南京国民政府成之初，当时的卫生部除了薛笃弼、胡毓威之外，清一色的处长，司长以及所长等，都是由留洋经历的西医医师来担任的。这些西医医师认为中医没有科学的规范，完全凭借偶然因素，因此声称要废止中医，于是就诞生了民国时期著名的废止中医案。
1929年2月23日至26日，南京国民政府卫生部召开了第一届的卫生会议。会议由当时的刘瑞恒主持，参加会议的也大都是学过西医的官员。当时会上提出了废止中医的相关问题，提出了《规定旧医登记案原则》。
当时对中医采取了全面否定的态度，不少人拿《内经》、《千金》、《外台》举例，认为这些古代医术是“自古妄说”，毫无科学依据，应该付之一炬。
在褚民谊的授意下，第二天会议上，余云岫、汪企张等人提出了“废止旧医案”，自封西医为“新医”，把中医贬为“旧医”。认为“旧医”遏制了科学进步，如果旧医一天不除，新的医学事业就不能够进步。
当时提出了：停止办中医学校；禁止刊印中医相关的广告；而且禁止招收中医学徒；停售中药等政策。这个法案在会上通过，并且公布在报刊上，当时卫生部长薛笃弼在西北考察，还蒙在鼓里。
考虑到当时提出的废止中医提案过于激进，在随后的中央卫生会议上，最后决定《规定旧医登记案原则》实施办法中，缓和了很多。 就医登记截止到民国十九年，禁止旧医学校暂缓实行，刊登医学广告，限定在非医学杂志不得刊登医学广告。
即使如此，在议案公布之后，立即遭到中医学界的强烈反对，也引起社会各界的强烈反对。
以陈存仁、张赞臣为代表之上海中医界青年一代决定奋起抗争，并邀请了上海中医界前辈丁仲英、谢利恒等人牵头，领导此次抗争。
中医界的这次抗议活动得到上海各大报馆的同情，此后《申报》《时事新报》等，发表了社评，跟踪报道中医学界的动向，并给予支持。
上海医学界的抗议活动的得到全国中医学会的声援支持，同时也引起了社会各界的关注。天津、杭州、南京等地中医界人士纷纷派人参加全国医学团体大会，并且致电国民政府，要求取消议案。
此时国民政府刚刚成立，薛笃弼为了化解与中医的地位冲突，平息这场风波，于是公开表示并没有废止中医的意思，并且保证，只要他当部长，就不允许这个提案通过。
3月17日，全国中医团体大会在上海召开，并且推举了5位执行董事，陆仲安、隋翰英等都是有名的中医位列其中，其中陆仲安还曾为孙中山先生开过方子。
3月21日，以孔伯华为首上千人的请愿团，抵达南京，请愿团先后向国民党三全大会，行政院等处请愿。同时他们请求面见蒋介石，遍访了五院院长，希望通过上层废止中医议案。
当时国民党内部对于废止中医意见并不统一，汪精卫、褚民谊主张废止中医，而于右任、林森、陈果夫、等主张保留中医。
中医界掀起的全国性抗议活动持续高涨，引起了国民党高层的关注，刚刚统一全国的南京国民政府，不愿意因为无关紧要的事情引起社会动荡。
最后请愿团如愿见到蒋介石，虽然整个接见只有5分钟，但是蒋介石的一番话，让请愿团吃了定心丸。
蒋介石表示：“我对中医中药绝对拥护，你们放心好了。你们的要求，我已从报章见过，下面人也对我讲过，我都晓得了。兄弟本人对中医药是绝对相信的，我小时候身体瘦弱，生了病都是请郎中先生看的，倒是蛮有疗效的。”
一场来势汹汹的“废止旧医”案，便随之烟消云散了。此后不久，国民政府又下令建立中央国医馆，委任焦易堂为馆长，并在全国各地筹建支馆等，使中医得以延续发展。
