我國水生生物多樣性極為豐富，具有特有程度高、孑遺物種多等特點，在世界生物多樣性中佔據重要地位。我國江河湖泊眾多，生境類型複雜多樣，為水生生物提供了良好的生存條件和繁衍空間，尤其是長江、黃河、珠江、松花江、淮河、海河和遼河等重點流域，是我國重要的水源地和水生生物寶庫，維繫著我國眾多珍稀瀕危物種和重要水生經濟物種的生存與繁衍。
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一、長江流域
據不完全統計，長江流域有淡水鯨類2種，魚類424種，浮游植物1200餘種（屬），浮游動物753種（屬），底棲動物1008種（屬），水生高等植物1000餘種。流域內分佈有白鱀豚、中華鱘、達氏鱘、白鱘、長江江豚等國家重點保護野生動物，圓口銅魚、巖原鯉、長薄鰍等特有物種，以及“四大家魚”等重要經濟魚類。目前，長江流域已建立水生生物、內陸溼地自然保護區119處，其中國家級自然保護區19處，國家級水產種質資源保護區217處。
二、黃河流域
據不完全統計，黃河流域有魚類130種，底棲動物38種（屬），水生植物40餘種，浮游生物333種（屬）。流域內分佈有秦嶺細鱗鮭、水獺、大鯢等國家重點保護野生動物。目前，黃河流域已建立水生生物、內陸溼地自然保護區58處，其中國家級自然保護區18處，國家級水產種質資源保護區48處。
三、珠江流域
據不完全統計，珠江流域有魚類425種，浮游藻類210種（屬），浮游動物410種（屬），底棲動物268種（屬），水生維管束植物129種。流域內分佈有中華鱘、中華白海豚、黿、花鰻鱺、金錢䰾、大鯢等國家重點保護動物，南方波魚、海南異鱲等約200種特有魚類。目前，珠江流域已建立水生生物、內陸溼地自然保護區44處，國家級水產種質資源保護區27處。
四、松花江流域
松花江流域已知有魚類81種，底棲動物118種（屬），水生維管束植物80種，兩棲爬行動物23種。流域內分佈有瀕危物種施氏鱘、達氏鰉，以及大麻哈魚、烏蘇裡白鮭、日本七鰓鰻、細鱗鮭、哲羅鮭、黑龍江茴魚、花羔紅點鮭等珍稀冷水性魚類。目前，松花江流域建有水生生物和內陸溼地自然保護區44處，其中國家級自然保護區19處，國家級水產種質資源保護區24處。
五、淮河流域
淮河水系已知魚類115種，水生植物60餘種，兩棲爬行動物40餘種，浮游動物200餘種（屬），浮游植物250餘種（屬），底棲動物70餘種（屬）。流域內分佈有中華水韭、蓴菜、野菱和水蕨等國家重點保護植物，大鯢、虎紋蛙和胭脂魚等國家重點保護動物。目前淮河流域已建立水生生物和內陸溼地自然保護區24處，其中國家級自然保護區1處，國家級水產種質資源保護區39處。
六、海河流域
據不完全統計，海河流域有魚類100餘種，底棲動物72種（屬）。目前，海河流域已建立內陸溼地自然保護區19處，其中國家級自然保護區3處，國家級水產種質資源保護區15處。
七、遼河流域
遼河流域已知魚類53種，常見大型水生植物16種，流域內分佈有斑海豹、江豚等國家重點保護動物；魴、鯉、鯽、烏鱧、遼河刀鱭、喬氏新銀魚、東北雅羅魚、鳳鱭、海龍、海馬等重要經濟魚類，以及中國毛蝦、中華絨螯蟹、文蛤等水產資源。遼河流域已建立水生生物、內陸溼地自然保護區25處，其中國家級自然保護區2處，國家級種質資源保護區8處，另有“遼河保護區”1處。
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