明朝末年，烽煙四想，農民起義攻下北京，而後吳三桂引清兵入關。由於明朝的遺民和被清軍鎮壓的農民起義存留人士都不滿清朝的統治，便以“反清復明”為政治口號，建立了秘密社團。
清朝為了鞏固政權，推行了一些極端措施，造成了時人的反抗。如顧炎武、黃宗羲、王夫之、朱舜水、閻爾梅、呂留良等都有著強烈的民族意識。有的擁護朱家後裔反抗清廷，有的組織子弟兵對搞清兵，有的變賣家產暗助義民，有的奔走呼籲團結反清力量。雖然當時沒有洪門的成立，但卻為其提供了思想條件。
顧炎武
黃宗羲
王夫之
朱舜水
洪門的起源有很多種說法，自然也包括一些神話故事，但比較可信的是：
雍正十一年，福建少林寺僧人密謀造反，雍正派兵圍剿，火燒寺院。僧眾死傷殆盡，只有五個逃出，分別是：蔡德忠、方大洪、胡德帝、馬超興和李式開。此五人被洪門中人奉為“前五祖”。在逃難途中，獲得反清志士吳天成、方惠成、張敬之、楊仗佑和林大江五人掩護才得以脫險。洪門後人又將此五人稱為“中五祖”。這群人到達惠州寶珠寺，由僧人吳天佑、洪太歲、姚必達、李式地和林永超五個迎入寺中，共謀反清大計。此五人被洪門中人奉為“後五祖”。
只可惜這幫人立足未穩，就又被清軍圍剿。只有一部分人殺出重圍，後輾轉進入江西。在贛州城西的閻君廟與同是抗清的前明參將黃昌成會和。彼此會商結果，均認為勢力過於單薄，不宜此時與清軍硬碰。僅互相交換秘密語言符號，暗中招賢納士，以圖後舉。
”前五祖“等人恐人多聚集，引起清軍注意，隨向湖北轉移。在當地聯結義軍。被襄陽副將張近秋獲得線報，引兵追擊。蔡德忠等最後率領一批志士突出重圍，藏於山野之間。後分批化裝前往萬雲寺。寺中住持萬雲龍是前明潞王的部將，乃收留蔡德忠等人。共謀復明大計。
萬雲寺附近有一個白鶴道觀，暗中也在招攬反清志士，此人就是常被後世小說家經常引用的陳近南。陳近南原名陳永華。明末舉人陳鼎之子。清兵下福建時，陳鼎自殺。
陳近南與萬雲龍住處接近，志向相同，自然成為了親密戰友。蔡德忠等人到來之後，於是密謀成立一個足以號召天下的組合。於是派出許多人手，分赴各省各縣，促請反清勢力的首要人物，集中在一起，密謀聚義。乃有了”紅花亭”大結義之事。
此類事件，清朝官書上是不會記載的。民間人士也怕“文字獄”。口口相傳，年代久遠。具休地點、人物早已難以詳盡考證。
這次大會，除陳近南、萬雲龍及“前五祖”蔡德忠等人，還有廣東的吳天佑、吳遷貴……福建的吳天成、方惠成……江西的黃昌成、鍾玉英……等等。明室遺臣和反清志士竟達兩千餘人。
“紅花亭”聚義在丑時進行，眾人推陳近南為“香主”。拜祭天地及先皇崇禎。並將“洪”字折開，成為“三八二十一”。些五個字成為洪門組織的暗記。這便是洪門成立的經過。
