紫禁城中有許多殿閣,是專供皇室進行宗教祭祀活動的處所。清初雖然將蒙、藏地區信奉的喇嘛教的黃教奉為國教,宮中供奉的,以佛為主,但道教和儒教也保有一定的地位，另外還有一些其他方面的祭祀。
宮中的佛堂、佛樓、佛閣,主要佈置在內廷中的太上皇宮殿一一寧壽宮和太后太妃宮室一一慈寧宮、壽安宮、壽康宮等區。如寧壽宮後區東路的佛日樓和梵華樓、慈寧宮後的大佛堂、慈寧宮花園、慈寧官東北春華門內的雨花閣一院,壽康宮、壽安宮之北的英華殿等等。另外,在後三宮的坤寧宮、東六宮的承乾宮等處,也都置陳神龕佛像、爐盤塔磬,供皇帝、后妃信佛禮拜之用。
道教的建築主要是明代所遺,如御花園中的欽安殿一院及其西南側的四神祠、東六宮東的玄穹寶殿等。用於儒教的建築主要是文化殿東側的傳心殿一院和乾清門內的祀孔處等。另外,宮中也有不少皇帝祭祖的宮殿和祭祀壇廟前行齋用的宮殿,規模也很大,主要有奉先殿、齋宮等。
佛曰樓、梵華樓位於寧壽宮後區東路,景福宮之北,緊倚宮牆。這兩棟佛樓是仿建福宮西花園中的吉雲樓和慧曜樓的形式建成的。兩樓各自成院,相互毗鄰,第二層有簷廊相通,共用一座木欄石樓梯上下相通。樓內供奉著喇嘛教主要各佛的塑像,配以一萬零九百尊小佛像,同時還有喇嘛教黃教的創始人一一宗喀巴大師的塑像,此像神態安詳,形象逼真。樓下陳設著六座高大的琺琅佛塔,製作精緻,是稀世之寶。
慈寧宮後大佛堂,是皇太后瞻拜禮佛的地方。它與慈寧宮面寬一致,建在同一個臺基上。當時大佛堂有太監充任喇嘛,每年十二月初五起在堂中唪經二十ー天。平時的每月初六,舉行喇嘛教的宗教儀式,如放烏卜藏、唪金剛經等。寧宮花園後部的成若館,東邊的寶相褸,西邊的吉雲樓,後邊的慈蔭樓,都是供佛之所。供的是三世佛和度母佛。先朝的后妃在這裡祝禱自己延年益壽,捱過殘生,修煉來世。
雨花閣在春華門內,是一座精構樓閣。它的平面約呈方形,立面分作三層,下面兩層腰簷分別覆以藍、綠琉璃瓦,屋頂則四角攢尖,覆以鎏金銅瓦。四條金光閃閃的巨龍騰躍於脊上,形制之奇特,裝飾之華美,宮中少見。雨花閣內供奉西天梵像,每年四月初八派喇嘛五名在最上層唪大怖畏壇城經,二月初八和八月初八各派喇嘛十名在瑜珈層唪毗盧佛壇城經。
三月初八、六月初八,九月十五和十二月十五各派喇嘛十五名在智行層唪釋迦佛壇城經,每月初六在德行層放烏ト藏、唪經。
雨花閣一院的西北角為梵宗樓,供文殊菩薩。雨花閣後的昭福門內原有寶華殿、香雲亭、中正殿等,都是供佛和喇嘛唪經的大型活動之處,可惜於1923年被火焚燬，英華殿在壽安宮之北,創建於明代,康熙二十八年(1689年)和乾隆二十七年(1762年)重修。殿前的英華門東西兩翼有琉璃鶴照壁,姿態生動,為明代遺物。殿內供五蓮菩薩,明代皇太后和皇后都在這裡行禮拜佛。
壽安殿在御花園正中天一門內,為明代所創建,重簷盝頂,上安滲金寶頂,形制奇特。臺基石欄及御路雕刻極為精美,顯示了明代精湛的建築工藝成就。殿的四周有平矮的圍牆。帶琉璃照壁的天一門前列有金麒麟、花石,院內植以古柏修竹。殿內祀玄天上帝。每年立春,立夏、立秋、立冬之日,架起供案,奉安神牌,皇帝前來拈香行禮。每年年節和人月初六到十八日,為“天祭”,在宮中的玄穹寶殿和這裡各設道場,道官道眾設醮稱表。
玄穹寶殿位於東六宮之東、東五所之南的欽吳門內。正殿五間,東西配殿各三間,為三合院式的庭院。正殿內祀吳天上帝。除每年正月初九傳大光明殿道士念玉皇經一天外,其他活動與欽安殿基本一致。
傳心殿在東華門內文華殿之東,是清代康熙二十四年(1685年)所建。建成後,殿內設立牌位，正中是皇師一一伏羲、神農、軒轅;帝師一一堯、舜;王師一一禹、湯、文、武;西側是周公;東側是孔子。每年春秋仲月,皇帝親臨經筵的前一天,先來傳心殿祭告。殿的前院東側有一口大庖井,泉味獨甘,從順治八年起,每年在這裡祭祀井神。
祀孔處在乾清門內東廡的南端,與上書房相鄰,是宮內的又一祀孔之處。室內有乾隆皇帝御題廈額“與天地參”,供奉至聖先師及先賢先儒的神位。
奉先殿在毓慶宮之東,始建於明代。現存的奉先殿是清順治十三年(1656年)重建的,康要十八年(1679年)、康熙二十年(1681年)和乾隆二年(1737年)重修。
殿的建築採取了面闊九間重簷廡殿頂的崇高級別的體制,是清代皇帝祭祖的地方。它由前殿、後殿及穿廊組成工字殿,四周圍以高垣。前殿內供奉努爾哈赤以後歷代帝后的神牌,後殿供奉努爾哈赤以前的肇、興、景、顯四祖及其後的神牌。每年萬壽節、元且和冬至(俗稱宮中的三大節)以及國家的一些大慶之日,如冊立皇后、冊封皇太子、御經筵、謁陵、巡狩迴鑾、戰爭凱旋等等,皇帝都要親自或遣官到奉先殿致祭行禮。
明代以前各朝皇帝祭祖,都在太廟。明代起,開創了在宮中建立祭祖的制度,奉先殿也就成為皇室在宮中祭祖的家廟了。清代也沿襲了這一祭祖制度,不同的是,在明代,皇后必須每天率領妃嬪進殿,向神牌貢獻食物,而清代則減掉了這項活動。
齋宮在毓慶宮之西,東六宮之南,是清雍正九年(1731年)在明代宏孝殿、神霄殿的舊址上興建的,嘉慶六年(1801年)重修。清初,皇帝每年在南郊祭天、北郊祭地及冬至祈谷大祀之前,先乘禮輿到齋宮宿住一天,再遷居壇內的齋宮一天,然後才能舉行祭祀儀式。
行齋期間,不作樂,不飲酒,忌用辛辣,也不用蔥非。城隍廟建於雍正四年(1726年),位於紫禁城內西北角,內奉紫禁城城隍之神。
