西晉王朝滅亡後，鎮守建康的司馬睿在江南重建晉室，史稱東晉。東晉存在的一百多年時間內，北方各民族相互爭戰，先後建立了前趙、後趙、前燕、前涼、前秦、後秦、後燕、西秦、後涼、南涼、西涼、北涼、南燕、北燕、夏、成漢等政權，總稱十六國。因這些政權多為北方胡人匈奴、鮮卑、羯、氐、羌所建，所以又稱五胡十六國。
《十六國春秋》：“五涼、四燕、三秦、二趙，併成、夏為十六”。
太元六年（381年）
東夷、西域六十二國入貢於前秦；印度笈多王朝的超日王派遣使節到前秦都城長安聘問，並向前秦王苻堅貢獻火浣布；苻陽、王皮、周虓三人謀反，被遠遷邊境。東晉孝武帝詔改制度，削減煩雜費用，減免吏士。
太元七年（382年）
前秦徒銅駝等於長安。東夷五國朝貢於東晉；林邑王範熊遣使向東晉朝貢。前秦君王議伐晉，苻堅徒江漢民於涼州；呂光遠征西域，西域諸國大部歸降。
太元八年（383年）
前秦大舉伐東晉，洛澗之戰、淝水之戰，前秦大敗，草木皆兵，風聲鶴唳，得以於此。謝安被讒言，招致晉孝武帝猜忌，主相之間，漸漸隔膜起來。東晉初開酒禁，同時增加米稅，每口五石。慕容垂殺廣武將軍苻飛龍，密令慕容農起兵響應。
太元九年（384年）
慕容垂在滎陽自立為燕王，攻克鄴城，改秦建元二十年為燕元年，立慕容寶為太子，改立燕國，史稱後燕。東晉大舉伐前秦，疆域推進到淮北。慕容衝平陽起兵，受到鎮壓，率餘部投奔同時在華陰起兵的慕容泓；慕容泓在華陰，改元燕興，建立燕國，史稱西燕，不久慕容泓被部下殺死，慕容衝即位。前秦龍驤將軍姚萇在天水自稱萬年秦王，建元白雀，史稱後秦。
前燕王慕容暐叛秦被殺。百濟近仇首王去世，子枕流嗣位，遣使朝於東晉；留晉胡僧摩羅難陀隨百濟使赴百濟，於是百濟始有佛法。
太元十年（385年）
慕容衝在阿房即帝位，改元更始。東晉復取益州，高句麗陷遼東，慕容衝入據長安，姚萇在新平殺苻堅，長樂公苻丕在晉陽即帝位，改元大安。追諡苻堅為宣昭皇帝，廟號世祖。鮮卑乞伏國仁建西秦，建元建義。仇池楊定自稱隴西王，向東晉稱番。謝安去世，時年66歲，諡號文靖；般若學六大家之一道安圓寂，時年72歲，主張“本無”即性即是空。
太元十一年（386年）
什翼犍之孫拓跋珪在牛川召開部落大會，即代王位，建元登國，不久改國號魏，史稱北魏。後燕慕容垂即帝位，定都中山，改元建興。西燕左將軍韓延利用鮮卑人的憤怨情緒，殺慕容衝，立慕容衝的部將段隨為西燕王，改元昌平；左僕射慕容恆與尚書慕容永殺死段隨，立慕容顗為王，改元建明；率鮮卑人離開長安向東，途中慕容顗被部下殺，慕容恆再立慕容衝之子慕容瑤為帝，改元建平；不久慕容永殺慕容瑤，立慕容忠為帝，改元建武；稱番與後燕。後秦姚萇在長安即帝位，改元建初，國號大秦，立子姚興為皇太子，改長安為常安。苻堅族孫苻登稱帝於南安，改元太初。
太元十二年（387年）
慕容垂大破溫詳，以太原王慕容楷為兗州刺史，鎮守東阿。後秦徒秦州三萬戶豪強到安定。北山丁零夜襲後燕中山，乞伏國仁降服鮮卑部落。 盧月胡、屠各、羌部歸苻登。
太元十三年（388年）
翟遼自稱魏天王，改元建光，屯兵滑臺。西秦乞伏國仁去世，弟弟乞伏乾歸即位河南王，改元太初，遷都金城，以避後秦。
太元十四年（389年）
後燕安撫遼西，使遼西地區局勢穩定，經濟不斷髮展。拓跋珪襲破高車。後梁呂光自稱三河王，改元麟嘉。
太元十五年（390年）
西燕、翟遼謀去洛陽，被東晉先後擊退。前秦將魏揭飛稱沖天王，攻後秦，被姚萇所破。後燕北平人吳柱聚眾，立沙門法為帝，入白狼城，兵敗被殺。北魏王珪會後燕兵，破賀蘭、紇突鄰、紇奚三部，部落多歸屬北魏。
太元十六年（391年）
前秦主登攻後秦，先勝後敗；後又進攻安定，仍為姚萇所敗，高車各部。拓跋珪擊破柔然，遷其部眾至雲中。劉衛辰攻魏，戰敗，被部下所殺。西燕慕容永攻東晉洛陽，大敗而還。丁零翟遼去世，子釗翟嗣位，改元定鼎。
太元十七年（392年）
東晉以殷仲堪都督荊、益、寧三州諸軍事、荊州刺史，鎮江陵；改封琅邪王司馬道子為會稽王。慕容垂渡河破丁零翟釗，翟釗投奔西燕，不久謀反被殺。前秦乘姚萇患病，進攻安定，大敗而還。
太元十八年（393年）
後燕慕容垂大舉攻西燕。前秦右丞相竇衝自稱秦王，改元元光，與苻登相攻。姚萇去世，時年64歲，其子姚興稱大將軍。
太元十九年（394年）
慕容垂大破西燕軍，慕容永被殺，西燕亡國；後燕略地青、兗，陷晉高平、泰山、琅邪諸郡。前秦聞姚萇去世，進攻後秦，大敗而還，姚興即帝位，改元皇初，攻殺苻登，前秦亡國。前秦太子苻崇投奔隴西王楊定，與楊定攻乞伏乾歸，兵敗被殺。乞伏乾歸盡得隴西，始稱秦王（西秦）。麥積山石窟約在此年始開鑿。
太元二十年（395年）
後燕北魏叄合坡之戰，後燕殘敗，轉而衰弱，北魏強盛的關鍵性一戰，為北魏推進中原創造了有利的條件。
太元二十一年（396年）
慕容垂駕崩，時年71歲，太子慕容寶即位，改元永康。拓跋珪始建天子旌旗，改元皇始。魏進取中原，破燕晉陽，取幷州，設立百官。東晉孝武帝駕崩，太子司馬德宗即位，是為晉安帝，晉安帝是個白痴，不辨寒暑飢飽，由會稽王司馬道子與王國寶同官朝權。三河王呂光稱天王，國號大涼（後涼），改元龍飛。是年雕塑家、畫家戴逵去世，曾著《釋疑論》，反對佛教的因果報應說。
隆安元年（397年）
司馬道子、王國寶一夥把持東晉朝政後，昏聵無能，青兗兩州刺史王恭在徵得荊州刺史殷仲堪的支持下，以討伐王國寶、王緒為名起兵。司馬道子被迫殺王國寶、王緒二人。鮮卑禿髮烏孤建南涼，建元太初，不久，攻佔後涼金城。段業自稱建康公，建元神璽，以駱駝城為都，史稱北涼。北魏進攻後燕都城中山，慕容寶逃跑，開封公慕容祥稱帝，建元建始，不久被殺，趙王慕容麟即位，改元延平。
隆安二年（398年）
禿髮烏孤改稱武威王。東晉王恭、殷仲堪再起兵，兵敗被殺。拓跋珪定國號為魏，遷都平城（大同）正式即帝位，改元天興。後燕范陽王慕容德從鄴南遷滑臺，稱燕王，史稱南燕。後燕頓丘王蘭汗殺燕主慕容寶，時年44歲，蘭汗自稱昌黎王，改元青龍；長樂王慕容盛殺蘭汗，稱帝，改元建平。
隆安三年（399年）
南涼遷都樂都，禿髮烏孤酒後騎馬，因馬失前蹄受傷，不久去世，其弟禿髮利鹿孤繼位。北涼段業改稱涼王，改元天璽。東晉道教首領孫恩起義，兵敗退入海中。後燕幽州刺史慕容豪等人謀反，皆被誅殺，慕容盛改元長樂。後秦改元弘始。後呂光改元承康，因病重傳位太子呂纂，成為中國歷史上第一個太上皇，呂纂改元咸寧。
隆安四年（400年）
東晉以桓玄都督荊、江、司、雍、秦、梁、益、寧八州及揚、豫八郡，領荊、江二州刺史；孫恩再攻會稽、臨海，兵敗再度入海。北魏道武帝置“仙人博士”，煮百藥，求長生。後燕慕容盛貶稱“庶人天王”。慕容德在廣固稱帝，改元建平，史稱南燕。段業以李暠為敦煌太守，李暠隨即稱涼公，改員庚子，史稱西涼。後秦姚興破西秦乞伏乾歸，乞伏乾歸投奔南涼，不久又投降姚興。後涼呂纂襲擊南涼、北涼，均無功而返。南涼禿髮利鹿狐之弟禿髮辰檀反擊後涼，進逼姑臧，大掠而還，南涼改元建和。
