進入11月以來，伴隨著社會經濟活動重啟和國際人員往來擴大、冬季臨近等多重因素影響，日本國內疫情形勢再次趨緊，個別地區出現了疫情發生以來最嚴重的傳染蔓延情況。針對可能出現的第三波疫情，日本政府高度警惕，表示“要以最大限度的警惕感應對”，通過“打先手”把傳染擴大趨勢遏制在早期。
第三波疫情來襲
進入11月後，日本國內連續多日新增確診病例超過1000人，自8月第二波疫情以來，疫情再次出現傳染加速蔓延趨勢。本輪疫情蔓延主要集中在北海道、大阪、愛知和東京等地，個別地方單日新增確診病例已經創出疫情發生以來的新高。
11月9日，北海道新增確診人數達200人，創出疫情發生以來單日新增感染病例數新高。自10月中旬以來，最早進入冬季的北海道由於經濟社會活動重啟、“去旅遊”政策造成遊客增加以及氣溫降低造成民眾減少開窗換氣等原因，新增確診病例持續增加，包括札幌在內的多地更是發生多起群體性感染事件，疫情形勢空前嚴峻。
此外，11日大阪府新增確診病例256例，創出單日最多紀錄；10日愛知縣新增129例，超過8月9日120例的最高紀錄。東京11日新增317人，時隔三個月再次出現單日超過300人的情況。另外，埼玉縣和兵庫縣也都創出疫情以來單日新增確診病例數最多紀錄。
針對新冠疫情的蔓延，日本政府認為不是第三波疫情，只是“出現傳染擴大趨勢”，並沒有到發佈緊急事態宣言的程度。但日本醫師會會長中川俊男稱，“可以認為是第三波疫情”。
日本國內疫情再次擴大的主要原因是，復甦經濟措施下人員流動的擴大以及“去旅遊”政策、恢復國際人員往來等。日本政府擔心進入冬季後，流感與新冠疫情疊加，將使疫情防控更加困難。
“打先手”防控疫情
針對第三波疫情的來襲，10日日本首相菅義偉在政府對策本部會議上稱，要以最大限度的警惕感應對。為徹底保護（國民）生命和健康，要在前期積累經驗基礎上，在對策上“打先手”。
對策會議在前一日的政府新型冠狀病毒對策專家分科會議提交緊急建議基礎上，確定了五個方面的疫情防控方針。方針具體內容包括：在娛樂街區、外國人社區和大學等採取群體感染對策；充分利用社交媒體對年輕人群體發佈疫情相關信息；推動在商店、辦公場所等切實採取包括通風換氣在內的傳染防控措施；針對國際人員往來逐步恢復，公佈各檢疫所的檢測人數和陽性數量，實現與各地方政府間的信息共享；推進新冠病毒的遺傳基因分析等研究。
日本政府希望通過上述措施“打先手”，在第三波疫情擴大前，遏制新增感染病例增加的趨勢。
在專家分科會議上，會議負責人尾身茂指出，在逐漸恢復社會經濟活動過程中，如果不採取切實的防控措施，疫情急速擴大的可能性將非常高。政府分科會議建議政府進一步制定防控群體性傳染以及強化邊境口岸入境管理等防控措施。
審議疫苗接種法
10日，日本國會眾議院開始對《預防接種法》修正案進行審議。
修正案規定，國家將全額負擔疫苗接種費用。針對接種後出現嚴重副作用等損害個人健康的情況，修正案寫入了由國家代替製藥企業承擔對患者賠償的內容。《預防接種法》修正案計劃在本屆臨時國會上通過。
菅義偉在質詢中對新冠疫苗接種表示：“將把安全性、有效性作為最優先的問題，基於臨床試驗數據和最新科學知識實施切實審查後，按照修正案儘快實施接種。”
關於新冠疫苗供應，因為日本國內在研發上進展緩慢，日本政府把希望主要寄託在海外企業上，為此已經與海外企業簽訂了優先供應的協議。菅義偉在國會上稱，明年上半年將確保可向全體國民提供足夠數量的疫苗。
報道稱，日本厚生勞動省確定了疫苗投入使用後的接種優先順序。按計劃在優先接種的老年人和有基礎疾病的人中間，優先於更易重症化的老年人。此外，日本政府對策分科會議還把直接從事新冠診療的醫療從業者等列為優先接種對象，下一步將對各群體的範圍、順序進行討論。
