在抗戰初期，共產黨提出的全民抗戰主張，得到全國人民的擁護，國民黨也提出“地不分南北，人無論老幼，全民抗戰，焦土抗戰”的口號，答應與共產黨合作抗日，於是以國共合作為基礎的抗日民族統一戰線形成。1939年1月，周勝芳所率山東省保安獨立第八旅遭日軍進攻棄離縣城後，在安柴、魯崔、河東、院莊等村駐防。1939年秋，駐博興縣城的日軍100餘人進犯國民黨周勝芳部傅相坤團特務營駐地魯崔村（今屬湖濱鎮），營長曹子成率部抵抗，粉碎日軍多次進攻，擊斃日軍官1名、士兵10餘名，特務營傷亡10餘人。10月22日，日軍200多人第二次進犯魯崔，進了埋設地雷的墓地周圍，結果被炸得死傷慘重，不到傍晚就撤退而去。院莊慘案正是在繼魯崔兩戰之後，日軍帶有報復性的一次惡戰。
1939年11月，駐院莊武裝部隊在村東北角墓地裡埋設地雷炸死一率軍偷襲的日軍小官。日軍侵襲未成十分惱火，再加上有人員傷亡更是氣急敗壞，於是組織部隊攻打院莊。
11月29日，日軍從廣饒、高苑、青城等地糾集300多人，從見橋（今湖濱鎮柳舒村）下車，攻克河東防線，並給河東村群眾造成重大人員和財產損失後，又向院莊發起猛攻。周勝芳部隊三營營長李春沛率部隊在老百姓的配合下，奮力抵抗，雙方激戰一夜，互有傷亡。次日，三營大部退入麻大湖，固守村東北角焦家溝的周勝芳部劉蘭洲連70餘人孤軍奮戰，全部犧牲，日軍20餘人斃命。
院莊被攻克，日軍進入村後，見人就殺，見物就搶，見屋就燒，整個村莊成為一片焦土。12月2日，窮兇極惡的日軍再次返回院莊，村中大部分士兵和村民已躲入村西蘆葦叢中，部分群眾藏在村邊草垛和水泊屋子裡，少數老幼病殘沒來得及躲藏，慘遭日軍殺害。日軍見到村民追上去就用刀捅死或者開槍打死。焦雲堂之母抱著不滿週歲的嬰兒逃生時，後面緊跟著日軍追趕，為了不連累鄉親，她狠心將親生骨肉投入冰窟中。焦兆功之母攜帶一雙兒女逃生時被日軍打死，倒下後不懂事的孩子仍爬在她身上吃奶。日軍對躲藏在村邊柴草垛裡的村民也不放過，點火將他們活活燒死。日軍慘無人道的暴行令人髮指。
日軍侵入院莊及附近村中，殘殺村民100多人（其中院莊村46人，河東村40人），上有七八十歲的老人，下有未出生的胎兒，燒燬房屋1047間，搶走大牲畜11頭，搶走大量錢、糧、車具、衣、布、被褥等物品，造成經濟損失321.86萬元，犯下了不可饒恕的罪行。
