小龙虾养殖过程中长青苔的原因比较多，最常见的原因就是水能见度高，特别是清澈见底的塘口，长青苔的概率非常高。
小龙虾养殖和其他养殖品种不一样的地方是时间上的差异，小龙虾养殖包括10月-次年3月份虾苗繁育和3-6月份成虾养殖两个阶段，而这个阶段基本水温较低，肥水较为困难，管理不当往往水都比较清，阳光直射到底，池塘底部的青苔孢子在接受阳光照射下萌发生长，或者水中漂浮的青苔迅速生长，从而导致青苔爆发。所以防控青苔最好的办法就是降低水体透明度，有三种办法。
第一种是利用稻草腐烂发酵所释放的有机质进行肥水，这种肥水来源方便、成本低、维持时间长；但是也有缺点，稻草直接浸泡在水里腐烂发酵会产生大量的有毒物质，水体发黑发臭，而且在腐烂发酵过程中会大量消耗水体溶氧，并滋生病菌和寄生虫，把握不好，会增加小龙虾缺氧、中毒、感染病菌和被寄生虫侵袭的风险；可以通过适当的方法趋利避害，比如发现稻草腐烂过快时适当换水以稀释有害物质，定期泼洒一些芽孢杆菌等微生物来协助稻草的发酵，减少有毒物质的产生。
第二是使用全价有机肥进行肥水，建议在年前水稻收割后，对稻草暴晒一个星期，然后加水到中间田面10-20公分水深，视水体透明度适当施用有机肥进行肥水，水清多施，水浓少施，肥水就是培养水体的藻类，可以营造水色来降低水体透明度。一般第一次肥水建议在10月底或之前，此时温度较高，肥水效果比较好，最迟不要超过11月中旬。很多12月份才开始第一次肥水的塘口，其实这个时候肥水已经很困难了，因为这个时候水温低，藻类生长繁殖速度慢，水色难起，这种没有及时肥水的塘口，青苔已经开始慢慢生长，待来年温度一上来，很容易青苔爆发。
第三种是投放一些鱼类，通过鱼的活动搅浑水体，水体透明度降低，但是这种方法一般不建议，首先长期水浑，小龙虾生长活动时的呼吸会把水体中的悬浮小颗粒吸附在鳃部，时间一久，会引起小龙虾呼吸不畅，体质下降；另外鱼的数量若把握不准，容易导致饵料投喂把握不准以及小龙虾产量下降。
少量青苔并不用太担心，做好防控措施抑制住青苔的爆发即可，不建议使用杀青苔的药物，养殖讲究防大于治。
