人和動植物，不論體表或體內都被各種微生物充滿。當它們與宿主處於平衡時，則相安事，和平共處，人體保持健康；而一旦微生物失調，就有可能發生各種疾病。要了解益生菌是怎樣影響人體健康的，必須先從人體腸道的微生態說起。
我們被微生物包圍著。所有的哺乳動物出生時腸道都是無菌的，對細菌是開放的，自出生之時起很快從母體獲得它們獨特的細菌。這些細菌叢有很高的活性，有些每20分鐘複製一次，甚至在被娩出的過程中，許多細菌、病毒和其他微生物就開始在人體內繁殖了，並常年與人共生。在這個充滿微生物的世界中，人們早已適應了環境中及體內這些微生物的存在，將人與微生物分離開來既不可能，也不可取。微生物群落遍佈我們的皮膚、腸道和其他腔隙，大腸裡包含了數量最多、範圍最廣的細菌：嗜酸乳桿菌保護小腸；雙歧桿菌保護大腸：保加利亞乳桿菌短暫的存在，幫助其他兩種細菌順利地通過人體。這三種主要的細菌存活在人體腸道中，保護人體腸道。整個腸道包括100~400種不同的細菌。
人類和其他動物一樣，體內與體表殖生有大量微生物。它們生活在人體的皮膚上、嘴裡，並且遍及我們的消化道，共約有1014個，是人體細胞總和的十倍。人體微生物的總質量為0.9~1.4千克，並且種類繁多，共超過400種。而一個人一生腸道平均要處理65噸食物和飲料，相當於12頭大象的質量。
去除這些與我們共生的微生物必將打破機體的平衡。並可能導致很多疾病。如慢性腹瀉、維生素缺乏、對食物產生不恰當的免疫耐受，或發生機會性感染等。在人體腸道中，諸多共生菌株形成了一個龐大而複雜的體系，儘管該體系因個體的不同存在著很大差異，但他們通常都由數百種不同菌株組成，多數菌株是專性厭氧菌(>99%)。厭氧菌在缺氧的環境中可大規模增殖。但專性厭氧菌在嬰兒腸道內的氧被兼性厭氧菌消耗殆盡之前是不能任意增殖的，因此，專性厭氧菌的活性在某種程度上受到了兼性厭氧菌的制約。
但是，如上所描述的人體腸道菌群並不是一成不變的，它隨著人生過程的變化而變化，如下圖所示。
人體腸道菌群（組成及數量）隨年齡增長的變化
● 嬰兒期：腸道內有益菌佔優勢，數目較多。
● 成年期：開始食用雜食類食物，偏食、新陳代謝不佳、體內酸鹼不平衡、嚴重感染、服用抗生素等都會造成體內免疫力下降、腸胃功能失調。從而使得腐敗菌如大腸菌群、魏氏桿菌、葡萄球菌等佔優勢，而有益菌數目逐漸減少。
● 老年期：身體整體功能自然老化，腸道活力也自然衰退。最顯著的變化是：老年人腸道中的乳桿菌和雙歧杄菌的數量大幅降低，腐敗菌如產氣莢膜梭菌大幅上升，這就是腸道老化現象。即使健康狀況非常好的老人也很難避免這種腸道菌群的自然老化，只能通過保養儘量延緩。
由此可見，隨著年齡的增長，人體腸道內的有益菌逐漸減少，因而“百病叢生”。只有擁有強大的有益菌隊伍，才能清除體內的有害菌，使毒性物質無法滋生從而增強免疫力，遠離疾病。所以，減少腸內有害細菌即可達到健康長壽的目的，而關鍵就在腸道內的有益菌比例。
我們再來看看益生菌攝入人體後在腸道中的“旅行”經歷，以及它們在腸道各個部分的分佈。
益生菌通過食物或膳食補充物被人體攝入後，主要經歷了人體的整個消化道，即從口腔、食道、胃到整個腸道，因此我們先從人體的消化系統說起。
當食品進入口腔，消化過程隨即開始。咀嚼過程加大了食品顆粒的表面積，令唾液和消化酶對其更敏感食品顆粒越小，則越快並且越容易通過腸道。在胃內食品與含有消化酶和胃酸的胃液混合，我們稱其為食糜。食糜經胃被泵出至小腸，在這裡，它與更多的酶和膽汁混合，食品中的蛋白質，脂肪和碳水化合物也被完全降解。進食後4~6小時內，大多數營養物質在小腸內被吸收。剩餘的物質進入大腸和結腸，其中的水和電解質被吸收。每24~48小時，累積的糞便等廢物經直腸排出體外。
各種細菌在腸道不同部位的分佈
殖生在胃和小腸前端(如十二指腸)的微生物並不多(上圖)，因為這裡的酸和膽汁液的濃度高，並且物質停留的時間短，不利於微生物的生長。但當到達小腸下端，微生物開始增多(達103~106個/克小腸物質)而在結腸，更多達1011~1012個/克結腸物質。這是個很大的數目。
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