.data,sm="OR",studlab = Study)/<code>

读取文献得知,文献中用的是OR的随机模型。设置sm为OR。

5.绘图

分别用forest()函数和funnel()绘制森林图和漏斗图

<code>forest(meta.2)/<code><code>funnel(meta.2)/<code>

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森林图



用R语言复刻Meta文献


漏斗图



用R语言复刻Meta文献


结束!累吐血了,我的脑细胞啊啊~~~


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