據明史記載，明萬曆六年（1578）年，四川“戶二十六萬二千六百九十四，口三百一十萬二千七十三”。到清康熙二十四年（1685年），四川“一萬八千零九十餘丁，設每丁摺合五人，有九萬餘口"。椐《明史》《張獻忠傳》所載，張獻忠在四川“共殺男女六萬萬有奇"。這一數據絕不可信。明代全國人口最多的時候是萬曆六年（1578），也僅有人口六千零六十九萬。但張獻忠對四川人口減少也負有不可推卸的責任。根據史料記載，四川人口減少原因應是多方面的，但主要應該是這三者所造成的。
一，張獻忠在建立和鞏固大西政權中的殘酷鎮壓。
明朝末年，由於朝庭和地方官吏的腐敗，不斷加大稅賦；加之幹早，蟲災、瘟疫流行，造成了“亦地千里"，人民流離失所。災民為求生存只好聚眾造反，天啟七年（1627年），農民起義隊伍多達600多支，少則數百人，多的數十萬人。起義軍先是以求生存為主，隨著不斷聯合，逐漸形成了以李自成、張獻忠為首的幾支大的起義軍。起義軍都沒有根據地，飄浮不定，就地取食，所以官府、富商、地主、城池就成了獲取軍需的主要對象。張獻忠遇到頑抗的城池先要嚮明軍和守城官員喊話，規定其投降時間，過期不降，城破大殺戮。張獻忠五次進入四川，戰爭中殺的人不在少數。大西政權在成都建立後，州縣的明朝官史地主武裝裹脅百姓與大西政權對抗，張獻忠派兵先後與重慶明參將曾英；敘州、瀘州明參將楊展；邛州、雅州明副總兵範文光等作戰。兵民死傷都不在少數。1645年7月對不肯歸附的成都人進行了鎮壓；不久又以“特科"之名對不肯歸附的鄉紳、士子等進行一次殺戮；1646年1月又下令屠殺大西軍中的川籍士兵；同年又派兵對成都府屬32州縣不歸付的反大西勢力予以鎮壓。隨著清兵南下近逼，大西政權受到嚴重威脅，張獻忠退出四川時火燒成都，“將內王宮、寺觀、民居”，“俱縱火焚燒”。墮成都及州縣城牆。所以張獻忠對四川的人口減少應是責任者之一。
二，明清兩朝政府軍隊應為主要責任方。
明軍總督、總兵、參將等層層剋扣糧響，士兵衣不蔽體、食不果腹，戰時也只好就地劫掠。椐清《高宗純皇帝實錄》載“明季軍政廢馳……將不知兵，兵不顧將"。“將無紀律，兵無行伍，婬汙劫殺，慘不可言"。尤其在四川與張獻忠作戰的左玉良、賀人龍、猛如虎、甘玉良、越榮貴等，都以淫掠燒殺著稱，他們殺的川人也不計其數。明萬曆二十三年（1595）年調集二十多萬軍隊平定苗族首領楊應龍，椐巴縣誌記載“屍體腐爛，臭聞十里"。天啟元年（1621年），四川永寧宣撫司奢崇明率數十萬人圍攻成都、重慶，明朝調集十幾萬軍隊將其鎮壓。僅明軍秦玉良就“殺戮不可勝計。
張獻忠在川北抗清戰爭中被射殺後，清軍雖然控制了四川，但四川各地的抗清鬥爭並未停息，直到1659年清軍才攻下了重慶。這十多年清軍採取殘酷鎮壓，甚至屠城。四川地區抗清鬥爭在大西政權垮臺後仍能堅持十多年，這就說明張獻忠死後四川人口仍然很多。清康熙年間，平西王吳三桂發動判亂，四川也是主戰場之一。據民國《江津縣誌》載，康熙十三年（1674年），吳三桂判軍王屏藩、譚宏部搞得廣元、南江、通江、巴中、太平諸州縣“十室九空"。康熙十九年（1680年），吳三桂部屬胡國柱軍在永寧與清軍大戰，“官民廬舍、倉庫、典籍蕩然一空，靡有孑遺矣。"據清李馥榮《灩預囊》載，由於吳三桂與清軍任意燒殺，致使安嶽、遂寧“兩縣絕人跡，少煙火者二十餘年"，“老弱婦女勢不能自存。”的確是“彌望千里，絕無人煙"的慘象。
三，自然災害，瘟疫肆虐。
明末清初，四川連續不斷髮生災荒、瘟疫。椐清吳陳琰《曠園雜誌》載，萬曆十年（1852年），樂至“大旱，地坼井涸"。清光緒《榮昌縣誌》載，萬曆三十八年（1610年），“全蜀荒旱，殍死無數”，“田無收穫，赤地千里"。《資陽縣誌》載，“內江全邑無收……民間飢死流離載道，城野半空"。萬曆二十六年（1598）年，全蜀諸郡邑大疫，“人民死者甚眾。”川北遂寧一帶，因瘟疫流行，“死亡滿目。"《蜀龜鑑》作者劉石溪說：“川南……死於瘟虎者十二三；……川北死於瘟虎者十一二；川東，……死於瘟虎者十二三；川西，……死於瘟虎者十一二。"
綜上所述，明末清初四川人口減少的因素源於明清兩朝軍隊先後在四川進行了近八十年的戰爭；張獻忠等農民軍在四川征戰中，對不肯歸附的明朝殘餘勢力、地主武裝裹脅的百姓殘酷鎮壓；旱災、瘟疫流行，百姓死亡無數。諸種因素的共同作用下，百年時間內，四川人口從三百多萬減少到九萬人。這也是“湖廣填四川”的緣由。
