小龍蝦養殖過程中長青苔的原因比較多，最常見的原因就是水能見度高，特別是清澈見底的塘口，長青苔的概率非常高。
小龍蝦養殖和其他養殖品種不一樣的地方是時間上的差異，小龍蝦養殖包括10月-次年3月份蝦苗繁育和3-6月份成蝦養殖兩個階段，而這個階段基本水溫較低，肥水較為困難，管理不當往往水都比較清，陽光直射到底，池塘底部的青苔孢子在接受陽光照射下萌發生長，或者水中漂浮的青苔迅速生長，從而導致青苔爆發。所以防控青苔最好的辦法就是降低水體透明度，有三種辦法。
第一種是利用稻草腐爛發酵所釋放的有機質進行肥水，這種肥水來源方便、成本低、維持時間長；但是也有缺點，稻草直接浸泡在水裡腐爛發酵會產生大量的有毒物質，水體發黑發臭，而且在腐爛發酵過程中會大量消耗水體溶氧，並滋生病菌和寄生蟲，把握不好，會增加小龍蝦缺氧、中毒、感染病菌和被寄生蟲侵襲的風險；可以通過適當的方法趨利避害，比如發現稻草腐爛過快時適當換水以稀釋有害物質，定期潑灑一些芽孢桿菌等微生物來協助稻草的發酵，減少有毒物質的產生。
第二是使用全價有機肥進行肥水，建議在年前水稻收割後，對稻草暴曬一個星期，然後加水到中間田面10-20公分水深，視水體透明度適當施用有機肥進行肥水，水清多施，水濃少施，肥水就是培養水體的藻類，可以營造水色來降低水體透明度。一般第一次肥水建議在10月底或之前，此時溫度較高，肥水效果比較好，最遲不要超過11月中旬。很多12月份才開始第一次肥水的塘口，其實這個時候肥水已經很困難了，因為這個時候水溫低，藻類生長繁殖速度慢，水色難起，這種沒有及時肥水的塘口，青苔已經開始慢慢生長，待來年溫度一上來，很容易青苔爆發。
第三種是投放一些魚類，通過魚的活動攪渾水體，水體透明度降低，但是這種方法一般不建議，首先長期水渾，小龍蝦生長活動時的呼吸會把水體中的懸浮小顆粒吸附在鰓部，時間一久，會引起小龍蝦呼吸不暢，體質下降；另外魚的數量若把握不準，容易導致餌料投餵把握不準以及小龍蝦產量下降。
少量青苔並不用太擔心，做好防控措施抑制住青苔的爆發即可，不建議使用殺青苔的藥物，養殖講究防大於治。
