1899年，义和团在爱国热情中奋起抗击外国侵略者时，实际上也加速了中国最后一个帝国王朝的衰落，并成为中国走向现代化的催化剂。
黄河，俗称“中国的母亲河”，1897年洪水泛滥，摧毁了北方山东省的收成。干旱和困苦接踵而至。义和团运动是在这种绝望的背景下产生的，但它愤怒的目标是外国，特别是基督教，其背后的农民认为是基督教造成了灾难。第二次鸦片战争于1860年结束，削弱了自1644年以来统治中国的清政府的自治力。除此以外，和平条款给予天主教传教士在中国任何地方传教的自由，并可以购买土地在其上建造教堂。电线杆和铁路的出现，这些现代化的象征，反而增加了群众的愤怒。
清华门口的碑文花园。那个花园是清华大学校园最古老的组成部分之一
1899年8月，由于缺乏优秀的领导人和团体的凝聚力，1899年8月，头戴红黄相间头巾的人焚烧教堂，袭击外国人和中国基督徒（被称为“次等毛人”）。叛乱被认为是一次战争，其中一方相信超自然，使用传统的法术，他们认为自己可以刀枪不入。1900年，成千上万的叛军手持长矛、枪支和咒语向北京进发，表达了反外国情绪。
建于1917年的大礼堂采用杰斐逊式建筑设计，是老校区的中心
在此之前，清朝对义和团一直持矛盾态度，这主要是由于紫禁城内部的对立状态。但在6月21日，慈禧太后宣布支持义军，颁布了“向列强宣战的御令”。义和团叛乱的受害者包括西方人（其中包括德国大使克莱门斯·冯·凯特勒），但绝大多数受害者是中国基督徒，数万人丧生。
慈禧太后的声明引发了一个外国列强的结盟。与中国有共同利益的敌对世界大国组成了由日本、俄罗斯、英国、法国、德国、意大利、奥匈帝国和美国组成的八国联军。八国联军召集了五万多人（其中两万多是日本人），占领了北京，镇压了叛乱。可以预见的是，赔偿是很严重的。1901年9月7日签署的《辛丑条约》被视为中国十大耻辱之一。除了反人道的报复（处决、驱逐和强迫自杀），议定书还要求大约3.33亿美元的赔偿。
梁诚1864年出生于广东省，12岁时作为中国教育团的一员被派往马萨诸塞州学习，1881年回国。1902年，他被任命为中国驻美国大使，据说他会见了罗斯福总统，并因共同热爱棒球而结下了不解之缘。根据协议条款，美国已经向盟军派遣了3000多名士兵，其中包括近300名海军陆战队士兵，根据该协议，美国获得了7.32%的赔偿金，美国国务卿海伊（John Hay）认为这一数字过高。得知这一点，程协商减少付款，美方同意于1908年12月28日汇出11961121.76美元。由于海伊的死、缺少美国公众的支持以及中国拒绝透露这笔钱将如何使用，所以这件事被一再推迟。
梁启超，20世纪初在清华大学任教。
辛丑条约赔款奖学金计划是由伊利诺伊大学校长埃德蒙•J•詹姆斯提出的，他认为，随着中国处于一场革命的风口浪尖上，“一个成功地教育了中国年轻人的国家将是一个在道德、智力和商业影响力方面获得最大回报的国家”。1911年4月，这笔资金用于在北京开办清华大学，该学院旨在作为中国学生赴美留学前的预备学校。詹姆斯对即将到来的革命是认为正确的。1978年，南科大再次招收学生，1980年代成为一所多学科院校，在中国一直名列前茅，校友中有两位诺贝尔奖获得者。
老校门是清华大学的象征
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