元朝的建立，充滿了血腥和暴力，按理說，在統制過程中，也是異常的不仁才對！歷朝歷代，文字獄屢見不鮮，對於思想上的要求也是極有苛刻。但元朝是一個列外，思想上管制較松，基本沒有文字獄的記錄。有人告發南宋遺民樑棟的詩句
"謗訕朝廷，有思宋之心"。樑棟被押往大都審訊，堅決不服，最後禮部官決定:"詩人吟詠情性，不可誣以謗訕。即使是謗訕，並非堂堂天朝所不能容者。"隨將其無罪釋放。至元三十一年(1294年)，江南鹽官縣諭黃謙之創作一副春聯:"宜入新年怎生呵，百事大吉那般者"，以此諷刺元朝公文的俗氣，被人告發，然而對他的處罰只是免職而已。
唯一一起文字獄疑案則是宋恭帝之死。南宋滅亡後，忽必烈封宋恭帝為瀛國公，封謝太后為壽春郡夫人，把公主嫁給了恭帝，下詔書明令優待宋室宗親，讓他們居住在大都。七年後，謝太后病死。元朝初定天下時，內地局勢不穩定，一些大臣認為留著恭帝趙顯是禍端，必須殺掉趙顯，以絕後患。然而，忽必烈並沒有對趙顯下毒手，反倒給了他一大筆錢，送他去西藏薩迦寺出家了。忽必烈讓他在遠離內地的雪域高原終了一生，這樣不至於威脅新政權，又能保全性命。
元代高僧釋念常所著《佛祖通載》記載:"宋主以王位來歸，學佛修行。帝大悅，命削髮為僧寶焉。"在此之後的漢文史籍就就沒有了瀛國公趙顯的記載，但在藏文材料中偶有恭帝的蹤跡。恭帝十九歲時到喇嘛廟裡出家，駐錫薩斯迦大寺，號木波講師。入吐蕃，學習梵書、西蕃字經。把漢藏佛經互譯比勘，校訂經書中的異文。後來趙顯還擔任了薩迦大寺的住持，法號為"合尊"，成為當時吐蕃的佛學大師，四處講經，窮其一生潛心研究佛學。他翻譯了《百法明門論》，以及佛理深奧的《因明入正理論》，在扉頁留下了題字，自稱為"大漢王出家僧人合尊法寶"。被藏族史學家列入翻譯大師的名單。
宋恭帝的結局卻有兩種說法。
第一種，厚葬說。據釋念常《佛祖歷代通載》記載:"是年(至治三年)四月賜瀛國公合尊死於河西，詔僧儒金書藏經。"這句話的大意為，元英宗至治三年(即公元1323年)四月，御封的灜國公合尊死於河西(今甘肅河西走廊張掖)，"詔僧儒金書藏經"這句話意思是，灜國公死後享受到了厚葬的待遇，表明了朝廷對灜國公的禮遇之意。宋恭帝趙顯在五十四歲亡故，應是病亡，而不是橫死。
第二種，迫害說。元亡後，該說法出現。明初僧人釋無慍《山庵雜錄》雲:"瀛國公為僧後，至英宗朝，適興吟詩云，“寄語林和靖，梅開幾度花。黃金臺上客，無復得還家。"諜報者以其意煽動江南人心，聞之於上，收斬之。既而上悔，出內帑黃金，詔江南善書僧儒集燕京，書大藏經雲。"
