對於順治帝孝陵始建年代這個問題，目前有三種說法。
第一種說法，是康熙二年（1663） 。其中，皇宮珍藏的手抄本《宮中雜件·禮儀·喪葬祭祀》上明確記載：
康熙二年，工部題永建孝陵，二月十五日開工。
清東陵守護官員記錄的《昌瑞山萬年統志》上記載：
世祖章皇帝陵在昌瑞山之陽，曰孝陵，康熙二年二月十一日建。
第二種說法，是康熙元年（1662）九月。這種說法來源於《清聖祖實錄》上的記載：
康熙元年九月己丑（十九日）禮部等衙門遵旨會議孝陵興工動土，應遣武職大臣一員，內院大學士一員，禮部、工部堂官各一員，總管內務府官一員，科道官員各一員，率領欽天監看風水官，同往詳視。從之。
第三種說法，是順治十八年（1661） 。這種說法的根據是《九朝東華錄》上記載，順治十八年（1661）十二月十六日諭戶部：
前因世祖章皇帝山陵大工及滇閩用兵錢糧不足，不得已於直隸各省田賦照明末時練餉例，每畝暫加一分，以濟軍需。今思各省水旱盜賊，民生未獲蘇息，正賦之外復有加徵，小民困苦，朕心殊為不忍。若不急停，以舒民困，必致失所。除順治十八年已派外，康熙元年通行停止。爾部作速刊示，遍行曉諭，使小民鹹知。
同一座建築，不可能有三個始建日期，那麼，究竟孝陵始建日期是哪一個呢？或者還有其他的日期嗎？對此，清陵研究專家徐廣源先生有自己獨特的研究，經過嚴謹考證，他認為孝陵的始建日期為康熙二年（1663）二月十五日。其理由是，順治十八年是營建孝陵的資金和建築材料的籌備期， “巧婦難為無米之炊”，把這些建築用材料和人員資金預備好，才能營建孝陵；康熙元年九月則是孝陵工程的破土日期，每一項工程，按照程序來說，只有先破土才能開始正式施工；康熙二年（1663）二月是孝陵工程正式施工的日子，因為工程需要選擇吉日良辰破土與興工，在工程程序做法中有著很大的區別。在選定好的日子時辰，只要把工程地點的土皮有所改變，就算是破土，但接下來的工程是正式開工的日子，也許會推延一段時間，因為當時孝陵工程破土的日子正好是冬天，而第二年的康熙二年（1663）二月十五日，在季節上則已經是春天。
對於徐廣源先生的這種觀點，筆者在認可的同時，也有兩點不明白。
一、按理說，陵寢的命名都是在陵寢營建好之後才開始的，可是，孝陵的陵寢名稱卻是在“康熙元年三月甲戊戌，尊世祖章皇帝陵曰孝陵。 （清聖祖實錄） ”這個日期，當時孝陵工程還未破土呢，為什麼孝陵陵寢名稱在施工前就被確定下來了呢？
二、按照孝陵施工日期是康熙二年（1663）二月十五日計算的話，其工程前期肯定是先修建陵寢的地宮。可是，康熙二年六月六日那天，順治帝后的寶宮已經正式葬入了孝陵地宮裡面了。那現在存在的問題是，即使孝陵的其他工程不完工的話，孝陵地宮能否在三個多月內修建好呢？要知道，地宮這部分建築工程作為陵寢核心建築，不僅工程複雜，而且工程量是最大的。雖然說孝陵的隆恩殿、東西配殿和神道碑亭現在可以確定是拆明朝宮殿而建，但是並沒有說地宮的建築材料也使用了舊料，而使用的是新料還是舊料，可是關係著工程進度的快慢的。
因此，筆者對孝陵工程的始建時間現在也是疑惑不止：如果說孝陵始建是在順治十八年（1661） ，那麼對於康熙元年（1662）九月的“興工破土”就無法解釋了。康熙二年二月的那個開工日期也不能以停工又復工來搪塞。於是，筆者只能認為孝陵的始建日期是暫定為康熙二年（1663）二月十五日，等日後新的史料發現才能得出更加詳實的答案。
不僅孝陵的始建日期現在不能完全確定，就是孝陵的完工日期，現在也有點說不清楚。其中，《清聖祖實錄》上記載：
康熙三年八月辛（二十二日）孝陵工成。
而《清聖祖實錄》上又記載：
康熙三年十一月丙午（十九日）孝陵隆恩門成。
孝陵隆恩門也是孝陵工程的一部分，如果說上文中的隆恩門完工日期準確的話，那麼，孝陵完工日期就應該以它為準，即孝陵陵寢工程完工於康熙三年（1664）十一月十九日。
